Societas Literaria Cracoviensis cum Universitate Studiorum Jagellonica Conjunctae działało na mocy własnej ustawy – statutu rozpatrywanego przez Radę Rektorską 24 lipca 1815, a zatwierdzonego 9 grudnia tego roku. Towarzystwo funkcjonowało od 25 lutego 1816 roku. Statutowym celem było przyczynienie się do „pomnożenia wszelkich nauk, rozszerzenia światła, rozkrzewienia sztuk, przemysłu i kunsztów w Narodzie”. Powołane w unii personalnej z Uniwersytetem, mającym udział we władzach Wolnego Miasta Krakowa, rządzone było przez komitet, złożony z rektora-prezesa, wiceprezesa, sekretarza i ośmiu członków z kadencją roczną. W statucie stwierdzano: „Towarzystwo to, ani potwierdza, ani zaprzecza zdania we wszystkich rozprawach, które mu przypisane zostaną”. O druku rozprawy w „Rocznikach” TNK decydowało tajne głosowanie członków poprzedzane od 1822 roku komisyjną oceną. Nie uruchomiono posiedzeń sekcyjnych. Od roku 1833 przestano wydawać „Roczniki” z braku środków, ale i braku referatów. Towarzystwo musiało się przez cały czas utrzymywać ze składek członków, ponieważ Uniwersytet Jagielloński nie posiadał środków na jego działalność.

Gdy wprowadzono numerus clausus (250 członków – od 1835 roku) Towarzystwo weszło w fazę akademizacji. Mimo to wady organizacyjne i obecność, a często i nieobecność miłośników nauki, przyczyniała się do anemii organizacyjnej. Miał ją przezwyciężać nowy statut, nad którym prace trwały od 1836 roku. Fragmentami wprowadzano nowelizacje od 1 stycznia 1840 roku, a cały tekst zaczął obowiązywać – po zatwierdzeniu przez Senat – od 14 lipca 1841 roku. Zredukowano wtedy liczbę wydziałów do czterech: Teologicznego, Prawa, Lekarskiego oraz Fizyczno-Artystycznego. Liczbę członków czynnych ograniczono do 50. Nowy statut zacieśniał związki z Uniwersytetem – Komitet Towarzystwa stanowili z urzędu rektor i dziekani. Na członków czynnych nałożono obowiązek wygłoszenia rozprawy przynajmniej raz na pięć lat. Przewidziano statutowo zasiłek rządowy (corocznie 1 tys. złp) na druk „Rocznika”, co zawdzięczano Maciejowi Józefowi Brodowiczowi – ówcześnie komisarzowi rządowemu przy zakładach naukowych. Z jego też inicjatywy, gdy ponownie objął urząd rektora UJ i prezesa Towarzystwa, podjęto (1847) kolejne prace statutowe.

Reforma Majera

Represje po powstaniu narodowym w Krakowie doprowadziły do wcielenia miasta do Galicji – uniwersytet uległ germanizacji, jednak Towarzystwo posługiwało się nadal językiem polskim. Józef Majer, kolejny prezes Towarzystwa, sfinalizował reformę w warunkach utraty autonomii przez Uniwersytet Jagielloński. Władze austriackie wymusiły zerwanie związku Towarzystwa z Uniwersytetem. Kolejny statut Towarzystwa – już tylko „Naukowego Krakowskiego”, uchwalony 20 października 1848 roku (wszedł w życie od 1 XI 1848), zakładał, że „Celem Towarzystwa jest: a) Postęp wiadomości w obrębie wszelkich nauk, umiejętności i sztuk uważanych samych w sobie; b) Wpływ na rozszerzanie i upowszechnianie oświaty w narodzie”. Towarzystwo podzielono na wydziały: Akademiczny oraz Rozszerzania Oświaty w Narodzie. Pierwszy z nich podzielono na oddziały: Umiejętności Moralnych, Nauk Przyrodzonych i Ścisłych oraz Sztuk Pięknych. Członków dzielono na: czynnych (tych na miejscowych i korespondentów) oraz wspierających oświatę. Prezesem był nadal rektor Uniwersytetu, o ile był już członkiem czynnym Towarzystwa. Do Zarządu Towarzystwa należeli też zastępcy prezesa, sekretarz, członkowie Komitetów oraz sekretarze wydziałowi. Obradowano i dokumentowano prace w języku polskim. Posiedzenia dzielono na publiczne (trzy w roku) i prywatne (dwa).

