Początki Uniwersytetu w Wilnie sięgają roku 1578, kiedy to 7 lipca król Stefan Batory wydał przywilej na założenie Academia et Universitatis Societatis Jesu. Składała się z dwóch wydziałów: teologii oraz filozofii, a także ze Studium Nauk Humanistycznych, podlegała jenerałowi Societatis Jesu, poprzez prowincjała litewskiego. Akademię Wileńską uposażył domami w Wilnie i posiadłościami w okolicach bp Walerian Szuszkowski. Jego następca, bp Jerzy Radziwiłł, nakazał spalić przed kościołem akademickim św. Jana księgi innowierców i uruchomił studentów do walk z kalwinami. Jak ustalił Michał Baliński (1862), „nie tylko żydzi, mieszczanie i uczniowie innych szkół wystawieni byli na bezprawia i pociski ich, lecz palestra, trybunały, a nawet żołnierze i pojedyńcza szlachta”. Według Henryka Barycza, „położenie na styku czterech światów wyznaniowych i różnych nawarstwień kulturowych (kultura łacińska, bizantyńskowschodnia, muzułmańska, wreszcie germańsko−luterańska)” wyznaczało misję akademii. O znaczeniu jej świadczy udział w zastosowaniu Ratio studiorum – powszechnego wzorca nauczania w szkolnictwie jezuickim (1591).

Pierwszym rektorem został ks. Piotr Skarga SJ, następnym ks. Jakub Wujek SJ, tłumacz Biblii na język polski. Mimo tych sław ogólny poziom nauczania nie był wysoki. Ks. Ludwik Piechnik SJ w syntezie dziejów akademii wyjaśnia: „nauki humanistyczne miewały młodych nauczycieli (...). W niższych klasach uczyli klerycy (...). Fakultet filozoficzny miał dobrych profesorów, ale wykłady były skrócone do dwóch lat (...). Najgorzej przedstawiał się wydział teologiczny, mimo bardzo dobrych profesorów”. Byli to z zasady cudzoziemcy, jezuici. Studiowało w akademii około 800 studentów.

Akademia grzęzła w sporach teologicznych, a czasy od połowy XVII do połowy XVIII wieku Baliński nazywa okresem „odrętwienia nauk”. Funkcjonowało w roku akademickim 1751/1752 tylko 15 katedr, stopnie naukowe uzyskiwało corocznie około 10 absolwentów (słuchaczy było ok. 50, obok nich pojawiali się klerycy Seminarium Diecezjalnego i alumni Seminarium Papieskiego).

Bulla Klemensa XIV (21 lipca 1773) zniosła Zakon Towarzystwa Jezusowego. Powstała Schola Princeps Magni Ducatus Lithuaniae – jej rektorem (na lata 1780−99) został ks. Marcin Poczobut. W tym okresie ziemie litewskie dostały się, w wyniku rozbiorów, pod panowanie Rosji (Wilno w 1795).

Na mocy ukazu cara Aleksandra I z 4 kwietnia 1803 roku odnowiono uczelnię jako Imperatorski Uniwersytet w Wilnie, podległy kuratorowi Wileńskiego Okręgu Naukowego. Był uczelnią państwową, uposażoną (105 tys. rs) z funduszów pojezuickich (w 1829 roku wprowadzono fundusz ministerialny) i poprzez beneficja kościelne profesorów. Utrzymano resztkę societatis, ale świecką. Profesorowie raz w miesiącu odbywali posiedzenia naukowe ogólne, niechętnie, bowiem należało wygłosić referat (w 1812 roku Śniadecki wprowadził obligatoryjnie kolejność referowania). Funkcjonowały cztery wydziały: Nauk Fizyczno−Matematycznych, Nauk Lekarskich, Nauk Moralnych i Politycznych oraz Literatury i Sztuk Wyzwolonych. Działały 22 katedry, zatrudniano też 12 adiunktów. Nadal uniwersytetowi podlegały szkoły niższych szczebli, i nadal miał prawo i obowiązek cenzurowania publikacji, także obcych. Językiem wykładowym był polski (z wyjątkiem prawa rzymskiego i „umiejętności lekarskich” – tu łacina). Uniwersytet wykonywał wobec swej społeczności jurysdykcję. Obok rektora działała Rada Uniwersytetu – zebranie ogólne, obradujące raz w miesiącu. Sprawami bieżącymi zajmował się komitet, złożony z rektora i dziekanów.

W epoce korespondencyjnych rządów kuratorskich księcia Adama Jerzego Czartoryskiego (1803− −24), mimo nieszczęsnych okoliczności polityczno−wojennych, uniwersytet przeżywał okres rozwoju. Po ks. Poczobucie rektorem został ks. Hieronim Stroynowski, który sprowadził kilkunastu renomowanych profesorów z zagranicy, widoczna była jednak słabość zakładów pomocniczych. Kolejny rektor, Jan Śniadecki (1806−15) był przeciwny angażowaniu cudzoziemców, mimo 10 vacatów na katedrach. Według Piotra Mariana Massoniusa (1922), „Wilno w okresie filareckim stworzyło typ i wzór studenta (...) w tym konkretnie leży wielkość naszego Uniwersytetu”.

Gdy kuratorem ze specjalnymi uprawnieniami zostaje Nikołaj Nikołajewicz Nowosilcow (1824−32) następuje okres prześladowań i rusyfikacji administracji uniwersyteckiej – liczba urzędników równa się z liczbą profesorów. Jak oceniała Janina Kozłowska−Studnicka (1929), „wileńska organizacja oświatowa była koncesją dla społeczeństwa polskiego (...). Piędź po piędzi, instytucja po instytucji, duszę po duszy, miała zagarniać Rosja pod swoje nie tylko polityczne, lecz i moralne panowanie”. Uniwersytet uroczyście obchodzi (25 kwietnia 1828) 250−lecie założenia i 25−lecie „zatwierdzenia” przez Aleksandra I. Ciągłość organizacyjna zostaje zerwana ukazem z 1 maja 1832 roku: Uniwersytet zlikwidowano w ramach represji po upadku powstania listopadowego.