W roku 1594 kanclerz Jan Zamoyski w porozumieniu z krakowskim Studium Generale ufundował Akademię. Około dwustu studentów przybyło do Zamościa już w następnym roku. Podzielono ich na pięć nacji: polską, litewską, ruską, prusko-inflancką oraz cudzoziemską. Musieli liczyć na zasoby rodzinne, stypendia kościelne oraz na Mons Pietatis (lombard, założony na potrzeby ubogich). Nie była to akademia szlachecka, choć idee szlachectwa w niej dominowały, a wśród scholarów trafiali się synowie możnych rodów. Do roku 1611 podjęło studia w Zamościu ogółem 754 scholarów. Udział synów szlacheckich odpowiadał liczebności szlachty w Koronie (20 proc.), jednak po paru latach spadł do 5 proc. Dopiero po roku 1617 osiągnął 15-20 proc. Kolejny spadek nastąpił po 1635 roku. Do tego roku wpisało się do matrykuły ogółem 2745 scholarów, a w latach 1635-1648 – kolejnych 1678. Daje to średnią roczną na poziomie 70, a następnie 120 scholarów. Studiowano często ponad 10 lat, na co miał wpływ wiek przystępujących do studiów (już od 12 lat). Synom możnowładców towarzyszyli – też wpisani do matrykuły – wychowawcy oraz służba. Jednak większość scholarów „klepała biedę”. Scholarów w XVII wieku nie dzielono między fakultety, dominowały klasy „niższe” i „wyższe” z zakresu artes liberales. Kurs prawa (tylko dwie katedry) prowadził do zdobycia stopnia zawodowego promotio ad notariatum publicum. Bakalaureaty i doktoraty były rzadkością – do roku 1626 odbyło się ogółem 30 promocji. Kurs medycyny nie był w XVII wieku uruchamiany. Poziom nauczania, programy i osobowość mistrzów odbiegały od pierwowzoru z Krakowa. Grono mistrzów było zmienne w składzie, przybywali najczęściej właśnie z Krakowa. Corocznie tworzyła się okazja do awansu o jeden szczebel na lepiej uposażone katedry – ignorowano przy tym kompetencje merytoryczne, a nawet brak wymaganego stopnia naukowego. Niektórzy mistrzowie po wyznaczeniu zastępców szukali okazji do uzyskania stopnia naukowego. Niektórzy mistrzowie po wyznaczeniu zastępców szukali okazji do uzyskania stopnia w europejskich wszechnicach, inni pozyskiwali stopień na miejscu, często z naruszeniem wymogów proceduralnych.

Akademią zarządzał rektor, wybierany na roczną kadencję, z możliwością ponowienia jednorazowo wyboru. Zastępował rektora dziekan – wspólny dla wszystkich niewyodrębnionych fakultetów. Sprawy finansowe leżały w kompetencji kwestora. Do grona kierowniczego zaliczano też czterech „radnych”. Służbę stanowiło dwóch bedeli i szwajcar – odźwierny. Akademia miała własną siedzibę – reprezentacyjny gmach zbudowano w latach 1639-1649. Funkcjonowała w Akademii drukarnia i biblioteka.

Wpływ kanclerzy – biskupów chełmskich nie był realnie znaczący, liczono się natomiast ze zdaniem każdego z ordynatów, na tyle że Akademia zyskała przydomek „Universitas Sariana” (od Saryuszów-Zamoyskich). Ten typ zależności porównywał Jan Karol Kochanowski (1900) z relacją między „proboszczami wiejskimi i kolatorami”.

Największym zagrożeniem dla Akademii, zwłaszcza dla jej finansów, były kampanie wojenne. W efekcie w latach 1646-1655 nie dokonano żadnego wpisu do matrykuły. Liczba immatrykulacji spada po potopie szwedzkim poniżej 50 rocznie (15 proc. to synowie szlachty). Część profesorów świeckich porzuca katedry, ponieważ ordynat nie realizuje zapowiedzi o nadaniu im beneficjum w postaci urzędu wójta lub sołtysa. Odmawia też wypłacania procentów od posiadania kapitału Akademii. Spada dyscyplina prowadzenia zajęć akademickich. Akademia przedstawia według Kochanowskiego „obraz ruiny (...) upadł w niej duch tej niezawisłości i resztek samowiedzy naukowej, jakie w jej murach do niedawna istniały”. Profesorów interesuje – prócz uposażeń – pisanie dochodowych kalendarzy i panegiryków. Od króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego zyskują profesorowie przywilej szlachectwa (26 listopada 1669), a dla Akademii – wyłączne prawo nauczania „wyższego” w promieniu 12 mil od Zamościa. Takim sposobem broniła się Akademia przed nowym trendem w nauczaniu humaniorów, propagowanym w kolegiach jezuickich i pijarskich. Oznaką kryzysu Akademii Zamojskiej był spadek udziału synów szlacheckich (do 2 proc.). Dominował wśród scholarów żywioł plebejski, zainteresowany nie nauką a notariatami i urzędami kościelnymi.

Walkę z kryzysem – jednak bez zwrotu kapitałów Akademii – podjął ordynat Marcin Zamoyski. Zgromadzeniu profesorów przekazał (11 lutego 1684) zapisane w języku łacińskim ustawy regulujące czasokresy zajęć, nakładające kary za „niedbalstwo profesorów”, mobilizujące do sobotnich dysput i corocznych „popisów” profesorskich. Ustalono też procedury wyboru władz i dokonywania obrachunków kwestorskich. O przełamaniu tendencji kryzysowych świadczyła frekwencja synów szlacheckich (ponownie 20 proc.). W latach 1685-1701 immatrykulowano ogółem 763 osoby (średniorocznie 48, był to spadek, ponieważ w poprzednim dziesięcioleciu – 700. W latach 1701-1715, mimo kolejnych wojen, wpisano do matrykuły 439 osób (średniorocznie – 32, średnia ta utrzymywała się, co obliczał Kochanowski, do roku 1745). O powrocie stanu kryzysowego świadczył brak promocji na kursy „wyższe”, które zapełniali tylko dotowani korepetytorzy studentów z kursów „niższych”. Z brakiem studentów wiązał się spadek o połowę dochodów z wnoszonych opłat. Wobec krytycznego stanu funduszy Akademia zdobyła się na udzielania napomnienia ordynatowi Tomaszowi Józefowi Zamoyskiemu (18 marca 1706, ponowione 6 lipca 1707) w sprawie braku beneficjentów dla bene meritis profesorów. Ten odpowiedział jednak ostrym verba veritatis (24 maja 1708). Żądał pozbawienia pensji tych profesorów, którzy „niedbale” prowadzą zajęcia (przez czas dłuższy niż dwa miesiące), a gdy to nie pomoże – oczekiwał pozbawienia ich katedry. Profesorów upomniała nawet Kolegiata (9 września 1711). Kochanowski oceniał, że upadek Akademii „był niezaprzeczonym i ostatecznym”. Postronnie nie był widoczny, bowiem „promocje i uroczystości coraz szumniejsze, wyposażone w zewnętrzne formy pompy i blasku, mającego brak treści zastąpić, były ową szatą złocistą, pod jaką Akademia nędze swe kryła. Korzystali z tej szaty ludzie ubodzy duchem...”.

Reforma, przeprowadzona w 1746 roku przez bp. Jerzego Laskarysa, nie zapobiegała likwidacji Akademii Zamojskiej po I rozbiorze Polski – decyzją cesarza Austrii w 1784 roku. ☐