Biurokracja jako system prowadziła do szkodliwego dla wszystkich nadmiaru. Dostrzegł to już ks. Hugo Kołłątaj (w korespondencji do Stanisława Małachowskiego, obejmującego w 1788 roku urząd marszałka Sejmu): „w najlepszym rządzie sam zbytek rządzenia jest nieobojętnym uciskiem” (ówcześnie pojęcie „rząd” było synonimem całej władzy państwowej). W wymiarze literackim problem biurokracji ukazał w komediooperze Biuraliści (1829) Fryderyk hr. Skarbek (pisał o prowincjonalnych urzędnikach). Powszechnie znana stała się powieść Honoré de Balzaca Les Employés ou La Femme supérieure (1838). Charakterystyczny dla biurokracji stały rozrost organizacyjny ilustruje porzekadło Jerzego Stefana Langroda, znawcy prawa administracyjnego (habilitowany na UJ 13 VI 1931): „Urzędy po to dzielą się na wydziały, oddziały i pododdziały, aby strony nie wiedziały, gdzie się ich akta podziały”. Urzędy stały się ostoją biurokracji, chociaż etymologicznie officium wywodzi się od „obowiązku moralnego”. Po stronie rządzonych pojawiły się jednak dalekie od moralności – powinności (officio ).

Szczególnie dotkliwie odczuwała biurokrację nauka, i to od początku. Gdy powołano Komisję Ekonomiczną Skarbu Jego Królewskiej Mości Stanisława Augusta, ta wezwała (30 I 1782) Augusta hr. Moszyńskiego do złożenia w terminie dwóch miesięcy katalogów zbiorów kolekcji zamkowej. W odpowiedzi przyjaciel króla, wnuk Augusta Mocnego, uprzednio dyrektor mennicy, teatru, budowli królewskich wskazał, że część zbiorów, którymi opiekuje się nieodpłatnie, pochodzi z jego daru. Do tego nie ma uregulowanych obowiązków i podległości służbowej. To jemu podlegali dwaj płatni garde-estampes . Ulegając biurokracji król ograniczył swobodę hr. Moszyńskiego w zakupach (co charakteryzuje Tadeusz Mańkowski – Kolekcjonerstwo Stanisława Augusta w świetle korespondencji z Augustem Moszyńskim , „Prace Sekcji Historii Sztuki i Kultury Towarzystwa Naukowego we Lwowie” tom I, z. 2, 1926).

Pojawiły się też biurokratyczne efekty systemowe, choć forma kolegialna Komisji była mniej biurokratyczna niż kierowane jednoosobowo ministerium. Jan Śniadecki krytycznie oceniał działalność Komisji Edukacji Narodowej (list do ks. Hugona Kołłątaja z 21 V 1791): „Komisja raz jest śpiąca prawie, drugi raz czynna, ale zawsze wywracając to, co postanowiła i nie trzymając się nigdy ciągłego i mocnego systemu w robotach. Od trzech lat największej nieregularności doświadczamy, a nawet względem kasy, nie tylko regularnie pensje nie dochodzą, ale i nawet kasa nie raczy odpisać i odpowiedzieć na nie, nie wiem, co dalej będzie. Trzeba przez prawo zrobić Komisję czynniejszą, ale nie tak miotającą ludźmi przez kontradykcje i odmiany ustawiczne swych ułożeń, jak dotąd (…). Trzeba w samym opisie Komisji Edukacyjnej rzucić mocne twierdze swobód i prerogatyw stanu nauczycielskiego”. Tenże Śniadecki w liście do Józefa Januszewicza (z 8 IX 1793) zapowiadał: „Trzeba atoli, żeby Szkoła Główna, gdy się zbierze, dała poznać Komisji, że będąc korpusem oddzielnym i zaszczyconym własnymi prawami, może u rządu przez osoby od siebie wysłane pilnować swych interesów i to jej przez żadną władzę zabronione być nie może, ile że w tym czasie doczekać się nie może należytości swojej, ani zaradzenia od Komisji po tylu notach i zgłoszeniach się, i gdy się widzi tak mało w teraźniejszych krytycznych czasach wspartą i nawet własny swój dochód na niebezpieczeństwo wystawiony, lubo miała prawo spodziewać się po sprawiedliwości rządu tej opieki, jaka się należy jej nieskażonym pracom i pilnie bez żadnego zarzutu odbywanym”.

