Wśród instytucji narodowych znaczących dla nauki polskiej znalazły się, obok bibliotek, archiwa i muzea. Tadeusz Czacki z pomocą Łukasza Gołębiowskiego gromadził od 1792 roku archiwalia w Porycku. Tak charakteryzował zbiory w liście do ministra Feliksa Łubieńskiego: „wszystko cokolwiek Archiwum Koronne Sekretne miało, co było w Metryce Litewskiej i w składzie Radziwiłłów, to wszystko jest u mnie w kopii, a oprócz tego wiele oryginałów przyjaźń, zawierzenie i moja własna praca zgromadziły. Większa część jest porządnie ułożona. Najważniejsza część Archiwum Narodowego jest u mnie (…) oryginały od Mieczysława Starego, oryginały największej części praw, oryginały wszystkich prawie elekcji od Władysława Jagiełły, oryginały hołdu książąt, nakoniec najważniejszych krajowych urzędowych czynności transakcje” (za: Tadeusz Mencel, Losy archiwów polskich w latach 1795-1807 , w: Księga Pamiątkowa 150-lecia Archiwum Głównego Akt Dawnych w Warszawie , 1958). Zbiory poryckie, liczące 1574 rękopisy, trafiły następnie do Adama Jerzego księcia Czartoryskiego.

Dekret Fryderyka Augusta (z 2 IX 1808) przewidywał, że Archiwum przechowuje akta Metryk – Koronnej i Litewskiej – oraz „co tylko w zbiorach aktów dawnych sądowych, administracyjnych, wojennych, skarbowych, policyjnych, dyplomatycznych znajduje się ważnego, rzecz publiczną interesować mogącego”. Tym samym biurokracja przejęła dawne i współczesne zasoby dokumentów. Odzyskane z Berlina zasoby dawnego Archiwum Sekretnego Metryki Koronnej liczyły 1302 dokumenty. W roku 1810 przejęto Archiwum Miasta Warszawy (1800 ksiąg). Pod opieką Feliksa Łubieńskiego – ministra sprawiedliwości – powstało Archiwum Ogólne Krajowe (1808-1815), przekształcone w Główne Archiwum Królestwa Polskiego, następnie w Warszawskie Główne Archiwum Akt Dawnych (1876-1889), z kolei w Archiwum Główne Akt Dawnych (od 1918). Od 1834 roku mieściło się ono w oficynach Pałacu Rządowego Krasińskich przy ulicy Długiej w Warszawie. Gdy Teodor Wierzbowski obejmował (1897) kierownictwo archiwum, zasób liczył już 90 tys. jednostek archiwalnych, w tym około 60 tys. jednostek z czasów Rzeczpospolitej Szlacheckiej. Po przejęciu ponad 1,5 mln akt sądowych (1902-1904), a także podobnej ilości akt ekonomii rządowych, proporcje uległy radykalnej zmianie: 94% zasobów archiwum stanowiły akta kancelaryjne z XIX wieku, a jedynie 4% zasoby dawnej Rzeczypospolitej (pozostałe 2% to akta proweniencji pruskiej i austriackiej). Akta nie były odpowiednio usystematyzowane, ale służyły w kwerendzie historykom, osobom prywatnym i urzędom. Personel etatowy archiwum nie był liczny (9 pracowników w 1914). W II Rzeczypospolitej AGAD uzyskało status Archiwum Narodowego.

W roku 1879 powołano w Krakowie Muzeum Narodowe. Należało ono do miasta Krakowa. Muzeum, zlokalizowane na piętrze Sukiennic, gromadziło dzieła sztuki, zwłaszcza patriotyczne obrazy o treści historycznej, zarazem mające wartość symboliczną. Zrezygnowano z zabytków archeologicznych oraz pamiątek po znanych ludziach. Elżbieta Karolina von Meyendorff, wdowa po Emeryku hr. Hutten-Czapskim, przekazała do Muzeum Narodowego w Krakowie jego zbiory (udostępniono je publiczności 17 I 1902). Było to ponad 10 tys. monet i medali, około 3,5 tys. rycin, 100 map i atlasów oraz 8 tys. woluminów, z których 6 tys. to starodruki. W końcu XIX wieku liczba ofiarowanych w większości obrazów sięgała 10 tys. W 1909 roku na dochody Muzeum Narodowego w wysokości 94 563 korony złożyły się dotacje miasta (18 tys. k.), Sejmu Krajowego (10 tys. k.) oraz Skarbu Państwa (10 tys. k.). Pozostałe dochody pochodziły z biletów, sprzedaży katalogów i wsparcia indywidualnego. W roku 1901 dyrektorem Muzeum został Feliks Kopera, pełnił tę funkcję do roku 1948, okresu upaństwawiania instytucji narodowych. Karol Estreicher odnotował w cytowanym już Dzienniku wypadków (31 III 1952): „Przeżył Kopera najświetniejszą epokę historii Krakowa. Nie jego było zasługą, że Muzeum w Krakowie się rozwinęło – bo Kopera nie wysilał się. Muzeum było potrzebą, miało monopol, bo (ani w Warszawie, ani w Poznaniu) nie wolno było tworzyć publicznych polskich kolekcji. Możność tworzenia zbiorów w Krakowie sprawiła, że ludzie masowo zapisywali Muzeum Narodowemu co cenniejsze przedmioty”. Jednak, jak notował Estreicher (8 VI 1949): „Magistrat krakowski nie dawał Koperze pieniędzy nie tylko na nowy gmach Muzeum Narodowego, ani na racjonalne zakupy – ale także na personel”. Mimo to bezpośrednio po odzyskaniu niepodległości muzeum posiadało około 250 tys. obiektów. Zbiory wystawiano w Sukiennicach.

