Państwowa instytucja, jaką była Polska Akademia Nauk, była preferowana w przydziale środków budżetowych – w porównaniu ze społecznymi instytucjami i towarzystwami naukowymi. W efekcie następował szybki rozwój struktury organizacyjnej PAN – nie tylko administracyjnej, ale i placówek naukowych. Na koniec 1952 roku funkcjonowały w PAN 22 placówki naukowe: 7 przy Wydziale Nauk Społecznych, 9 przy W.N. Biologicznych, 1 przy W.N. Matematyczno-Fizycznych, Chemicznych i Geologiczno-Geograficznych oraz 5 przy W.N. Technicznych. W roku 1953 w 43 placówkach PAN zatrudniano ogółem 2123 pracowników, w tym 1448 pracowników nauki (68,2 proc.). W kolejnym roku w 58 placówkach – 3597, w tym 2440 pracowników nauki (67,8 proc.). W czasie posiedzenia Prezydium PAN, 6 października 1955 roku, Kazimierz Petrusewicz opowiedział się przeciw powoływaniu kolejnych placówek, a za działaniem „w kierunku umocnienia bazy materialnej i pogłębienia pracy istniejących placówek”. Wypowiedź tę powtórzył jako własną prezes PAN Jan Dembowski na forum Zgromadzenia Ogólnego PAN (21 X 1955). Był to jednocześnie kres polityki powoływania placówek PAN ad personam . W roku 1956 liczba placówek zmniejszyła się do 56, natomiast liczba pracowników wzrosła do 4363, w tym 3142 to pracownicy nauki (co stanowiło 72,1 proc.).

Powoływanie placówek wydziałowych PAN podlegało sprzecznym założeniom: akademickość wymagała odpowiedniego poziomu merytorycznego, ideologizacja zaś – uwzględniania oczekiwań władz partyjno-państwowych, odwołujących się do wzorca AN ZSRR. Szczególną wagę przywiązywano do Wydziału Nauk Społecznych PAN, do którego trafiały placówki humanistyczne przejmowane od PAU i TNW. Lokowano je na statusie placówek pomocniczych. Przesądzała to uchwała nr 122 Sekretariatu Naukowego Prezydium PAN (z 30 XII 1952) „w sprawie przekazania instytutom naukowym PAN niektórych zakładów i pracowni przejętych od PAU i TNW”. Tak trafiły do Instytutu Historii PAN Pracownia Polskiego Słownika Biograficznego czy Pracownie Atlasu Historycznego Polski. Niektóre przejmowane placówki uzyskały status wydziałowych, np. Pracownia Reedycji Bibliografii Karola Estreichera st. czy Pracownia Słownika Staropolskich Nazw Osobowych. W agendach przejętych od PAU zatrudniono w PAN etatowo (1953) zaledwie 8 samodzielnych pracowników nauki, 48 – pomocniczych oraz 56 – administracji i obsługi. Akademickość przejmowanych placówek przydała PAN oczekiwanego splendoru.

Drugim segmentem placówek PAN były instytuty, tworzone w większości od podstaw. Powoływanie instytutów Wydziału Nauk Społecznych było kontrolowane przez władze PZPR. Geneza tych instytutów sięga prac prowadzonych w roku 1948, zmierzających do powołania partyjnych „ośrodków alternatywnych”. Takim ośrodkiem był Instytut Badań Literackich powołany rozporządzeniem RM z 24 lipca 1948 roku. PAN przejęła IBL – działający pod stabilnym kierownictwem Stefana Żółkiewskiego (dopiero w marcu 1951 roku obronił pracę doktorską) – na mocy uchwały Prezydium Rządu z 9 lipca 1952 roku. Na pierwszy plan wysunięto w IBL PAN prace nad marksistowską syntezą historii literatury polskiej. Do czasu inkorporacji IBL zatrudniał blisko 30 pracowników naukowych i nie był zróżnicowany organizacyjnie. W IBL PAN powołano sześć działów według epok literackich oraz typową Radę Naukową, mającą uruchomić planowanie badań. Już w 1952 roku zatrudniano 67 pracowników naukowych i 15 administracyjnych. Dobór pracowników na stanowiska kierownicze w tym i pozostałych instytutach PAN był kontrolowany przez władze partyjne.

