Fakultety uniwersyteckie wytworzyły się z kolegiów doktorskich w związku z wysunięciem na plan pierwszy dydaktyki, a nie badań. W odróżnieniu od kolegiów skoncentrowane były nie na kwestiach bytowych, lecz na zadaniach dydaktycznych. Na pierwszym planie znaleźli się mistrzowie – do nich należała władza w studium generale. Scholarze przychodzili i odchodzili, mistrzowie zaś byli trwałą podstawą korporacji. Do nich należały decyzje, oni pobierali beneficja. Powstawała wśród nich stopniowo hierarchia stopni i tytułów, następnie stanowisk. Tym samym korporacyjna jednolitość zastąpiona została wielością ordines academici , ustalanych nie w skali fakultetu, lecz całego stanu akademickiego. Zasada hierarchii objęła także fakultety. Najniżej lokowano fakultet artes liberales, wyżej – fakultety medycyny i prawa, najwyżej – fakultet teologii. Ta struktura czterech fakultetów przetrwała, mimo reform oświeceniowych, do końca XIX wieku. Zdominowała podział na kolegia, kojarzony z czasem tylko z budynkami. W Krakowie część artes ulokowano w Collegium Minus, resztę z teologami w Collegium Maius. Prawo zaś w Collegium Iuridicum. Medycyna, uboga w katedry, nie miała własnego pomieszczenia.

Rada wydziałowa była początkowo otwarta na wszystkich wchodzących do fakultetowego collegium doctorum. Realnie ograniczała się w składzie do czynnie wykładających. Stopniowo więc upadał ład korporacyjny, a narastał ład instytucjonalny. Korporacje doktorskie przetrwały do II połowy XIX wieku. Fakultetowe kolegia doktorów miały do czasu likwidacji udział w majątku uczelni, partycypowały w opłatach za egzaminy doktorskie, pobierając z tego tytułu stosowne taksy. Przynależność do tych zgromadzeń ułatwiała podjęcie pracy w zawodzie lekarza czy prawnika, dzięki stosownej rekomendacji. Część zgromadzeń doktorskich prowadziła tzw. spółki wdowie, zabezpieczając byt rodzinie zmarłego doktora. Większość zgromadzeń była zasobna w środki własne, z których tworzono fundusze stypendialne dla studentów. Dokumentacja personalna zgromadzeń była obszerniejsza niż akta personalne uczelni. Ten typ korporacji zawadzał w zbiurokratyzowanym systemie, bowiem ugruntowany był na ludziach niezależnych, mających znaczne wpływy. To oni dbali o tradycję i zachowanie tożsamości macierzystego uniwersytetu w społeczności.

Od czasu reform absolutyzmu oświeconego administracja ministerialna propagowała ład instytucjonalny, wpisany w ramy porządku państwowego. Rozbudowywała prawo stanowione centralnie. W takich realiach ideę korporacyjną usiłowały podtrzymać studenckie korporacje akademickie. Pozbawione jednak były wpływu na władze akademickie i nie miały związku z rozmytą koncepcją ogólnouniwersyteckiej korporacji, złożonej z samodzielnych pracowników nauki.

W wieku XX idea korporacji uniwersyteckiej profesorów przybrała postać metafory. Władysław Natanson w artykule Szkoły akademickie („Przegląd Współczesny” nr 128, XII 1932) przypominał: „Uniwersytety są korporacjami i korporacjami nadal pozostać powinny. Idea korporatywna leży w ich założeniu, tradycji, w ich istocie i treści; w korporatywnym ustroju jest źródło ich siły, ich urok, powaga, ich wartość i zwartość; w takiej, korporatywnej osnowie tkwi godność ich pracy, jest fons et origo ich roli w dziele Oświaty, w postępie Kraju, w budowie Państwa. Wobec młodzieży, wobec społeczeństwa, zasada korporatywnego wewnętrznego układu daje Wszechnicy dostojeństwo, każdego zaś akademickiego nauczyciela ożywia poczuciem odpowiedzialności moralnej, żąda od niego wysiłków i poświęceń ofiarnych. Tylko korporatywny charakter może zapewnić Szkole Najwyższej atmosferę czystą, pełną wzajemnej ufności, atmosferę współpracy zgodnej i harmonijnej, atmosferę szczerości, swobody, odwagi, gdzie tolerancja panuje, gdzie mądrość przywodzi, gdzie doświadczenie, rozwaga i sprawiedliwość otoczone są czcią. Uczestnicząc w korporacji, jak równy z równymi, żyjąc w koleżeństwie, w tradycjach uprzejmej życzliwości i dobrego obyczaju, w poczuciu otaczającej go sympatii i poważania, badacz, uczony, profesor znajduje zachętę, pomoc i poparcie w swej pracy, uczy się cenić przykłady, związki, ogniwa, które go łączą z przeszłością, uczy się czcić obowiązki względem następujących pokoleń”.