Muzeum Narodowe w Warszawie, powołane w roku 1916, sięga po tradycję Muzeum Sztuk Pięknych (1862). To z kolei powoływało się na koncepcję Musaeum Polonicum. Projekt opracował Michał Jerzy hr. Wandalin-Mniszech („Zabawy Przyjemne i Pożyteczne” t. XI, 1775). Miano w muzeum pomieścić „zbiór ksiąg, rozsądnie wybranych, bardziej potrzebie i używaniu poświęcony, niżeli próżnej ciekawości, mniej jeszcze kosztownej okazałości”. Do tego miano zgromadzić „dyjaryjusze” dziejów i mężów opisania, projekta, korrespondencyje, legacyje, w archiwach po familiach zarzucone, a przynajmniej zaniedbane”. Do części bibliotecznej miały napływać obowiązkowe „egzemplarze oprawne do składu narodowego” oraz budowany „zbiór monet krajowych”, a także „rżniętych kamieni, instrumenty i eksponaty, globusy i mapy, modele machin i wypchane ptaki i zwierzęta, zioła i rośliny”.

Muzeum Narodowe było placówką miasta Warszawy, mającą na celu „planowe gromadzenie zbiorów w zakresie kultury i sztuki polskiej, w miarę możliwości także i wszechświatowej”. W roku 1927 włączono do niego zasoby Muzeum Narodowego Polskiego w Rapperswilu, oddane na własność narodowi polskiemu przez założyciela – Władysława hr. Broela-Platera (1881). Muzeum to, umieszczone nad Jeziorem Genewskim w zamku, powstało w 1869 roku. W akcie założycielskim (z 23 X 1870) hr. Plater wskazywał: „Instytucja ta, stanowiąca własność Narodu Polskiego, będzie miejscem schronienia dla jego pamiątek historycznych, niszczonych i rabowanych na ziemi ojczystej, lub pozbawionych dostatecznych rękojmi bezpieczeństwa na przyszłość. Nowo powstałe muzeum pozwoli poznać i ocenić przeszłość i teraźniejszość Polski pod względem historycznym, naukowym, literackim i artystycznym”. Już w pierwszym roku funkcjonowania pojawiły się kłopoty finansowe – na 39 844 franki kosztów składki społeczne stanowiły jedynie 12,1% (4819 fr.). Składki wpłacali emigranci, ale i mecenasi, nawet cesarz Napoleon III. Założono towarzystwo wspierające muzeum, dzięki czemu pozyskiwano nie tylko składki, ale i obiekty muzealne w postaci poloników. Zgromadzono 55 tys. woluminów, 75 tys. druków, 12 tys. rękopisów i 20 tys. rycin. Stefan Żeromski, zatrudniony w Muzeum (1892) jako pomocnik, a następnie bibliotekarz, w korespondencji i broszurze (O przyszłość Rapperswilu , 1911) wskazywał na błędne gromadzenie nie tylko oryginałów, ale i licznych „pamiątek”, niektórych fałszowanych.

Po wybudowaniu kompleksu gmachów Muzeum Narodowego przy Alejach Jerozolimskich umieszczono tam nie tylko Muzeum Narodowe, ale i Muzeum Wojska Polskiego. Kierownictwo Muzeum Narodowego objął Stanisław Lorentz (1935 wicedyrektor, a po roku – dyrektor). Jak stwierdził w autobiografii (1988), nadał mu „charakter instytutu naukowego, wywierającego wpływ na działalność konserwatorską, wystawienniczą, wydawniczą i społeczno-oświatową”. Jako kustoszy zaangażował historyków sztuki (dział sztuki starożytnej objął Kazimierz Michałowski). Muzeum otwarto dla publiczności w roku 1938. Organizowano wystawy czasowe i udostępniano zbiory stałe do badań. Lorentzowi zarzucano chęć przejmowania zbiorów i obiektów.