Żona przez rok ratowała zdrowie w Sudetach, a Krzywicki poszukiwał w bibliotekach berlińskich kolejnych materiałów. Wykańczał monografię o Kurpiach, pojechał z referatem na zjazd etnologów do Chicago, przez pół roku podróżował po USA, pisząc do krajowych pism korespondencje. Po 1893 roku Krzywicki prowadził – jak wspomina Irena Krzywicka – „spokojne życie, wypełnione wykładami, pisaniem artykułów i pracą naukową”. W roku 1896 urodził się kolejny syn – Jerzy, którego po latach poślubiła Irena Krzywicka. Mieszkanie Krzywickich mieściło w czterech pokojach na trzecim piętrze „tylko to, co najniezbędniejsze, bez żadnej troski o estetykę. Tylko gabinet młodego uczonego posiada pewną okazałość. Jest to najładniejszy pokój w mieszkaniu – stoi w nim rozległe biurko, zarzucone papierami, dookoła ścian biegną książki”. By podkreślić swoje doświadczenia teoretyczne, zawiesił na ścianie portrety Marksa i Engelsa.

Krzywicki działał w towarzystwach oświatowych ukierunkowanych na środowisko robotnicze, ale też pisał do „Poradnika dla samouków”, wydawanego przez Kasę im. Józefa Mianowskiego. W badaniach nad ewolucją ustrojów „terytorialnych” zdefiniował ustrój jako „organizację ludzi za pośrednictwem rzeczy” (Rozwój kultury 1905). Dwukrotnie więziono go w Cytadeli (1889/1890 oraz 1905). Aktywny był w okresie strajku szkolnego (1905). Władze policyjne unieważniły jego kandydaturę w wyborach posłów do Dumy. Do policyjnych rewizji domowych doszły represje w prasie endeckiej, wywołane socjalistycznymi poglądami Krzywickiego, a także jego kontaktami z lewicą rosyjską. W 1907 roku pod pseudonimem J. Wojewódzki opublikował broszurę Znaczenie związków zawodowych , opowiedział się za „walką klasowo-polityczną”. W dwa lata później opublikował zbiór W otchłani , ukazujący zjawisko komercjalizacji kultury. Znalazł wytchnienie w badaniach archeologicznych, których wyniki opublikował po poszukiwaniach grodzisk na Żmudzi w latach 1900-1913 (Żmudź starożytna). Podjął też prace redaktorskie przy Wielkiej Encyklopedii Ilustrowanej . Badając ewolucję ustrojów (Ustroje społeczno-gospodarcze w okresie dzikości i barbarzyństwa , 1914) wskazywał, że nie tylko byt, ale i świadomość odgrywają doniosłą rolę w formowaniu cywilizacji.

Krzywicki podążał drogą ku akademickości. W 1889 roku podjął wykłady na warszawskim Uniwersytecie Latającym, przekształconym (1905) w legalne Towarzystwo Kursów Naukowych. Uzyskał doktorat z filozofii na Uniwersytecie Lwowskim w 1906 roku na podstawie pracy o Kurpiach.

W czasie I wojny światowej rozdzielił się z rodziną, wrócił do Warszawy z Berlina ostatnim pociągiem przed rozpoczęciem walk. Zakładał inspekcje pracy i współorganizował pierwszą konferencję polskich związków zawodowych. Poświęcił się wtedy statystyce, ale świadomie zablokował realizację pierwszego powszechnego spisu ludności, by nie służył on okupantom. Powołano go na członka Komitetu Obywatelskiego m. Warszawy, kierował Komitetem Statystycznym, przemianowanym (1918) na Główny Urząd Statystyczny. Pełnił w nim funkcję zastępcy dyrektora.

