Profesor w stanie czynnym i nieczynnym podlegał odpowiedzialności dyscyplinarnej – niezależnie od odpowiedzialności karnej czy cywilnej. Przewinienia dyscyplinarne mogły bowiem wypełniać znamiona czynu zabronionego oraz mogły powodować odpowiedzialność majątkową. Nie miały więc wyłącznie charakteru nieetycznego.

Karami dyscyplinarnymi były (katalog zamknięty): „1) upomnienie, 2) nagana, 3) utrata prawa do sprawowania godności akademickich z wyboru na przeciąg czasu od roku do lat trzech, 4) przeniesienie w stan spoczynku, 5) przeniesienie w stan spoczynku z umniejszonem uposażeniem emerytalnem najwyżej o 50%, 6) usunięcie z katedry”. To ostatnie przeprowadzał bez postępowania dyscyplinarnego minister WRiOP w przypadku kary sądowej, „która pociąga za sobą utratę zdolności do piastowania urzędu publicznego”. Kara nagany wyrażała potępienie moralne popełnionego czynu i powodowała „wstrzymanie posunięcia do wyższego szczebla uposażenia na przeciąg jednego roku”.

Kary dyscyplinarne orzekała właściwa komisja dyscyplinarna, biorąc pod uwagę „doniosłość przewinienia i powstałej z tego powodu szkody, stopień winy, jako też dotychczasowe zachowanie się obwinionego”. Uczelnianą komisję dyscyplinarną powoływał minister WRiOP na wniosek senatu – na trzyletnią kadencję. Członkami jej mogli być wyłącznie profesorowie miejscowej szkoły akademickiej. Od 29 października 1932 roku przewodniczący i zastępca w komisji musieli mieć wykształcenie prawnicze. Minister WRiOP mógł na wniosek senatu delegować do danej sprawy komisję dyscyplinarną działającą przy innej szkole akademickiej.

Komisje dyscyplinarne orzekały w trzyosobowych kompletach – bezwzględną większością głosów (przewodniczący głosował na końcu). Z wnioskiem do komisji występował rzecznik dyscyplinarny bądź jego zastępca, wybrani na trzy lata przez ministra spośród profesorów przedstawionych przez senat. Obwiniony korzystał z pomocy wskazanego profesora (bądź dobranego z urzędu) w roli obrońcy. Postępowanie dyscyplinarne było tajne. O wdrożeniu postępowania decydował senat na wniosek rektora bądź minister WRiOP. Przed rozprawą możliwe było przesłuchanie obwinionego bądź dochodzenie wstępne, a nawet śledztwo. Śledczy przesłuchiwał świadków i ewentualnie biegłych, mógł współdziałać z władzami policyjnymi, administracyjnymi i sądem. Komisja dyscyplinarna mogła umorzyć postępowanie – całkowicie albo częściowo (do 29 X 1932). Rzecznik dyscyplinarny mógł przed rozprawą wycofać wniosek o ukaranie. Oskarżony mógł przeglądać akta, sporządzać odpisy, składać wnioski dowodowe oraz uzasadnione wnioski o wyłączenie któregoś z członków z komisji czy rzecznika dyscyplinarnego. Po wdrożeniu postępowania dyscyplinarnego komisja (od 29 X 1932), senat albo minister mogli zawiesić obwinionego w pełnieniu obowiązków służbowych. Uchwały i orzeczenia komisji ogłaszano jedynie za zezwoleniem ministra WRiOP. Orzeczenie komisji składało się z sentencji pisemnej i pisemnego uzasadnienia rozsyłanego w ciągu ośmiu dni. Możliwe było odwołanie do Wyższej Komisji Dyscyplinarnej. Jej kadencja i tryb powołania były analogiczne do komisji uczelnianych.

Odpowiedzialność dyscyplinarna asystentów i adiunktów była podobna do odpowiedzialności profesorów. Jednak karę porządkową upomnienia wymierzał rektor, a w II instancji działał senat. Kary cięższe, wymierzane przez komisję dyscyplinarną do spraw pomocniczych sił naukowych, to: „1) nagana, 2) wstrzymanie posunięcia do wyższego szczebla uposażenia na przeciąg czasu od roku do lat trzech, 3) odliczenie lat służby od roku do trzech lat, 4) przeniesienie mianowanej na stałe pomocniczej siły naukowej w stan spoczynku z umniejszeniem uposażenia najwyżej o 50%, 5) wydalenie ze służby”. W przypadku asystentów młodszych i zastępców asystenta (powoływano ich na postawie umowy) wpisywano klauzulę: „w razie naruszenia obowiązków rektor ma prawo natychmiastowego rozwiązania stosunku służbowego bez prawa do odszkodowania”.

Okres przedawnienia wszystkich przewinień dyscyplinarnych wynosił pięć lat, z tym, że jeśli przewinienie zawierało znamiona przestępstwa karnego, nie mogło nastąpić wcześniej niż przedawnienie karne. Członkowie komisji dyscyplinarnych byli w wykonywaniu funkcji „samodzielni i niezawiśli”. Ich kompetencje były szerokie – nie tylko w zakresie oceny stanu faktycznego, ale i kwalifikacji czynu jako deliktu służbowego.

Rozpiętość kar dyscyplinarnych była znaczna. Jak stwierdził Maurycy Jaroszyński (Prawo pracowników naukowych , 1967), „zaczyna się od stosunkowo niewinnego upomnienia, a kończy orzeczeniem o wydaleniu ze służby, które się równa niemal śmierci cywilnej pracownika. Organ dyscyplinarny jest w sytuacji tym trudniejszej, że chcąc działać sprawiedliwie, musi stale mieć na oku dwie strony zagadnienia: z jednej strony, aby nie skrzywdzić pracownika, z drugiej, aby przez zbytnią pobłażliwość nie dezorganizować pracy naukowej i nie podkopywać powagi zawodu pracownika nauki”. Jaroszyński podkreśla też „sui generis «syndykalistyczny» charakter orzecznictwa dyscyplinarnego”, bowiem komisje składają się wyłącznie z profesorów – jeśli orzekają o deliktach profesorskich. W efekcie powstałych podejrzeń o brak obiektywizmu często omija się postępowanie dyscyplinarne na rzecz zwolnienia polubownego „za wzajemnym porozumieniem”.

Przepisy dyscyplinarne były i są wykorzystywane z rzadka – stanowią jednak miecz Damoklesa, tworząc specyficznie biurokratyczną aurę wobec postępowania każdego pracownika nauki. 