Na III i IV Zjeździe Związku Nauczycielstwa Szkół Powszechnych (1921 i 1922 r.) Falski występował z krytyką ministerialnej polityki oświatowej: „w tym okresie pracownik Ministerstwa mógł bez żadnych przeszkód wypowiadać publicznie poglądy odmienne od oficjalnego stanowiska resortu, a organizacje nauczycielskie wypracować też własne postulaty i walczyć o nie. Organizacje te nie zamykały się w ramach spraw bytowych”. Falski dążył do wprowadzenia w ciągu siedmiu lat realnie wykonywanego powszechnego obowiązku szkolnego.

W Referacie Statystycznym kierowanym przez Falskiego zatrudniano kontraktowo kilku pracowników. Ustalono kryteria wyodrębnienia „rejonów szkolnych”. Ukazała się kolejna ministerialna publikacja, Materiały dla projektu sieci szkół powszechnych (1925), firmowana przez trzyosobową Komisję Pedagogiczną. Wydano też ze wstępem Falskiego publikację statystyczną Szkoły powszechne Rzeczypospolitej Polskiej w roku szkolnym 1925/1926 (1927). Dane odwoływały się do języka, jakim mówili uczniowie w domu, co ujawniało niekorzystną dla mniejszości politykę oświatową rządu.

Dzięki wpływom z honorariów autorskich za elementarze – w 1933 roku ukazały się Elementarz tematowy dla szkół miejskich oraz Elementarz powiastkowy dla szkół wiejskich – Falscy zakupili parcelę przy ulicy Lekarskiej i zlecili budowę „szeregowca” Spółdzielni Budowlano-Mieszkaniowej „Ognisko”. Wyrazem luksusu było umeblowanie „artystycznymi antykami” oraz przeznaczenie dwu pokoi dla służącej. Ogródek urządził ogrodnik miejski. Mieszkali sami – Janina wyszła za mąż. Falski wspominał: „Wchodziliśmy w okres paru lat wygodnego i pogodnego życia, zwłaszcza że stan oczu żony pozwalał jej jeszcze na dość swobodne (…) poruszanie się nie tylko po mieszkaniu i ogródku (…), ale i po mieście”. Z czasem jednak „spotkania towarzyskie redukują się do najbliższych głównie przyjaciół i członków rodzin”.

W formie map i wykresów dotyczących szkolnictwa przygotowano pod kierunkiem Falskiego udział Ministerstwa WRiOP w Powszechnej Wystawie Krajowej w Poznaniu (1929). Materiały te wróciły do Warszawy jako wyposażenie nowego Muzeum Oświaty i Wychowania. Opublikowano Atlas szkolnictwa powszechnego Rzeczypospolitej Polskiej (1929), Atlas szkolnictwa średniego ogólnokształcącego (1932) oraz Szkoły Rzeczypospolitej Polskiej w roku szkolnym 1930/31 (1933). Z rekomendacji Ludwika Rajchmana Falski wyjechał do Chin jako jeden z ekspertów Ligi Narodów (1931). Część letnich wakacji spędził z żoną we Francji i Szwajcarii. W związku z realizacją reformy oświaty zwanej jędrzejewiczowską Falski opublikował pod pseudonimem Rafał Praski broszurę Walczmy o szkołę (1936). Krytykował upadek demokratycznej koncepcji szkoły. Nadal pod jego kierunkiem gromadzono w referacie dane o szkolnictwie mniejszości narodowych. W czasach ministra Wojciecha Świętosławskiego, który usamodzielnił referat (ze struktury wydziałowej Departamentu Ogólnego), Falski opublikował pracę Środowisko społeczne młodzieży a jej wykształcenie (1937), a w kolejnym roku publikację Nauczyciele w liczbach. Liczebność, cechy osobowe, zatrudnienie, uposażenie .

Działał konspiracyjnie

O atmosferze panującej w referacie świadczyły „«szopki», z tekstami satyrycznymi i świetnymi kukiełkami, obejmującymi nieraz i pracowników Ministerstwa spoza Referatu. Na przedstawieniach tych zbieraliśmy się jednak tylko we własnym gronie”. Było to coraz liczniejsze grono „ideowych i uzdolnionych pracowników”, wśród których wyróżniali się grafik Edward Sobczyński oraz Jadwiga Woźnicka, nieoficjalna zastępczyni Falskiego. Referat uprawiał „statystykę problemową”, korzystając z prac GUS z zakresu „statystyki stałej”. Na żądanie wiceministra Jerzego Ferek-Błeszyńskiego dodał Falski kościół na rysunku wsi w Elementarzu , jednak nie zgodził się na wprowadzenie tematyki religijnej (1938). Przygotował przy udziale żony sześć zeszycików Zadań elementarzowych .