Najważniejszy z akademickiego punktu widzenia Instytut Filozofii PAN powstawał z dużymi po stronie władz oporami. Projekt powołania Komisji Organizacyjnej IF PAN został skierowany 15 grudnia 1953 roku do Wydziału Nauki i Szkolnictwa Wyższego KC PZPR. Dyrektorem IF miał zostać Adam Schaff, który łączył powołanie IF PAN z postulatem likwidacji Instytutu Filozofii UW. Powołano jednak w PAN jedynie pomocniczą Katedrę Materializmu Dialektycznego i Historycznego (9 II 1954). Jej kierownikiem został Czesław Nowiński. Zadaniem katedry (ta nazwa w PAN była ewenementem) było szkolenie ideologiczne aspirantów i pomocniczych pracowników nauki. Dopiero 1 września 1955 roku uruchomiono kierowany przez Schaffa Zakład Nauk Filozoficznych PAN, przekształcony w Instytut Filozofii i Socjologii decyzją Sekretariatu Naukowego PAN (17 X 1956). Zatrudniono w nim 32 pracowników naukowych, w tym 15 samodzielnych.

Odmiennie ewoluowały projekty Instytutu Historii PAN. Po klęsce grupy dogmatyków marksistowskich na konferencji otwockiej oddano kierownictwo Instytutu Tadeuszowi Manteufflowi. Instytut powołano uchwałą Prezydium Rządu z 13 grudnia 1952 roku. Przejął on nie tylko wybrane placówki PAU i TNW, ale i część agend społecznego Instytutu Zachodniego, który mimo planów likwidacji ostatecznie poddano kurateli PAN. Na IH PAN nałożono jako pierwsze zadanie „podjęcie prac nad podręcznikiem historii Polski z bardzo krótkim terminem wykonania”. Już 1 stycznia 1954 roku zatrudniano w IH 108 pracowników naukowych (w tym 11 na półetatach), 16 urzędników oraz 3 osoby z obsługi. Poprzez prace zlecone zaangażowano około 170 osób. Separowano od instytutu działy intelektualne. W IBL mieściła się historia literatury. Powołano też małe placówki pomocnicze: Zakład Historii Czasopiśmiennictwa w Polsce (18 XI 1952), Pracownię Dziejów Oświaty (19 V 1953) i Zakład Historii Nauki (10 XI 1953). Odrębnie działał też, powołany uchwałą Prezydium Rządu z 19 listopada 1953 roku, Instytut Historii Kultury Materialnej, programowo unikający studiów nad dawną kulturą duchową.

Relatywnie niską rangę miały, powołane jako pomocnicze, placówki prowadzące badania z zakresu nauk społecznych, ukierunkowane na potrzeby władz partyjno-państwowych. Były to: Zakład Nauk Prawnych (3 II 1953), kierowany przez Jana Wasilkowskiego oraz Zakład Nauk Ekonomicznych (27 X 1953), kierowany przez Bronisława Minca. Instytut Nauk Prawnych został powołany dopiero uchwałą Prezydium Rządu z 4 lipca 1956 roku. Zakład Nauk Ekonomicznych oceniano jako zbyt słaby do przekształcenia w instytut. Według sprawozdania Wydziału Kultury i Nauki KC PZPR (za marzec 1956) była widoczna w nim „niedostateczna obsada samodzielnymi pracownikami naukowymi, co uniemożliwia prowadzenie szerszych badań ekonomicznych”, do tego „zwężenie działalności Zakładu do rozwiązywania praktycznych zagadnień o charakterze usługowym dla gospodarki, niedostateczny rozwój ekonomicznych badań o charakterze teoretycznym, słabe powiązanie Zakładu z praktycznymi doświadczeniami w terenie, szczególnie w dziedzinie ekonomiki rolnictwa”. W Wydziale Nauk Społecznych ogółem funkcjonowały (1955) 3 placówki samodzielne i 12 pomocniczych.

Wśród 14 placówek samodzielnych w pozostałych wydziałach (1955), powoływanych w zasadzie ze względów merytorycznych, wyróżniały się instytuty tworzone ad personam – z myślą o wybitnych uczonych tworzących własną szkołę naukową. W pierwszym roku funkcjonowania PAN przejęto resortowy Instytut Matematyczny (Kazimierz Kuratowski) oraz powołano instytuty: Botaniki (Władysław Szafer), Zoologii (Tadeusz Jaczewski), Fizyki (Stefan Pieńkowski), Geografii (Stanisław Leszczycki), Immunologii i Terapii Doświadczalnej (Ludwik Hirszfeld) i Podstawowych Problemów Techniki (Ignacy Malecki). W roku 1955 utworzono Instytut Chemii Fizycznej (Wojciech Świętosławski). Spośród placówek przejętych od towarzystw akademickich największe szanse rozwoju miał, kierowany przez prezesa PAN Jana Dembowskiego, Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego, odziedziczony po TNW.

Czynnikiem, który unifikował działalność placówek naukowych PAN, była biurokracja, podległa sekretarzowi naukowemu. Władze partyjno-państwowe oczekiwały, że mechanizm biurokratyczny zostanie dopełniony poprzez wdrożenie zasad planowania i zespołowości badań. ☐