W Towarzystwie działało już kolejne pokolenie członków – w październiku 1849 roku z grona założycieli żyło tylko sześciu. Nowy statut preferował angażowanie miłośników nauki i oświaty.

Cesarsko-Królewskie

Wiosna Ludów wymusiła na władzach imperiów dopuszczenie do działania gnębionych towarzystw, ujętych w ramy krajowego prawa o stowarzyszeniach. Władze austriackie dołączyły do tej instytucjonalizacji wymóg przedłożenia przez istniejące towarzystwa statutów do weryfikacji. W efekcie, w latach 1853-1855, Towarzystwo Naukowe Krakowskie musiało w praktyce zawiesić swą działalność i przystąpić do kolejnych prac statutowych. Statut ten, zatwierdzony 13 maja 1856 roku w wersjach językowych niemieckiej oraz polskiej, znosił zadania oświatowe Towarzystwa, a poszerzał dążenie do postępu „wszelkich nauk i umiejętności, uważanych samych w sobie”. Do tego dodano – w „zastosowaniu tak ogólnem jak i szczególnem do potrzeb krajowych”. Towarzystwu w nazwie dano status „Cesarsko-Królewskiego”. Skorygowano nazwy oddziałów na: Umiejętności Moralnych, Nauk Przyrodniczych i Ścisłych oraz Sztuk i Archeologii. W statucie zastrzegano: „Na członków mogą być jedynie wybrani poddani austryaccy nieskażonej sławy” – tak ujawniała się zależność od władz i wydarzeń politycznych. Dodawano jednak, że kryterium wyboru członka stanowi „udowodnione zamiłowanie w naukach lub sztukach przez dokonane prace, poczynione zakłady i zbiory naukowe i artystyczne”. Zlikwidowano funkcję wiceprezesa Towarzystwa. Do składu jego Zarządu dodano podskarbiego. Wybór prezesa musiał uzyskać „najwyższe potwierdzenie”. Do Komitetu, złożonego z prezesa, podskarbiego, sekretarzy oraz reprezentantów oddziałów, należało „ocenianie prac naukowych” w celu publikacji oraz „ogłaszanie zadań do nagrody” i kwalifikowanie kandydatów do niej, a także rozdział funduszy między oddziały. Liczbę posiedzeń zmniejszono – publicznych do jednego, a prywatnych do dwóch. Liczono nie tylko na składki członków, ale i na „zasiłek ze strony wysokiego Rządu”. Jako jednostki organizacyjne pomocnicze wymieniano: archiwum, bibliotekę oraz muzeum starożytności.

Na prezesa zmodernizowanego Towarzystwa został wybrany Franciszek Wężyk, na sekretarza Stefan Kuczyński (wybór prezesa z 25 X 1856 potwierdził cesarz dopiero 18 XII 1856). Józef Majer przedstawił obszerną publikację Pogląd historyczny na Towarzystwo Naukowe Krakowskie z czasu jego związku z Uniwersytetem Jagiellońskim (1858). Oceniał, że w pierwszym okresie działania, ze względu na łączne obradowanie nad sprawami organizacyjnymi i referatami, „chęć uczestniczenia w posiedzeniach musiała zwolna zastygać i stawać się wreszcie prostym czynem grzeczności dla czytającego”. Brak krytycznej dyskusji czynił odczytywanie rozprawy „prostym popisem czytającego wobec słuchających”. Do tego przeprowadzane na tych samych posiedzeniach czynności administracyjne „wiele zabierając czasu, mało zostawiały go głównemu zadaniu, wyczerpywały uwagę”. „Rocznik” Towarzystwa, w którym publikowano rozprawy, „nie mógł przypadać do smaku większej publiczności”. Wynikało to z naukowego charakteru specjalistycznych rozpraw. Do publikacji w „Roczniku” trafiała niemal połowa wygłaszanych referatów (do roku 1852 było ich 533).

Dopiero uzyskanie autonomii Galicji w ramach Austro-Węgier umożliwiło przekształcenie Towarzystwa w Akademię Umiejętności. ?