Falski wykładał w warszawskiej Wolnej Wszechnicy Polskiej oraz w Instytucie Pedagogicznym w Katowicach. We wrześniu 1939 roku odniósł ciężkie rany głowy po wybuchu bomby. Działał konspiracyjnie, kontynuując opracowania statystyczne w gmachu Archiwum Akt Nowych. Uzyskał też legalną pracę w Wydziale Statystycznym m. Warszawy. Na zamówienie władz niemieckich pracownicy zajmowali się spisami rolnymi, co tworzyło okazję do prac konspiracyjnych. Trzykrotnie przesłuchiwano Falskiego w siedzibie gestapo w Alei Szucha. Wobec nędzy materialnej Falscy sprzedali parter domu, z suteryną i ogródkiem rodzinie Fijałkowskich handlujących żywnością. W czasie Powstania Warszawskiego Falscy ocaleli dzięki decyzji oficera, Austriaka, który zezwolił na ucieczkę w kierunku Rakowca. Zamieszkali w Zalesiu Dolnym. W czasie powstania spłonęły materiały Falskiego, przygotowane do czterotomowej pracy o dydaktyce czytania i pisania.

Nie wstąpiłem do partii

Po wojnie Falski pracował (od 15 III 1945) jako naczelnik Wydziału Statystycznego. Siedzibą była oficyna pałacyku Sosnowskich w Milanówku: „Porządek w lokalach biurowych utrzymywał Adam Flaszczyński, obiady dla pracowników gotowała (…) Józefa Lichniakowa (…). Po dawnemu (…) urządzało Biuro szopki”. Falscy zamieszkali na parterze pałacyku. W czasie Zjazdu Oświatowego w Łodzi (18-22 VI 1945) Falski przedstawił referat Zagadnienia sieci szkół i kadr nauczycielskich . Od 1 maja 1946 roku został dyrektorem Biura Badań i Statystyki Ministerstwa Oświaty. Komentował: „Obejmując to stanowisko nie wstąpiłem do Partii, chociaż tego ode mnie oczekiwano, jednak tej sprawy nie poruszano”. Falski dostrzegał w coraz większym stopniu cechy stalinizmu i malejące możliwości pracy „przy dużej swobodzie własnego myślenia i nieskrępowanego wypowiadania się”. Kilkakrotnie Falski wyjeżdżał służbowo za granicę. Zebrał ze współpracownikami dane o wojennych i okupacyjnych stratach w oświacie oraz o stanie szkół w nowym układzie granic. Zniszczony w dwu trzecich szeregowiec w Warszawie odbudowali Fijałkowscy w 1946 roku, zachowując pierwsze piętro i poddasze dla Falskich (nadal mieli służącą).

W roku 1948 Biuro Badań i Statystki zostało przeniesione z Milanówka do Warszawy – początkowo do lokalu „Romy” przy ulicy Nowogrodzkiej, następnie, na krótko, do gmachu Ministerstwa Oświaty, a w końcu do gmachu przy ulicy Górczewskiej, zajmowanego wspólnie z Instytutem Pedagogicznym. Falski bronił w ministerstwie i na forum Związku Nauczycielstwa Polskiego koncepcji ośmioletniej szkoły podstawowej. Przeciwny był projektowi zrealizowanemu w postaci szkoły jedenastoletniej ogólnokształcącej (7+4 klasy) – decyzją Biura Politycznego KC PPR z 1 marca 1948 roku – jako zbyt selektywnej wobec uczniów i skracającej naukę o rok. Przygotował na Ogólnopolski Zjazd Inspektorów Szkolnych (1948 – nie organizowano po 1945 Zjazdów Oświatowych) referat Problemat upowszechnienia nauki w zakresie pełnej szkoły 7-klasowej , ale został on zmarginalizowany. Biuro – po odbudowie GUS – powróciło do „statystyki problemowej i szczegółowej”. Opublikowano sześć zeszytów „Przyczynków statystycznych”. Ostatni z nich ukazał się w roku 1949, kiedy to cenzura doprowadziła do blokady publikacji statystycznych. Wobec rosnących zadań biurokratycznych GUS, biuro powróciło do gromadzenia ogólnych corocznych danych oświatowych. Nie zostały opublikowane materiały na temat wyników nauczania języka polskiego i matematyki czy też stanu budynków szkolnych oraz mieszkań nauczycielskich.

