Szczególnie doniosłą rolę odegrał Henryk Raabe jako obrońca autonomii i tradycji uniwersyteckiej. Znał je z okresu studiów, a doceniał w nowych realiach ustrojowych. Miały stanowić kulturowe dopełnienie Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, który budowany był „na surowym korzeniu”. Kolejne inauguracje roku akademickiego przyjęły formę i treść nawiązującą do dawnych uroczystości. Przemówienia rektorskie kończyła formuła „Quod felix, faustum, fortunatumque sit!”. Podczas inauguracji Uniwersytetu (14 I 1945), po części oficjalnej rozpoczętej odegraniem hymnu narodowego przez orkiestrę wojskową, odbyła się „część artystyczna otwarta przez chór akademicki pieśnią Gaude mater Polonia . Po występie fortepianowym i smyczkowym chór odśpiewał Gaudeamus igitur . Z kolei podczas uroczystego ślubowania studentów (9 II 1945) rektor powiedział (relacja w „Robotniku” nr 9, 11 II 1945): „Autonomiczny charakter Uniwersytetu wynika z samego rodzaju pracy w nim, pracy, której głównym warunkiem jest zapewnienie niezależności nauce, szukanie rzetelnej wiedzy i jednocześnie rozwijanie wartości społecznych wśród uczących się. Zdobyta wiedza służyć ma dobru ogólnemu państwa. Rektor, dziekani, rady wydziałowe i studenci tworzą całość uniwersyteckiej republiki”. Pod koniec uroczystości odśpiewano Gaudeamus igitur .

Na posiedzeniu Senatu (11 I 1946) rektor Raabe – stwierdza zapis protokołu – „Uważa, że nie można studentom narzucać siłą pewnych idei społecznych czy politycznych. Można to osiągnąć tylko na drodze zapoznania młodzieży z prądami ideowymi w drodze referatów i dyskusji zorganizowanych przez stowarzyszenia akademickie”. W następstwie powołano Bratnią Pomoc oraz osiem kół dyscyplinowych – do końca 1946 roku działało na UMCS ogółem trzynaście stowarzyszeń akademickich. Senat postanowił też powołać chór akademicki z etatowym kierownikiem. Podczas wizyty ambasadora-rektora Raabego u wojewody lubelskiego uzyskano (10 I 1946) teren 17 ha na budowę „miasteczka uniwersyteckiego”, mającego pomieścić nie tylko gmachy, domy (profesorski i studencki), ale i ogród botaniczny. Teren ten miasto przekazało oficjalnie uniwersytetowi 8 lipca 1946 roku.

Podczas pierwszej (14 I 1945) i trzeciej (23 III 1946) inauguracji podkreślał Raabe wagę „niezależnych badań naukowych”. W marcu 1946 roku wymieniał też „dwie podstawy (…). Jedną jest ustrój Uniwersytetu, oparty na najlepszych tradycjach autonomii akademickiej, drugą dążenie do uczynienia z uczelni naszej instytucji związanej z życiem społecznym i gospodarczym nowej demokratycznej Polski. Ustrój autonomiczny uczelni wyższych gwarantuje nam wolność badań naukowych, niezależną od dogmatu czy od jakichkolwiek innych więzów, nauczania zgodnie z naszym sumieniem, prawo promowania i nadawania stopni akademickich oraz samorząd wewnętrzny. Nauka nie może się rozwijać bez wolności badania”.

Rektor wystąpił (26 VI 1947) do premiera Józefa Cyrankiewicza o zasiłek na sprawienie tóg rektora i dziekanów z argumentacją: „wobec dość powszechnej dzisiaj tendencji obniżania, nawet przez lokalne czynniki administracyjne, powagi uczelni wyższych, zachowanie pewnych tradycji jest konieczne”. Senat ogłosił (8 III 1948) konkurs na insygnia uniwersytetu i urządzenie z umeblowaniem sali promocji. Z kolei 24 maja tego roku rektor Raabe wystąpił z pismem do rektora UJ Franciszka Waltera z prośbą „o skrawek materiału z togi Rektora”, mogący służyć jako wzór zamówienia. Gdy Ministerstwo Oświaty odmówiło środków, nowy rektor UMCS Tadeusz Kielanowski zwrócił się do Zarządu Towarzystwa Przyjaciół UMCS (28 III 1949) o pokrycie kosztów zakupu tóg i insygniów, wskazując: „zwyczajowo jest przyjęte, że insygnia funduje uczelni społeczeństwo”. Togi wykonała firma Józefa Rojka z Krakowa.

Dorobek pierwszych lat prezentowało wydawnictwo Uniwersytet Marii Curie Skłodowskiej 3 lata pracy . Na koszty jego druku (1947) złożyli się pracownicy uniwersytetu. Powstanie UMCS określano jako „dowód wiary w wartości wieczne kultury narodowej”. Podkreślano, że „w organizacji Uniwersytetu od pierwszych chwil wprowadzone zostały zasady obowiązującej Ustawy o szkołach akademickich, gwarantującej prawa i przywileje autonomii Uczelni Wyższych”.

