Nauki humanistyczne miały za przedmiot badania człowieka, nauki społeczne badały zbiorowości, posługując się uniwersalnymi, dalekimi od precyzji kategoriami. Różnice między tymi dziedzinami pogłębiały się w miarę narastania odrębności stosowanych metod.

W czasach oświecenia filozofia awansowała do roli „królowej nauk”. W ramach fakultetów filozoficznych wyodrębniły się dwie dziedziny: nauki humanistyczne oraz nauki matematyczno-przyrodnicze, co doprowadziło z czasem do podziału na odrębne fakultety. Podstawy metodologiczne nauk humanistycznych łączyły się z neoklasycyzmem i analizą dorobku piśmienniczego w kategoriach filologicznych. Od czasów Kartezjusza nie było wątpliwości definicyjnych – człowiek, myślący człowiek, mógł zdefiniować sam siebie. Problemem był oczywiście uogólniony obraz człowieka, co wiązało się ze średniowiecznym sporem o uniwersalia. Z tego punktu widzenia najtrudniejsze było zdefiniowanie zbiorowości społecznych, zarówno pojętych jako abstrakty uniwersalne, jak i realne społeczności. Dopiero w epoce oświecenia ujawniono różnice między państwem a społeczeństwem. Usiłowano też zdefiniować naród. Nauki społeczne były nie tylko rozproszone, ale i egzystowały w większości poza standardami nauki akademickiej. W efekcie nie miały jednolitego schematu dydaktycznego oraz wzorca studiowania.

Nauki humanistyczne zyskały w epoce oświecenia gruntowną i wspólną podbudowę metodologiczną. Godfryd Ernest Groddeck (w korespondencji z Adamem Kazimierzem księciem Czartoryskim) wskazywał, że filologia klasyczna ma na celu rozumienie (das Verstehen ), wyjaśnianie (das Erklären ) oraz ocenę (das Beurteilen ). W tym ujęciu pomniki literackie miały największą wartość humanistyczną. Język nie był celem nauczania, lecz środkiem do poznania ducha epoki . Konieczna była krytyka źródeł literackich: wyrazowa, rzeczowa oraz historyczna. Krytyka wyrazowa wymagała studium rękopisów oraz wydań krytycznych. Krytyka rzeczowa łączona była z oceną prawdziwości myśli autora, jego moralnych i estetycznych wartości (Antoni Szantyr, Działalność naukowa Godfryda Ernesta Grodka , w: Z dziejów filologii klasycznej w Wilnie , 1937). Rozważania takie stanowiły uzasadnienie wagi wykształcenia klasycznego, będącego podstawą humanistyki, traktowanej z kolei jako podstawa ogólna wiedzy, wykształcenia, a szerzej – kultury. Świadczy o tym zdanie (i wileńska działalność) Groddecka: „Nauka starożytności klasycznej powinna mieć na celu dwa wielkie przedmioty: literaturę i sztukę”.

W początkach XIX wieku nauki wchodzące w zakres społecznych na uniwersytetach nazwano „umiejętnościami politycznymi”, dodając do nich kameralistykę. Do kameralistyki zaliczano naukę policji (administrowania), statystykę oraz umiejętności skarbowe. Katedra prawa politycznego i umiejętności kameralnych została powołana na Uniwersytecie Lwowskim w 1784 roku (od 1798 – Katedra umiejętności politycznych i statystyki). Miała profil utylitarny, powiązany z państwem austriackim. W roku 1830 nadano katedrze nazwę „umiejętności politycznych i ustawodawstwa austriackiego”. Fakultet nosił nazwę Wydział Prawa i Umiejętności Politycznych. Na krakowskim Wydziale Prawa analogiczna katedra umiejętności politycznych została powołana w roku ak. 1801/1802.