Znaczące było połączenie oświaty ze sprawami wyznań religijnych w końcu 1815 roku, co generowało konflikt z Episkopatem. Komisją Rządową kierował (1815-1820) Stanisław Kostka hr. Potocki, następnie (1820-1830) Stanisław hr. Grabowski. Tego ministra nazywano „ministrem ociemnienia publicznego”. Dominowały sprawy oświatowe i wyznaniowe, a formowany wzorzec zarządu przenoszony był na kontakty z Uniwersytetem Królewsko-Warszawskim. Presja biurokratyczna zwiększyła się po ustanowieniu urzędu Kuratora Uniwersytetu (24 V 1830) obsadzonego przez Maksymiliana hr. Fredrę. Podczas posiedzenia wyborczego profesorów Uniwersytetu Warszawskiego (10 I 1831) Adrian Krzyżanowski zgłosił wniosek o likwidację Komisji Rządowej WRiOP. Prezentował argumenty na łamach „Gazety Polskiej” (nr 36 z 7 II 1831) pod tytułem Od komisji oświecenia zachowaj nas, Boże! . Polemizował z nim Feliks Jarocki („Dziennik Powszechny Krajowy” nr 40, 10 II 1831), przyznając, że w obecnym składzie Komisja jest wadliwa: „magistratura, która ma kierować oświatą całego narodu, złożona iest powiększey części z osób, które nietylko stopnie akademickich nie posiadaią, ale nawet wyobrażenia nauk wyższych nie maią”. Jarocki opowiadał się za wizytowaniem szkół przez profesorów emerytowanych, a nie za urzędem wizytatora. Do uniwersytetów miała należeć „wyłączna władza kwalifikacyy i promocyy wszelkiego stopnia osób do stanu nauczycielskiego należących”. Pozostawienie funduszy edukacyjnych do dyspozycji uniwersytetu groziło według Jarockiego nepotyzmem: „świątynia nauk zmieni się w bióro spekalacyino-administracyyne”. Jednak zabranie tych funduszy może spowodować „niedostatek, a z nim zawisłość od obcych względów”. Przykładem pierwszej sytuacji był według Jarockiego Uniwersytet Wileński, drugiej zaś – Uniwersytet Krakowski. Tak więc już wtedy dostrzegano uzasadnienie potrzeby ujęcia nauki w ramy resortowej biurokracji – nie mieliby inaczej uczeni dostępu do środków budżetowych.

Biurokracja wymagała odpowiedniego aparatu uniwersyteckiego. W kancelarii i archiwum UJ zatrudniano początkowo jedynie sekretarza, oficjała i kancelistę. W 1873 roku czwartym urzędnikiem został diurnista. W początkach XX wieku personel urzędniczy UJ liczył, łącznie z urzędnikami fakultetowymi powołanymi w 1908 roku, 16 pracowników etatowych. Sekretarzami byli kolejno prawnicy: Hilary Hankiewicz (1866-1881), Leon Cyfrowicz (do 1904), a następnie Jan Odrowąż-Waligórski (do 1910). Tego zastąpił na długie lata (do 1939) Włodzimierz Oftman. Sekretarze uzyskali prawo mieszkania w Collegium Novum, co odbiegało od schematu biurokracji ustalonego przez Maxa Webera. W 1904 roku, gdy ujawniono bałagan w dokumentacji funduszy UJ, zatrudniono księgowych oraz opracowano instrukcję kancelaryjną. Wydziałowi bedele przepisywali odpłatnie dyplomy, a nawet tłumaczyli na język niemiecki pisma studentów. Nadano więc im status „podurzędników”.

