1989–1990

W rządzie Tadeusza Mazowieckiego oraz w Komitecie Nauki i Postępu Technicznego trwają dyskusje nad wykorzystaniem środków pozostałych po likwidowanym Centralnym Funduszu Rozwoju Nauki i Techniki (CFRNiT). Wielkimi orędownikami idei stworzenia organizacji, której zadaniem będzie wspieranie badań naukowych, są m.in. prof. Henryk Samsonowicz, ówczesny minister edukacji narodowej oraz prof. Jan Janowski, ówczesny wicepremier i minister-kierownik Urzędu Postępu Naukowo-Technicznego i Wdrożeń (UPNTiW).

1990 (14 grudnia)

Sejm RP uchwala ustawę „o zniesieniu i likwidacji niektórych funduszy”, zawierającą zapis umożliwiający ustanowienie nowej fundacji, mającej realizować cele dotychczasowego CFRNiT.

1990 (21 grudnia)

Wicepremier Jan Janowski, występując w imieniu Skarbu Państwa, aktem notarialnym powołuje do istnienia Fundację na rzecz Nauki Polskiej.

1990 (28 grudnia)

Wicepremier Jan Janowski powołuje pierwsze władze fundacji, które nie podejmują działalności w oczekiwaniu na wprowadzenie w życie ustawy z 12 stycznia 1991 o likwidacji UPNTiW i utworzenia Komitetu Badań Naukowych (KBN) oraz powołanie nowego rządu (co nastąpiło 4 stycznia 1991).

1991 (6 lutego)

Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy rejestruje Fundację na rzecz Nauki Polskiej na podstawie ustawy o fundacjach z 6 kwietnia 1984 oraz jej własnego statutu.

1991 (2 kwietnia)

Znajdujący się w likwidacji Urząd Postępu Naukowo-Technicznego i Wdrożeń dokonuje przelewu kwoty 95 mln zł (po denominacji) – części niewykorzystanych środków zlikwidowanego CFRNiT na fundusz założycielski FNP.

1991 (25 kwietnia)

Działający od 1 marca w niepełnym składzie zarząd (dr Barbara Bolkowska i p. Małgorzata Kozłowska) uchwala pierwszy program działania Fundacji.

1991 (1 września)

Przewodniczący Komitetu Badań Naukowych prof. Witold Karczewski powołuje na stanowisko prezesa Fundacji dr Jana Krzysztofa Frąckowiaka, podsekretarza stanu w KBN. Równocześnie powołana została Rada Fundacji.

1991 (21 sierpnia)

Fundacja przyznaje pierwszą dotację w ramach programu Badania na rzecz Zdrowia Dziecka – Instytut Matki i Dziecka w Warszawie otrzymuje 400 tys. zł na „unowocześnienie karetki do przewozu dzieci”.

1991 (wrzesień)

Biuro Fundacji rozpoczyna działalność w pierwszej siedzibie przy ul. Wspólnej 1/3.

1992 (12 marca)

Rada Fundacji ustanawia Nagrodę FNP, do dziś najważniejsze polskie wyróżnienie naukowe. (Uroczystość wręczania pierwszych nagród odbyła się 6 grudnia 1992 na Zamku Królewskim w Warszawie.)

1992 (kwiecień)

Kontrola przeprowadzona w Fundacji przez NIK zaleca dokonanie zmiany statutu w celu nadania organom statutowym Fundacji odpowiedzialności podobnych do tych, które posiadają organy spółek prawa handlowego.

1992 (25 czerwca)

Rada Fundacji zatwierdza uruchomienie programu stypendialnego dla najmłodszych naukowców, mającego na celu zatrzymanie najzdolniejszych z nich w nauce. Przyznawane są przez Fundację do dziś pod nową nazwą: START. (Pierwsza uroczystość wręczenia tych stypendiów odbyła się w marcu 1993 na Zamku Królewskim w Warszawie).

1992 (25 października)

W związku z wejściem w życie ustawy o ograniczeniu działalności gospodarczej przez osoby pełniące funkcje publiczne cały dotychczasowy Zarząd Fundacji podaje się do dymisji.

1992 (26 października)

Rada Fundacji na podstawie zmienionego statutu powołuje na stanowisko prezesa FNP prof. Macieja W. Grabskiego, który przyjął propozycję pokierowania nią jako pierwszy przedstawiciel środowiska naukowego, niebędący jednocześnie urzędnikiem państwowym. 20 listopada tego roku na wniosek prof. Grabskiego Rada Fundacji uzupełnia skład Zarządu o prof. Mariana Grynberga, fizyka, wcześniej dyrektora Instytutu Fizyki Doświadczalnej UW i Grzegorza Krawczyka, finansistę. Profesorowie Grabski i Grynberg kierują Fundacją przez następne 13 lat, do 2005 roku. Grzegorz Krawczyk odszedł z Fundacji do instytucji finansowych w październiku 2002.

1996 (1 września)

Fundacja przenosi się do własnego budynku przy ul. Grażyny 11. Kilka miesięcy później, w styczniu 1997, prof. Aleksander Łuczak, ówczesny przewodniczący Komitetu Badań Naukowych, w obecności zaproszonych gości przecina wstęgę w nowej siedzibie.

2002 (13 marca)

Sąd Najwyższy rozstrzyga spór FNP z Izbą Skarbową w sprawie inwestowania środków w papiery wartościowe. Korzystna dla Fundacji uchwała ma charakter precedensowy dla całego środowiska organizacji pozarządowych, oznacza bowiem, że instytucje te mogą efektywnie pomnażać środki przeznaczone na działalność statutową poprzez inwestycje w papiery wartościowe.

2004 (31 grudnia)

Fundacja uzyskuje status organizacji pożytku publicznego.

2005 (1 września)

Fundacja ma nowego prezesa – po decyzji prof. Grabskiego o przejściu na emeryturę Rada Fundacji proponuje objęcie tego stanowiska prof. Maciejowi Żyliczowi, biologowi molekularnemu, wcześniej dyrektorowi Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej i członkowi Rady FNP. Na wniosek prof. Żylicza do nowego zarządu dołączają wiceprezesi: prof. Włodzimierz Bolecki, historyk i teoretyk literatury oraz dr Tomasz Perkowski, pracujący w Zarządzie FNP od 2001 roku.

2008

Fundacja rozpoczyna realizację czterech nowych programów, finansowanych z Funduszy Strukturalnych UE.

2009 (9 września)

Fundacja rozstrzyga konkurs architektoniczny na projekt nowej siedziby przy ul. Krasickiego 20/22.