Presja ideologiczna

Minister Stanisław Skrzeszewski wywierał osobiście presję na Falskiego, by uwzględnił w kolejnym wydaniu Elementarza materiały ideologiczne. Pojawiły się jedynie (1949) portrety Bolesława Bieruta i Konstantego Rokossowskiego oraz temat odbudowy stolicy. Przed wyjazdem na urlop Falski wstąpił 7 lipca 1950 roku do ministra Skrzeszewskiego, który kończył pracę w tym resorcie – ten niespodziewanie wręczył mu pismo o zwolnieniu z pracy w Ministerstwie Oświaty z dniem 31 sierpnia tego roku. Jak oceniał represjonowany: „Spychano mnie na emeryturę w kwocie 300 złotych (potem podniesiono do 440 zł) miesięcznie (…). Przypuszczałem, iż bardzo prędko usunięty też zostanie ze szkół mój Elementarz , z którego mieliśmy dodatkowe dochody”. Po powrocie do Warszawy Falski przekonał się o „magicznej sile władzy”: „Znajomi na stanowiskach zaczęli mnie wyraźnie unikać (…). Czasami nawet przechodzili na drugą stronę ulicy”. Pracownicy techniczni z ministerstwa zabrali mu nawet z domu telefon. Przyjaciele znaleźli dla Falskiego pół etatu w Komitecie Normalizacyjnym – od 1 stycznia 1951 roku – w charakterze doradcy naukowego. Po roku jednak kadry ministerialne zablokowały Falskiemu nawet możliwość prac zleconych w tym komitecie. Okazało się, że podjęto też decyzję o likwidacji Biura Badań i Statystyki, uchwałą Rady Ministrów z 29 listopada 1950 roku przeniesiono zadania związane z zakresem pracy biura do GUS. Wszyscy pracownicy biura otrzymali wymówienie pracy z dniem 1 kwietnia 1951 roku.

Nowy minister Witold Jarosiński dyplomatycznie zaproponował Falskiemu drugorzędne stanowisko. Falski wybrał jednak umowę na prace zlecone z Komitetu Nauk Pedagogicznych PAN (od 14 III do 31 VIII 1953). Zajmował się rozwojem szkolnictwa polskiego w latach 1918-1954. Z dniem 1 września 1953 roku Falski został zatrudniony w Pracowni Dziejów Oświaty PAN jako samodzielny pracownik nauki. 1 listopada kolejnego roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. Kierownikiem pracowni był trudny w kontaktach Łukasz Kurdybacha. Zatargi jego, zwłaszcza z krakowskimi historykami oświaty, dezorganizowały prace nad nową historią wychowania.

Podjął działalność opozycyjną

Falski utworzył odrębną grupę badawczą z Jadwigą Woźnicką do badań ustroju oświaty. Wygłosił i wydrukował referat Aktualne zagadnienia ustrojowo-organizacyjne szkolnictwa polskiego (1957). W nowym wydaniu Elementarza (1957) wprowadzono kolorowe ilustracje, poszerzono treść czytanek i „Przewodnika dla nauczycieli”. Od czerwca 1958 roku działała odrębna Pracownia Ustroju i Organizacji Oświaty PAN pod kierownictwem Mariana Falskiego. Zatrudniano łącznie jedenastu pracowników, w tym czterech naukowo-technicznych. Cenzura zablokowała w 1959 roku druk pracy Falskiego Zasadnicza reforma ustroju szkolnictwa . Falski przeszedł w końcu 1960 roku na emeryturę, ale jeszcze przez dwa lata działał jako kurator pracowni. Jej kierownictwo przejął były dyrektor departamentu Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego Franciszek Bielecki, niemający nawet doktoratu.

Marian Falski podjął działalność opozycyjną, poczynając od udziału w pracach Klubu Krzywego Koła. Podpisał „list 34” przeciw cenzurze. Publikował artykuły, a w 1966 roku książkę Problematyka organizacyjna szkolnictwa średnich szczebli . W wyniku umowy z Państwowymi Zakładami Wydawnictw Szkolnych (1968) Falski przygotował nową wersję Elementarza . Chciano mu narzucić tematy ideologiczne: „Polska Ludowa – nasza Ojczyzna” (opowiedział się tylko za „Polską”) oraz „Żołnierz Polski Ludowej – nasz obrońca” (co odrzucił). PZWS druku nie podjęły, dopiero w 1972 roku ukazało się XV wydanie Elementarza . W roku 1969 Falski zaczął pisać wspomnienia, opiekował się żoną, która całkowicie oślepła; zmarła 20 kwietnia 1970 roku. W roku 1972 Rada Państwa nie zaakceptowała uchwały Senatu UJ o nadaniu Marianowi Falskiemu doktoratu honoris causa . Ostatnim wystąpieniem Falskiego, opublikowanym pośmiertnie, były Uwagi o Raporcie o stanie oświaty , przygotowane po wydaniu materiałów Komitetu Ekspertów do Opracowania Raportu o Stanie Oświaty (do którego nie zaproszono Falskiego).

Marian Falski zmarł na zawał serca 8 października 1974 roku. Pochowano go w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie. Żegnały go tysiące rodziców z dziećmi.

W roku 1975 ukazało się kolejne wydanie Elementarza z ilustracjami Janusza Grabiańskiego i tekstami Aleksandra Fredry, Mieczysława Kotarbińskiego, Juliana Tuwima i Antoniego Słonimskiego. Falski zapowiadał, że to „dzieło całego życia – pośmiertna pamiątka dla dzieci”.