Dawne pojęcia odnoszące się do ogółu uczonych – collegium invisibile czy respublica litteraria – miały wymiar wspólnotowy i korporacyjny. Było jednak oczywiste, że organizacja życia naukowego ma wymiar instytucjonalny. W średniowieczu uniwersytety miały w ramach danego miasta realną autonomię, co uzasadniało tezę, iż stanowią „państwo w państwie” – z własnym terytorium otoczonym murami, z władzą wyposażoną w jurysdykcję, z własnymi symbolami i ceremoniałem oraz, co najważniejsze, z odmienną społecznością universitas magistrorum et scholarum. Tak zrodziła się koncepcja Rzeczpospolitej Akademickiej.

Od czasu rozbudowy biurokratycznego aparatu władzy państwowej w okresie oświecenia ujawniły się różnice ideowe między państwem a nauką. Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę odpadł kontekst narzuconej przez zaborców polityki wynaradawiania, ale tym bardziej czytelny stał się konflikt ideowy. Jak z perspektywy półwiecza dziejów Towarzystwa Naukowego Warszawskiego pisał Bogdan Nawroczyński: Czynniki państwowe, dając subsydia, poczęły wywierać wpływ na sprawy wewnętrzne Towarzystwa i stawiać swoje wymagania, nie zawsze łatwe do przyjęcia. Było to nieraz zderzenie się dwu światów, jednego wyrosłego z dobrej woli, a nawet entuzjazmu i przywykłego do stosunków samorządowych – drugiego wykonującego przepisy administracyjne, często szablonowo, a prawie zawsze bardzo opieszale. Premier Antoni Ponikowski wskazał także na kontekst pokoleniowy sporu ideowego między „młodzieżą akademicką” a „starszym społeczeństwem”. We wstępie do wydawnictwa Rzeczpospolita Akademicka Rok 1921/22 pedagogicznie wskazywał: nieprawdą jest, iżby się te dwa światy zrozumieć nie mogły (...) nieraz ci, co Was najlepiej rozumieją i współczują z całem Waszem życiem, nie wchodzą w sam środek między Was, nie chcąc być intruzami w Waszych przeżyciach. Jednak w tym samym wydawnictwie publikowano też przemówienia Wojciecha Świętosławskiego, który realistycznie dostrzegał „konieczność zadośćuczynienia potrzebom państwowem”. Potrzebny był, według niego, nowy typ uczelni – „aparat masowego kształcenia młodzieży”. Na te tematy debatowano na I i II Zjeździe Nauki Polskiej (1920, 1927) oraz w toku prac legislacyjnych, związanych z nową ustawą o szkołach akademickich (1933).

Wobec naporu potrzeb państwowych, gospodarczych i społecznych konieczne stało się podkreślenie dostojeństwa uniwersytetu, uwarunkowanego wielowiekową tradycją, a porównywalnego jedynie z dostojeństwem Kościoła. I konieczne było też wskazanie na fundamentalny charakter Rzeczpospolitej Akademickiej. To Kazimierz Twardowski wskazywał, że profesor uniwersytetu służy nie tylko własnemu społeczeństwu i jest obywatelem nie tylko swego narodu i państwa. Należy on do wielkiej rzeczypospolitej uczonych, rozpostartej poprzez wszystkie cywilizowane narody kuli ziemskiej. Ta rzeczpospolita nie posiada ustaw pisanych, nie ma w niej żadnych władz, wyposażonych w jakąkolwiek siłę fizyczną; stając się jej obywatelem, nikt jej nie przysięga lojalności ni wierności. Wszystko to jest zbędne, miejsce środków zewnętrznych i przymusowych, strzegących dobra tej rzeczypospolitej, zajmuje bezwzględne umiłowanie prawdy obiektywnej, świadomość odpowiedzialności za jej nieskazitelność oraz poczucie solidarności łączącej tych, których życia treścią jest nauka. I gdyby to poczucie solidarności było należycie rozwinięte, obywatele rzeczypospolitej uczonych mogliby oddawać o wiele większe jeszcze niż obecnie usługi całej ludzkości, a tem samem własnym narodom i państwom.

Okazywało się, że państwo nie ma głębszej idei niż samo władanie i dopiero w konkretnym wcieleniu nabiera siły i znaczenia. Państw było wiele, a nauka jest tylko jedna, tak jak jedna jest Rzeczpospolita Akademicka.