Seminaria nie miały początkowo rygorów formalnych – były miejscem pracy mistrza z uczniami. Postrzegane były – co ujawnia etymologia – jako szkółka dorastania narybku, zapewniająca zbiorowe, standaryzowane kształcenie adeptów nauki. W tradycji Kościoła rzymskokatolickiego seminaria duchowne były najwłaściwszą formą kształcenia alumnów do roli księdza (studia teologiczne na uniwersytecie dawały zbyt wiele niezależności). Seminaria uniwersyteckie pojawiły się w upaństwowionych uczelniach w czasie, gdy liczba studentów zaczęła znacząco przewyższać liczbę profesorów. O ile w katedrach zajmowano się dydaktyką (i egzaminami), o tyle w seminariach – badaniami. Seminarium było przeznaczone dla studentów zaawansowanych w studiach. Ukierunkowywano je na finał, jakim było przygotowanie pracy magisterskiej albo doktorskiej. Seminaria były, podobnie jak katedry, wyspecjalizowane przedmiotowo, zgodnie z kompetencją danego profesora, któremu podlegały i który je prowadził. Jak oceniał Stanisław Starzyński na podstawie doświadczeń z Uniwersytetu Lwowskiego (1894), seminaria były „miejscem, gdzie się zespala praca profesora z pracą słuchacza (…) w seminaryum, podobnie jak w laboratoryum, nie można być biernym (…) wielu znakomitych profesorów uważało kierownictwo seminaryów za punkt ciężkości swej działalności; dlatego naukowe rezultaty seminaryów, ilość dzielnych badaczy w nich wychowanych, stanowią w wysokim stopniu o znaczeniu i sławie uniwersytetu”.

Seminaria uzyskały w II połowie XIX wieku własne statuty, powoływane były reskryptami ministerialnymi, co usprawiedliwiły zakładane w budżetach uczelni środki państwowe na wspieranie działalności seminaryjnej. Zespołowość w pracach seminaryjnych nie była równoważna – przeważał głos profesora, to on kierował pracami, które jednak zachowywały rozdzielny, autorski charakter. Panował w seminariach duch koleżeńskiej współpracy. Liczyły od kilku do ponad dwudziestu studentów. Mogli być też na seminarium słuchacze nadzwyczajni, nieopłacani. Kierownik seminarium – profesor otrzymywał dodatkową remunerację (wynagrodzenie) oraz dotacje do rozliczenia na zakup książek do biblioteki seminaryjnej. Obok seminariów pojawiały się proseminaria – przedsionek pracy badawczej. Uczestnicy seminarium przygotowywali referaty z badań własnych, z których najlepsze mogły być uznane za pracę magisterską. Tak działo się na fakultetach filozoficznych. Na prawie seminaria zbliżały się do ćwiczeń doraźnych, nie były opłacane, profesorom zaliczano je jako collegia publica .

Bardziej rozwiniętą formą pracy badawczej stały się zakłady. Pojawił się w nich personel pomocniczy, etatowy lub z wolontariatu. Nazwa „zakład” miała odniesienie prawne – była to forma zawisła od finansowania z budżetu, bez osobowości prawnej, daleka od przedsiębiorczości.

Zainteresowanie systematycznymi badaniami, świadczące o formowaniu nauki w pełni akademickiej, doprowadziło w połowie XIX wieku do względnego wydzielenia zakładów badawczych w strukturze uniwersyteckiej. Świadectwem tego jest publikacja Zakłady uniwersyteckie w Krakowie. Przyczynek do dziejów oświaty krajowej podany i pamięci pięciusetletniego istnienia Uniwersytetu Krakowskiego poświęcony przez C.K. Towarzystwo Naukowe Krakowskie (1864). Ta sprawozdawcza księga prezentuje kolejno: Szkołę Panny Maryi, Bibliotekę, Obserwatorium astronomiczne, Ogród botaniczny, katedry i gabinety: mineralogiczny, zoologiczny, fizyczny, chemiczny, anatomiczny, farmakognostyczny oraz zakłady: anatomiczno-patologiczny, fizyologiczny, a także zakłady kliniczne oraz bursy i Seminarium diecezjalne. Widoczna jest różnorodność form, brak wspólnej podstawy prawnej działania. Łącznie placówki te są upostaciowieniem form właściwych badaniom, a nie dydaktyce, zapowiedzią instytucjonalizacji badań.

Podczas otwarcia roku akademickiego 1890/1891 ustępujący rektor, Wincenty Zakrzewski, wskazywał w sprawozdaniu: „aby dać zupełny obraz” połączono „umyślnie wszystko, co było do powiedzenia o budynkach i zakładach, o profesorach i o młodzieży, tj. o tych trzech różnych, lecz połączonych nierozdzielnie czynnikach, z których się składa każdy uniwersytet”. Według rektora należało zaczynać sprawozdanie „od czynnika najważniejszego, tj. od zakładów naukowych, a zwłaszcza gmachów na ich pomieszczenie”. Przeciw takiej materializacji występowali ówcześnie uczeni. Władysław Biegański mawiał: „w świątyni nauki nie muzea, nie pracownie stanowią o wynikach naukowych, lecz ludzie, ich zdolności, a przede wszystkim gorąca chęć kształcenia się i zamiłowanie do nauki”. Ludzie jednak przemijali, a instytucje pozostawały. ☐