Następstwem reorganizacji oficyny była zmiana jej struktury i sposobu funkcjonowania. Wydawnictwo podlega prorektorowi ds. nauki i współpracy z zagranicą oraz kanclerzowi UMK. Rektor powołał na funkcję dyrektora Wydawnictwa Naukowego prof. Mirosława Strzyżewskiego. Nastąpiło również poszerzenie zespołu wydawnictwa o nowych redaktorów, korektorów i operatorów składu komputerowego; obecnie WNUMK zatrudnia 25 pracowników (w Toruniu i Bydgoszczy). Obniżyły się natomiast koszty arkusza wydawniczego, którego cena oscyluje teraz wokół 600 zł. Dodatkowo, w celu usprawnienia pracy nad procesem wydawniczym, każdego roku ustala się plan wydawniczy.

Stale rośnie liczba publikowanych tytułów, która w ubiegłym roku przekroczyła 200, co plasuje Wydawnictwo Naukowe UMK w czołówce polskich oficyn uniwersyteckich. Dodajmy, że zwiększaniu produkcji sprzyjają zakupy nowych maszyn (najbliższe w marcu br.). Umożliwiają one nie tylko ekonomiczny i szybki druk, lecz także wyjątkową na rynku wydawniczym usługę druku na zlecenie. Stąd też w wydawnictwie nie istnieje problem wysokości nakładu publikacji (zwykle jest to od 200 do 1000 egzemplarzy), gdyż brakujące tytuły są zazwyczaj na bieżąco dodrukowywane. Tak było w przypadku m.in. książek Anny Drążkowskiej Odzież dziecięca w Polsce w XVII i XVIII wieku czy Piotra Grochowskiego Dziady. Rzecz o wędrownych żebrakach i ich pieśniach .

Ponadto nie ma trudności z dostępnością tytułów: obok wersji elektronicznych niektórych książek i czasopism prowadzona jest ogólnopolska i światowa dystrybucja publikacji drukowanych – za pośrednictwem księgarni uniwersyteckiej i jej strony www, a także własnej strony wydawnictwa.

Oferta WNUMK jest różnorodna: obejmuje m.in. naukowe monografie, rozprawy, studia i podręczniki oraz czasopisma z zakresu wszystkich uprawianych w uczelni nauk, tj. humanistyki, nauk matematyczno−przyrodniczych i społeczno−ekonomicznych. Poza książkami toruńskich badaczy wydawnictwo publikuje również tłumaczenia prac współczesnych i dawnych uczonych z zagranicy, takich jak m.in.: Richard Rorty, Max Urchs, Wolfgang Demtröder czy ostatnio Immanuel Kant. Wśród kilkudziesięciu serii znajduje się spora liczba tytułów o charakterze międzynarodowym, np.: Publikationen des Deutsch−Polnischen Gesprächskreises für Quellenedition , Vorbildnachahmung und Bilderfindung im italianischen Frühbarock czy seria Archiwum Emigracji. Podobnie jest z wieloma czasopismami punktowanymi, które reprezentują uczelnię m.in. na tzw. liście filadelfijskiej: „Topological Methods in Nonlinear Analysis” (najwyżej punktowane polskie czasopismo naukowe), „Eastern European Countryside”, „Reports on Mathematical Physics”, „Open Systems & Information Dynamics”.

Potwierdzeniem wysokiej oceny merytorycznej i kunsztu edytorskiego publikacji Wydawnictwa Naukowego UMK są zarówno recenzje w polskich i zagranicznych periodykach naukowych, jak i otrzymywane co roku nagrody i wyróżnienia w ogólnopolskich konkursach. Można wśród nich wymienić chociażby KLIO (za książkę Pawła Jeziorskiego Margines społeczny w dużych miastach Prus i Inflant w późnym średniowieczu i wczesnych czasach nowożytnych ), „Edycję” (dla wydawnictwa – za kunszt edytorski i poligraficzny), „Academię” (za rozprawę Mirosława Strzyżewskiego Romantyczna nieskończoność ) czy Nagrodę Stowarzyszenia Wydawców Szkół Wyższych im. Księdza Edwarda Pudełki (za pracę Karola Górskiego Zarys dziejów katolicyzmu polskiego ).

Stopniowo rozwija się także promocja wydawnictwa, o czym świadczy udział w najważniejszych imprezach targowych w Warszawie, Krakowie, Poznaniu i Wrocławiu. Ponadto WNUMK organizuje spotkania autorskie, dyskusje wokół książek i cykliczne konferencje naukowe na temat edytorstwa. Wydawnictwo przygotowuje również kiermasze książek podczas wielu konferencji naukowych – w Toruniu i niekiedy poza nim.

Symptomem rozwoju Wydawnictwa Naukowego UMK, a zarazem nie lada wyzwaniem może być wreszcie fakt, iż Zarząd Fundacji na rzecz Nauki Polskiej podjął decyzję o powierzeniu wydawnictwu publikacji i dystrybucji naukowej serii humanistycznej Monografie FNP.