Po odzyskaniu niepodległości stał się uczonym akademickim. Został pierwszym rektorem Wolnej Wszechnicy Polskiej, na której kierował Katedrą Socjologii do 1921 roku. Wykładał w Wyższej Szkole Handlowej. Zajęcia prowadził też na Uniwersytecie Warszawskim – po trzech latach oczekiwania uzyskał (1919) wykłady zlecone ze statystyki na Wydziale Prawa i Nauk Politycznych. W 1921 roku powołano tam ad personam katedrę nadzwyczajną historii ustrojów społecznych (działała do 1935 roku). Po przejściu na emeryturę (1933) nadal wykładał na UW, od 1935 roku jako profesor honorowy. Uzyskał członkostwo korespondencyjne PAU (1928) oraz zwyczajne TNW (1932). Szczególnym polem jego działania był Instytut Gospodarstwa Społecznego, powołany (1920) jako autonomiczna sekcja Towarzystwa Ekonomistów i Statystyków Polskich. Po paru miesiącach – w miejsce Włodzimierza Wakara – powierzono funkcję dyrektora Ludwikowi Krzywickiemu. Reorientował pracę Instytutu z publicystyki pisanej na zamówienie różnych instytucji na badania naukowe, poczynając od analizy polityki społeczno-gospodarczej Rosji sowieckiej. Drugim tematem były płace w polskiej gospodarce w warunkach inflacji. Te badania były wspomagane przez związki zawodowe. Od roku 1926 Instytut działał jako agenda samodzielnego stowarzyszenia, liczącego ponad stu członków. Gromadzono dane statystyczne oraz pamiętniki bezrobotnych i chłopów. W konsekwencji tych badań zrodził się dystans Krzywickiego do lewicy komunistycznej. Instytut Gospodarstwa Społecznego opublikował w 1938 roku księgę Ludwik Krzywicki, praca zbiorowa poświęcona jego życiu i twórczości . Krzywicki realizował się także w organizacjach społecznych o charakterze doradczym: Radzie Prawniczej, Radzie Statystycznej oraz w Instytucie Emigracyjnym. Został wybrany na pierwszego przewodniczącego Polskiego Towarzystwa Socjologicznego (1931-1935). W roku 1934 otrzymał nagrodę m. Warszawy, jako uczony i nauczyciel.

W dwa lata po śmierci żony przeprowadził się (1926) Krzywicki do niewielkiego własnego domu przy ulicy Langiewicza w kolonii Staszica. Jak oceniała Krzywicka, „zapragnął tego, czego się dotąd wyrzekał: odrobiny komfortu, estetyki, skromnych przyjemności życiowych”. Rozbudował „namiętność do kwiatów” na balkonie i w małym ogródku. Było też stado kanarków i owczarek zakopiański Zbój. Pisał Krzywicki wspomnienia bez zachowania układu chronologicznego, unikając spraw intymnych. Czytał wiele, często leżąc w łóżku. W sumie „lubił samotność i korzystał z niej łapczywie, pogrążając się w rozkoszach pracy naukowej”. Synowej powiedział: „W gruncie rzeczy zmarnowałem życie. Nie zrobiłem nawet dziesiątej części tego, co mogłem był zrobić”.

Po wybuchu II wojny światowej przeżył bombardowanie Warszawy, został ciężko ranny w głowę. Po częściowym odremontowaniu domu pracował nad ukończeniem dzieła życia Pierwociny więzi społecznej . Jego syn Jerzy został zamordowany pod Charkowem przez sowietów. Starszy syn, Aleksander, kapitalista (według Krzywickiej), uciekł za granicę. Irena musiała się ukrywać z dwojgiem dzieci ze względu na swe pochodzenie. Ludwik Krzywicki został sam, nie licząc błędnie zatrudnionej – po ucieczce uprzedniej służącej – volksdeutschki. Odwiedzał go Stanisław Stempowski. Jak wspominał, pokój na piętrze był dla Krzywickiego „zarazem sypialnią, jadalnią, pracownią i… spiżarnią. Na środku stał piecyk, na którym profesor gotował sobie śniadania i kolacje. Łóżko, półka z segregatorami, stolik z maszyną do pisania i para krzeseł stanowiły całe umeblowanie. Krzywicki miał odmrożone ręce, siedział w rękawiczkach, w czapce na głowie, ale nie ustawał w pracy”. Przekazywał Stempowskiemu kolejne karty wspomnień, umysł „miał żywy i jasny, usposobienie pogodne”. Zmarł na zawał mięśnia sercowego 10 czerwca 1941 roku. W pogrzebie wzięło udział tylko parę osób.

Nowa władza komunistyczna odrzuciła tradycje Wolnej Wszechnicy Polskiej i dorobek Ludwika Krzywickiego. Wspomnienia , przygotowane do druku przez Stempowskiego, ukazały się tylko jako I tom (1947). Synowa, Irena Krzywicka, w pisanej na zamówienie polityczne biografii teścia Żywot uczonego. O Ludwiku Krzywickim (1951) oceniła, że po „usunięciu się z pola czynnej walki o sprawiedliwość społeczną” Krzywicki „nie przemyślał należycie leninizmu (…) odizolował się od najpotężniejszych zdarzeń historycznych swojej epoki”. Podobne oceny miały wynikać z wydanego wyboru tekstów Krzywickiego, ze wstępem Adama Schaffa, zatytułowanego Studia socjologiczne (1951). Dopiero w 1955 roku Komitet Filozoficzny PAN uruchomił prace nad wielotomowym wydaniem Dzieł Ludwika Krzywickiego.