Względna liberalizacja polityki Rosji po 1905 roku stworzyła szansę założenia Towarzystwa Naukowego Warszawskiego oraz namiastki polskiej uczelni, konkurencyjnej wobec zrusyfikowanego Uniwersytetu Warszawskiego. Inicjatorem przekształcenia konspiracyjnego „latającego uniwersytetu” w legalną uczelnię był – wspierany przez Henryka Sienkiewicza i innych intelektualistów – Samuel Dickstein.

W grudniu 1905 roku powołano Towarzystwo Kursów Wyższych, od 9 września kolejnego roku nazwane Towarzystwem Kursów Naukowych w Warszawie. Władze zaborcze uniemożliwiały legalne utworzenie uczelni prywatnej, dlatego powołano towarzystwo mające osobowość prawną na mocy ustawy o związkach i stowarzyszeniach z 1906 roku.

Wyjątkowa w formie uczelnia działała nie tyle jako agenda, ile po prostu stowarzyszenie wykładowców i mecenasów. Jak wspomniano w jubileuszowym wydawnictwie TKN (1916), „całym kapitałem przedsięwzięcia była nadzieja, a jedynym interesem (…) postęp oświaty wyższej; prawem (…) prawo do życia nauki polskiej, przybytkiem (…) jakikolwiek najęty lokal, a programem wszystko, co zasługuje na nazwę nauki; nauczycielami mieli być wszyscy najlepsi uczeni, a uczniami wszyscy, mający odpowiednie przygotowanie”. Statut wprowadzał obok nauczania także „rozpowszechnianie wiadomości naukowych wśród szerszych warstw społeczeństwa”. Prowadzono więc nie tylko wykłady, konwersatoria, seminaria i ćwiczenia, ale i „wycieczki naukowe, odczyty publiczne i pogadanki naukowe” – na wzór zachodnioeuropejskich „wolnych uniwersytetów”.

Powołano w TKN cztery sekcje: Matematyczno−Przyrodniczą (przejętą z Muzeum Przemysłu i Rolnictwa), Techniczną, Humanistyczną i Rolniczą. Sekcje rozbudowano w wydziały, z tym że po zwinięciu sekcji rolniczej (1911) powołano w dwa lata później Wydział Ogrodniczy, a w 1916 – Wydział Leśny. W 1915 roku podzielono kierunek matematyczno−przyrodniczy wyodrębniając Wydział Fizyczno−Matematyczny. Dominowała humanistyka, zatrudniając 75 spośród 118 wykładowców i skupiając ponad 80 proc. słuchaczy, w tym wielu nauczycieli dokształcanych w Instytucie Pedagogicznym TKN. Towarzystwo działało non profit, czerpało środki na administrację, wynajem lokali i honoraria z czesnego, składek członkowskich oraz dotacji, darów i zapisów. Dodatniego bilansu nie mogły uratować rauty, koncerty, broszury oraz „journal parlé”, zdarzało się więc, że wykładowcy nie otrzymywali wynagrodzenia. Wprowadzono zatem autonomię finansową wydziałów. Osłabło wtedy znaczenie organów statutowych TKN. Były to typowe dla towarzystw: Zebranie Ogólne Członków (przed I wojną liczba ich wynosiła 606 zwyczajnych, 30 dożywotnich i 2 protektorów), Zarząd i Komisja Rewizyjna. Specyficznym organem merytorycznym była Rada Naukowa, której przewodniczył Dickstein. Centralną Radę w praktyce zastąpiły rady poszczególnych wydziałów, które układały programy kursów i dobierały wykładowców. Członkami TKN mogły być także osoby spoza grona wykładowców, a nawet in corpore instytucje naukowe i społeczne.

Uczelnia działała pod stałą presją kuratora Warszawskiego Okręgu Naukowego, generał−gubernatora, a nawet oberpolicmajstra. Stosowali oni metodę „drobnych szykan”, odmawiali akceptacji poszczególnych wykładów, tworzyli klimat półlegalności. Od 1910 roku cenzurowano programy i wymagano pisemnych deklaracji, iż „wykładający nie dotykali pism zakazanych i trzymali się obiektywnej metody wykładania”. Dokumentacja TKN musiała być prowadzona także w języku rosyjskim. Poziom wykładów był bardzo zróżnicowany. Część prowadzili profesorowie i docenci. Próbowano zorganizować dwuletnie kolegia z przedmiotami typu akademickiego i egzaminami. Nie było jednak dyscypliny studiowania. Ogółem studiowało w TKN ponad 15 tys. osób, w tym aż 11 tys. kobiet. Wśród słuchaczy były osoby z ukończoną zaledwie szkołą elementarną. Dyplomów ukończenia studiów nie wydawano, jedynie zaświadczenie o wysłuchaniu poszczególnych wykładów czy ukończeniu kursu zawodowego. Wkład towarzystwa w kulturę i naukę polską był jednak znaczący, przez wszystkie lata dążyło ono do powołania w Warszawie uniwersytetu i politechniki, co nastąpiło za okupacji niemieckiej w 1915 roku. Tradycje TKN przejęła w 1919 roku Wolna Wszechnica Polska.