Toruń nie był postrzegany przez władze komunistyczne jako ośrodek akademicki, zwłaszcza gdy okazało się, że kierują się tam przymusowi „repatrianci” z Wilna i Lwowa. To, że w tym niewielkim mieście powstał „wielki duchem” uniwersytet, wynikało z przedwojennych usiłowań i powojennych ambicji władz lokalnych. Już 12 lutego 1945 roku wojewoda pomorski Henryk Świątkowski wypowiedział się na łamach „Słowa Pomorskiego” pod znaczącym tytułem: Toruń musi mieć uniwersytet. Kierownik Oddziału Państwowego Urzędu Repatriacyjnego i zarazem prezes Obwodu Toruńskiego Związku Zachodniego, Emil Ogłoza, był początkowo zwolennikiem przeniesienia do Torunia UMCS (w Ministerstwie Oświaty rozważano też czasowe ulokowanie w Toruniu pięciu wydziałów UW). Jednak dziewięciu profesorów USB, przebywających w Łodzi, zwróciło się (4 IV 1945) do Ministerstwa Oświaty „z prośbą, aby grono nauczające USB, w składzie, w jakim znajdowało się w dniu 1 IX 1939 r., zostało w całości użyte do utworzenia Uniwersytetu na Pomorzu”. W tym kierunku zmierzał też memoriał, podpisany (15 IV 1945) w Łodzi przez Ludwika Kolankowskiego (PTH), Adama Czartkowskiego (Towarzystwo Przyjaciół Nauki i Sztuki w Gdańsku) oraz Jana Stefana Hanemanna i Juliusza Villehomme (Związek Zachodni). W Toruniu miały działać wydziały: humanistyczny oraz prawny, w Bydgoszczy – matematyczno-przyrodniczy oraz gospodarczy (rolny, ogrodniczy, leśny), a w Gdańsku – ekonomiczny (ukierunkowany na zagadnienia handlu zagranicznego) oraz lekarski. Posłużono się dla całości nazwą: „Uniwersytet im. Mikołaja Kopernika – Universitas Coperniciana”. Za rozmieszczeniem toruńsko-bydgoskim optował też Józef Borowik, dyrektor wznawiającego prace Instytutu Bałtyckiego.

Przybycie pierwszej grupy pracowników USB z Wilna (9 IV 1945) wzmocniło pozycję Torunia. Powołano (13 IV) Komitet Organizacyjny Uniwersytetu. W maju przyjechały kolejne transporty rodzin wileńskich (ogółem 130 osób). Znajdowała im mieszkania Komisja Wykonawcza Komitetu. Wspierał lokalizację toruńską Stefan Burhardt – kierownik Książnicy Kopernikańskiej, były dyrektor Biblioteki Państwowej imienia Wróblewskich w Wilnie. Przekonał do tej lokalizacji Ludwika Kolankowskiego (do 15 IX 1945 prorektor UŁ). Ich akcja napotkała opór na terenie Ministerstwa Oświaty, odrzucającego koncepcję „przeniesienia USB”, w szczególności – Wydziału Teologicznego. Ministerstwo odrzucało także modernistyczne projekty powołania w Bydgoszczy Wydziału Weterynarii i Hodowli, a w Toruniu – Wydziału Teologii Protestanckiej.

Od czerwca 1945 roku powołanie UMK wspierało odbudowane Towarzystwo Naukowe w Toruniu. Korzystna zmiana na stanowisku ministra oświaty, którym został Czesław Wycech (PSL), przełamała stołeczne opory w sprawie zasadniczej. Mianowany został (14 VII 1945) delegat ministra do spraw UMK – początkowo Jan Wilczyński, a po miesiącu Ludwik Kolankowski (od IX 1945 p.o. rektora, a od 15 II 1946 rektor). Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu powołano dekretem rządowym z 24 sierpnia 1945 roku. Miał tylko dwa wydziały: humanistyczny oraz matematyczno-przyrodniczy. Pracowników Wydziału Lekarskiego USB ulokowano w Gdańsku, powołując resortową Akademię Lekarską (8 X 1945). Dekret o UMK opublikowano w „Dzienniku Ustaw” dopiero 19 września 1945 roku (prezydent Bolesław Bierut podpisał go po akceptacji KRN 11 IX 1945). Zwlekanie świadczyło o wahaniach władz, co potwierdza interwencyjne pismo władz Torunia do Prezydium KRN (17 IX) i cytowany raport Sawickiego (13 XI). Komitet Organizacyjny Uniwersytetu przekształcił się (22 XI) w Towarzystwo Przyjaciół UMK i Młodzieży Akademickiej. Ex post usankcjonowano rozporządzeniami ministra (z 5 XI 1945 i 24 I 1946) uruchomione od 1 października 1945 roku kolejne wydziały UMK: prawno-ekonomiczny oraz sztuk pięknych. Ten drugi nawiązywał – nazwą i składem – do unikalnego przed wojną wydziału USB. Wydział Prawno-Ekonomiczny przekształcono następnie (19 X 1950) w Wydział Prawa. Bezskutecznie upominały się władze UMK o założenie wydziałów: lekarskiego, farmaceutycznego oraz rolnego.

O szacunku do tradycji świadczyło ufundowanie przez prezydentów okolicznych miast insygniów rektorskich i tog profesorskich dla UMK (12 VI 1946). Wręczono je dopiero 23 maja 1948 roku. Podobnie jak we Wrocławiu gromadzono dla biblioteki uniwersyteckiej książki ze zbiorów poniemieckich, co nie było jednak ujmowane w kategoriach tradycji akademickiej, a rewindykacji.

Podczas uroczystej inauguracji UMK (5 I 1946) doliczono się 1605 studentów. Zatrudniano 60 profesorów, 69 adiunktów i asystentów, 4 pracowników naukowych bibliotek, 35 urzędników i 49 „niższych funkcjonariuszy”. Jak wspominał Kolankowski (1957), „skonstruowanie czterech wydziałów zajęło nam niemało czasu, jednak znacznie więcej (…) trzeba było go zużyć na zdobycie dla uniwersytetu odpowiednich pomieszczeń”, a także mieszkań dla około tysiąca osób – pracowników naukowych, administracyjnych i ich rodzin. Po upływie kadencji z nominacji (31 V 1947), Kolankowski uzyskał kolejne powołanie na podstawie wyboru przez międzywydziałowe „kolegium elektorskie” (12 VI 1947). Jego wybór blokowany był przez osoby powiązane z władzą – skuteczne było, jak ustaliła Henryka Duczkowska-Moraczewska (1995), dopiero dwunaste głosowanie. Już 23 lipca 1948 roku, w nowych realiach politycznych, Kolankowski, jak wspominał „chory jednak i przemęczony”, zgłosił rezygnację z urzędu na posiedzeniu Senatu, przyjętą przez Ministerstwo Oświaty z końcem sierpnia. Od 1 maja 1949 roku kierował Biblioteką UMK. ☐