W odpowiedzi na pismo Wydziału Krajowego z 22 kwietnia 1880 roku w sprawie „działów literatury”, do których miały trafić środki z fundacji Franciszka Kochmanna, Akademia Umiejętności rozróżniła „literaturę piękną” oraz „literaturę ściśle naukową”. Tę drugą podzielono na: „a) Nauki filozoficzno literackie: filozofija, filologija, lingwistyka, historyja literatury, historyja sztuk i bibliografija (…). b) Nauki społeczno-polityczne: dzieje narodu, archeologija, polityka, prawnictwo, ekonomija polityczna. c) Nauki matematyczno-przyrodnicze: matematyka, fizyka, chemija, fizyografija, antropologija, geografija, medycyna, technologia rolnictwa”. Umieszczano przed tym komentarz: „Podział utworów ducha człowieka, z jakiejbądź wychodziłby zasady, nie da się przeprowadzić tak ściśle, ażeby wiele przedmiotów działu jednego, mniej więcej nie zahaczało o drugi, lub nawet zarówno w jednym lub drugim mieścić się nie mogły. Idzie więc tylko o to, ażeby płody literackie w jedną grupę zebrane były przynajmniej do siebie zbliżone swym celem, formą, a nadewszystko kierunkiem pracy łożonej w ich dokonaniu”. Każda z wyróżnionych trzech grup literatury ściśle naukowej „wobec stanowiska naukowego równe ma znaczenie, wobec kraju jest równą potrzebą, wobec sądu historyi równie pielęgnowana być winna”. Najszybciej „wymaga pomocy” grupa prac z zakresu „nauk przyrodniczych i ścisłych”. Pozostałe dwie traktowano z tego punktu widzenia po równo, co można uznać za novum nie tylko w polityce dysponowania środkami fundacyjnymi. W strukturze Akademii Umiejętności wyróżniano ówcześnie: 1. Wydział Filologiczny, 2. Wydział Historyczno-Filozoficzny, 3. Wydział Matematyczno-Przyrodniczy. W pierwszym z wymienionych działały komisje: Bibliograficzna, dla Historyi sztuki, Językowa, dla Badań w zakresie historyi literatury i oświaty w Polsce. W drugim komisje: Historyczna, Archeologiczna, Prawnicza. W trzecim komisje: Fizyjograficzna, Antropologiczna. Oceniając dorobek wszystkich komisji („Sprawozdanie z naukowych i administracyjnych czynności” wygłoszone 18 V 1880 na publicznym posiedzeniu AU), prezes Józef Majer stwierdzał: „Nic zapewne łatwiejszego, jak z kilku pochwyconych szczegółów, popuściwszy wodze fantazyi, budować kolosy teoryj; wszakże tym sposobem nie zdobywa się nauka, lecz fantastyczny utwór, im śmielszy, że nie powiem, zuchwalszy, im więcej wkraczający w zakres stosunków społecznych, tem niebezpieczniejszy w swem zastosowaniu. Znana nam zapewne ważność teoryj i znaczenie hipotez w nauce; lecz idzie tu o ostrożność w wyrokowaniu i tworzeniu abstrakcyj, o nieprzesądzanie i podubieganie wywodów nie mających dość silnej podstawy”.

Po wprowadzeniu ustroju komunistycznego relacja między naukami humanistycznymi a naukami społecznymi stała się kwestią polityczną. Władze komunistyczne przesądziły doktrynalnie o „zwycięstwie” nauk społecznych nad naukami humanistycznymi. Stanisław Kulczyński – w przemówieniu przed uchwaleniem przez Sejm Ustawodawczy ustawy z 26 kwietnia 1950 roku o utworzeniu urzędu ministra szkół wyższych i nauki – stwierdził, że pojmowanie prawdy naukowej jako „samowystarczalnej idei” było błędem. Prawda ta jest „narzędziem pracy przeznaczonym do działania”, a nie „czystą ideą”. W związku z tym: „Dopiero w zetknięciu i kooperacji z polityką humanistyka staje się nauką. Oto dlaczego polityka może i ma prawo mieszać się do nauki. Oto dlaczego humanistyka musi być polityczna, a polityka naukowa”. W tych sformułowaniach stosowano jeszcze określenie „humanistyka”, ale w praktyce organizacyjnej PAN (nazwa Wydziału I) zostało ono wyrugowane na rzecz nauk społecznych. Taka miała być też rzeczywistość – liczył się kolektyw, a jednostka była „bzdurą”. ?