Odzyskanie przez Polskę państwowości w 1918 roku oczyściło politykę z obcych naleciałości, ale tym bardziej problem biurokracji stał się widoczny w całej okazałości. Na mocy dekretu Rady Regencyjnej o tymczasowej organizacji władz naczelnych w Królestwie Polskim z dniem 1 lutego 1918 roku podniesiono Departament WRiOP do rangi ministerstwa. Miał w zakresie działania sprawy szkolnictwa, opieki nad nauką, literaturą i sztuką, nad instytucjami kultury i sprawami wyznaniowymi. Zakres ten przejęło Ministerstwo WRiOP Rzeczypospolitej Polskiej. Statut Ministerstwa (1921) potwierdzał przekształcenie Sekcji Nauki i Szkół Wyższych Departamentu Oświecenia w Departament IV Nauki i Szkół Wyższych, złożony z wydziałów: Nauki, Uniwersytetów, Akademickich Szkół Technicznych oraz Archiwów Państwowych. Działalność ministerialną ułatwiło przyjęcie przez rząd (25 V 1920), a następnie przez Sejm Ustawodawczy ustawy o szkołach akademickich z 13 lipca 1920 roku (obowiązała od 15 IX 1920). Uzupełniło ustawę rozporządzenie Prezydenta RP z 24 lutego 1928 roku o stosunku służbowym profesorów państwowych szkół akademickich i pomocniczych sił naukowych tychże szkół. Tym samym uruchomiono trzy instrumenty polityki: finansowanie budżetowe, legislację oraz politykę personalną.

Broniła szkoły akademickie przed biurokracją zasada wolności nauki i nauczania oraz prawo autonomii organizacyjnej, wyrażane przez uczelniane statuty. Znaczący przyrost pracowników i studentów, co do liczby, ale i potrzeb przyczynił się w uczelniach do przejścia od modelu korporacji do modelu instytucji. Była to konsekwencja uformowania biurokratycznej nadbudowy resortu. Po wejściu w życie ustawy o szkołach akademickich z roku 1920 rachunkowość i sprawy administracyjne tych szkół przeniesiono z władz ministerialnych do uczelni. Autonomia, o którą tak środowisko akademickie walczyło, nie była tylko dobrodziejstwem, wymagała bowiem biurokratyzacji uczelni. Uniwersytety i politechniki uzyskały prawo rozporządzania sumami z przyznanego im budżetu, same układały preliminarze budżetowe i podejmowały starania o nowe kredyty oraz zarządzały majątkiem uczelni. Rektorat stał się władzą asygnującą, a kwestura organem rachunkowym. Ministerstwo WRiOP wydało 29 marca 1922 roku instrukcję dla kwestur szkół akademickich i przyznało dodatkowe etaty dla każdego rektoratu i kwestury. W roku ak. 1924/1925 zatrudniano w polskich uczelniach państwowych ogółem 398 urzędników i 1705 osób ze „służby niższej”, w tym: na UJ 73 + 330, na UW 65 + 392, na USB 51 + 251, na UJK 41 + 130 (nie liczono tu personelu klinik), na UP 49 + 204. Relatywnie mniej personelu zatrudniały uczelnie techniczne: PW 27 + 132, PLw. 33 + 128, AG 9 + 23 oraz ekonomiczne: SGGW 23 + 66. W uczelniach niepaństwowych liczba urzędników (ogółem 49) oraz „służby niższej” (35) była daleko skromniejsza, co dowodziło, iż generowały ją potrzeby Ministerstwa WRiOP. Na Uniwersytecie Lubelskim było ich 19 + 14, na WWP 13 + 11, a na WSH 12 + 5. W końcu roku 1926 administracja państwowa zatrudniała ogółem 42 412 urzędników.