Na forum publicznym rektor Raabe działał w półlegalnej, mającej cichą aprobatę ministra oświaty Czesława Wycecha, Radzie Rektorów Polskich Szkół Akademickich. Jej posiedzenia odbywały się na UW między lutym 1946 a marcem 1947 roku. Celem Rady była obrona autonomii akademickiej. Na wniosek Raabego, Rada Rektorów poparła (16-17 X 1946) projekt powołania Centrum Organizacji Badań Naukowych i Kongresu Nauki Polskiej, będący wyrazem samodzielnego stanowiska PPS w sferze polityki naukowej. Raabe działał też w legalnej Radzie Naukowej przy Ministerstwie Oświaty (VII 1945 – II 1947), którą zaprojektował w Sprawozdaniu z działalności Departamentu Szkół Wyższych (z 3 II 1945). Od października 1946 roku Raabe był członkiem Rady Naczelnej Towarzystwa Przyjaciół Młodzieży Szkół Wyższych.

Szczególnie wielkim echem odbiły się wystąpienia prasowe Henryka Raabego. Na łamach „Robotnika”, organu PPS, opublikował artykuł Wyższe szkolnictwo w Polsce. Zadania, tradycje, przemiany (12 III 1945). Głosił on: „Organizacja życia wewnętrznego opiera się u nas na autonomii uczelni akademickich gwarantujących wolność i niezależność badania i wykładania nauki”. W artykule O właściwą reformę szkolnictwa wyższego („Robotnik” nr 72 z 15 III 1947) wskazywał: „Są ludzie, którzy ograniczenie autonomii uważają za panaceum na wszystkie bolączki. Są pomysły kierowania nominacjami profesorów przez władze administracji szkolnej, tak jak gdyby samo zatwierdzanie wniosków przedkładanych przez rady wydziałowe nie dawało ministerstwu wystarczającej ingerencji. Mowa jest o utrzymaniu na stałe zasady przymusowego przenoszenia i usuwalności profesorów (…). Są pomysły przeprowadzania habilitacji przez ciało spoza uniwersytetów”. Raabe odwoływał się do zasady wolności badań oraz „wolności głoszenia zdobytych prawd”. Uważał, że „ingerencja państwa może iść tylko w zakresie usunięcia presji czynników politycznie czy społecznie reakcyjnych właśnie na wolność i niezależność tych badań”. Odwołując się do wartości akademickich występował Raabe w roli miłośnika nauki – nie posiadał odpowiedniego dorobku publikacyjnego (po wojnie opublikował tylko kilka prac), nie prowadził głębszych badań i nie był członkiem akademickich towarzystw naukowych.

Uporczywa walka Henryka Raabego w obronie autonomii przyniosła mu opinię tego, który stoi na czele „najbardziej reakcyjnych rektorów” (stwierdził to Włodzimierz Sokorski w „Uwagach dotyczących projektu dyr. Marowskiego”, skierowanych w połowie 1947 roku do władz PPR). Po zakończeniu kadencji rektorskiej (31 VIII 1948) władze zamknęły możliwość reelekcji Raabego. Krytycznie o jego poglądach wypowiedział się oficjalnie Henryk Jabłoński podczas obrad Rady Naczelnej PPS (18-22 IX 1948). Po wystąpieniu pożegnalnym na UMCS (21 X 1948) Raabe został zawieszony w prawach członka PPS, co nie przeszkodziło jednak w zaliczeniu go do członków „zjednoczonej” PZPR. Przeniesiono go na emeryturę z dniem 28 stycznia 1949 roku (decyzję w tej sprawie wręczył mu prorektor Józef Parnas już 29 XI 1948). Nie zaproszono Raabego na inaugurację roku ak. 1949/1950. Ministerstwo Nauki i Szkół Wyższych zablokowało realizację umowy (z 6 XII 1950) o prowadzenie przez Raabego zajęć zleconych na UW w roku ak. 1950/1951. Odrzucono też jego prośbę o zgodę na wyjazd do Instytutu Oceanograficznego w Monako bądź do Stacji Morskiej w Sewastopolu. Nie stracił jednak Raabe uznania i sympatii społeczności akademickiej. Sprowadził w 1946 roku do UMCS syna, Zdzisława, w pełni zaangażowanego w naukę. Ten początkowo był kierownikiem Muzeum Przyrodniczego przy UMCS, a po roku przejął od ojca Zakład Zoologii i Parazytologii.

Henryk Raabe żył z żoną w kamienicy, w wielopokojowym mieszkaniu, ale całe dnie przebywał urzędując w gabinecie rektorskim. Z luksusem zetknął się tylko w moskiewskiej ambasadzie. W kraju doceniano jego bezkompromisową postawę ideową. Aprobowano jego osobowość, działania, a nawet wygląd. W „Życiu Lubelskim” opublikowano (13 XII 1946) wierszyk: „Zgadnij, kto to?: Nie bywa w lokalach, nie chodzi na wódkę; /Niskiego jest wzrostu, małą nosi bródkę, /Wciąż nowe budynki grabi, rabuje, /Z nich wielką uczelnię w Lublinie buduje…”. Chorował na dusznicę bolesną, którą wzmagało palenie papierosów. Zmarł na atak serca 28 stycznia 1951 roku.