W planie pracy Ministerstwa Oświaty na rok 1950, zatwierdzonym dopiero 3 lutego tego roku, pojawił się punkt: „Współpraca z Sekcją Organizacji Nauki Kongresu w zakresie opracowywania dokumentu określającego cele, zadania i ustrój towarzystw naukowych ogólnych i specjalnych”. Na wspólnym posiedzeniu Podsekcji Organizacji Nauki KNP i Sekcji Organizacji Nauki RG, 12 maja 1950 roku, Jan Dąbrowski przedstawił referat Towarzystwa naukowe ogólne i specjalne . Stwierdzano, że wszystkie towarzystwa naukowe „winny być użyte dla budowy Polskiej Akademii Nauk”. Skład członków PAN miał być „oparty” na członkach PAU i TNW (ówcześnie połowa członków PAU była równocześnie członkami TNW). Za PAU przemawiało prowadzenie stacji naukowych w Paryżu i Rzymie, udział w Stacji Morskiej w Neapolu, posiadanie Biblioteki Polskiej w Paryżu. W Zarządzie PAU zasiadali delegaci z Warszawy i Poznania. Akademia posiadała 22 komisje i komitety (TNW – 7), miała 11 pracowni badawczych (TNW – 5), bibliotekę i muzea (podobnie TNW). W latach 1947-1949 PAU wydała niemal 2200 arkuszy publikacji, w tym encyklopedie, słowniki i atlasy – efekt przedsięwzięć zbiorowych. Zatrudniano w PAU zaledwie 12 urzędników oraz 15 woźnych i szoferów (w TNW 20 pracowników administracyjnych).

Koreferent Tadeusz Jaczewski uznał, że towarzystwa naukowe ogólne powinny być „włączone do organizacji przyszłej Akademii”, co w praktyce oznaczało ich likwidację. Miejsce tych towarzystw miały zająć „agendy” PAN. Po dyskusji przyjęto wniosek: „Towarzystwa ogólne spełniły swoją rolę historyczną. Podstawą i terenem działalności naukowej przestało być towarzystwo – zwłaszcza ogólne – jest nim laboratorium, zakład uczelniany, instytut naukowo-badawczy”. Uznano, że „w momencie utworzenia Akademii Nauk towarzystwa ogólne będą rozwiązane”. Przy tym jednak „wszystkie żywotne komórki pracy naukowej, istniejące w ramach towarzystw naukowych ogólnych powinny być przejęte przez Akademię”.

W tej sytuacji PAU kontynuowała taktykę defensywną, natomiast próbę pozytywnych oddziaływań przyjęło strategicznie TNW. Zarząd Towarzystwa już 10 maja 1949 roku powołał „Komisję do opracowania Statutu Towarzystwa zgodnie z zaleceniem kontrolnym wydanym przez kontrolera z Prezydium Rady Ministrów”. Na posiedzeniu Prezydium TNW przyjęto wniosek Kazimierza Kuratowskiego, by opracować „plan sześcioletni TNW” (4 VII 1949). Kuratowski jako pragmatyk (26 XI 1949 wybrano go na wiceprezesa TNW) reprezentował Towarzystwo w rokowaniach z władzami ministerialnymi. Zarząd TNW powołał 10 stycznia 1950 roku Komisję Organizacji Nauki TNW (nazwę ustalono po tygodniu). Uznano, że Towarzystwo zajmie stanowisko „czynne” w formułowaniu polityki naukowej i aprobowano „roboczy” charakter planowanej PAN. Użyte mgliste pojęcie „TNW jako filia Akademii Nauk” wskazywało kierunek działania, zmierzający do zachowania substancji Towarzystwa. Kuratowski przygotował „Tezy” (3 II 1950) będące zarysem programowym. Projektował ośmiowydziałową PAN, w praktyce będącą zmodyfikowanym Towarzystwem Naukowym Warszawskim. Był to mało realny projekt, wynikający ze stołecznego umiejscowienia Towarzystwa, które nie mogło zostać filią PAN. Już 10 marca 1950 roku Kuratowski i Michałowski przedłożyli Prezydium TNW „szkic memoriału w sprawie organizacji nauki”. W posiedzeniu Zarządu TNW (14 III 1950) wziął udział Jan Dąbrowski w roli reprezentanta PAU. Opowiedziano się za powołaniem PAN – bez tworzenia pośredniego organu w postaci planowanego przez decydentów Naczelnego Komitetu Nauki Polskiej. Była to walka o akademicki, a nie biurokratyczny model sterowania nauką. „Memoriał” przesłano do władz z datą 16 marca 1950 roku. Zasadniczą rolą PAN – definiowaną jako „naczelna instytucja naukowa, kierująca całokształtem organizacji nauki w Polsce” – byłoby „należyte zorganizowanie udziału nauki w rozwiązywaniu zagadnień ważnych dla Państwa i gospodarki państwowej”, poprzez „prowadzenie badań we własnych pracowniach” oraz „planowanie badań naukowych”. PAN byłaby „bezpośrednio” podporządkowana prezesowi Rady Ministrów. Działałaby przez Zebranie Ogólne, osiem wydziałów, komitety naukowe (w „Tezach” było ich pięćdziesiąt, następnie – trzydzieści) oraz jednostki badawcze. Na przyszłość „nie przesądzano” podległości instytutów resortowych, ale nie planowano ich „wcielenia” do PAN. O administracji nie pisano, wymieniano jedynie ogólnikowo Biuro PAN.

Komisję Organizacji Nauki TNW przekształcono 26 maja 1950 roku w komisję „do opracowania materiałów w sprawie organizacji nauki”. Dokonano licznych zmian w działalności Biura TNW, łącznie z wprowadzeniem dyscypliny pracy urzędników, a nawet powołano Związek Zawodowy Pracowników TNW. Prace nad nowym statutem, rozpoczęte w czerwcu 1949 roku, sfinalizowano uchwałą Zebrania Administracyjnego z 27 czerwca 1950 roku – realnie była to nowelizacja wprowadzająca zmiany terminologiczne. Wprowadzono kategorię „członka-seniora”, zostawali nimi członkowie z co najmniej pięcioletnim stażem, kończący siedemdziesiąty rok życia. Odblokowywali tym samym „kontyngensy” wydziałowe (unikano określenia numerus clausus ). Usunięto przepisy o funduszach, darowiznach, zapisach testamentowych, zasiłkach, ofiarach oraz dochodach z własnych majątków. Zmiany te miały ułatwić przebudowę TNW w PAN.

Kierunek działań władz, realizowany „na fali Kongresu Nauki Polskiej”, ukazał, że obie strategie – bierności PAU i aktywizmu TNW – zawiodły. Z dniem 31 grudnia 1952 roku oba towarzystwa musiały przekazać PAN „cały swój dorobek, doświadczenia, czynne placówki naukowo-badawcze oraz majątek”. Dokonano upaństwowienia tego, co było społeczne – w rzeczywistym znaczeniu tego słowa, ze szkodą nie tylko dla darczyńców i uczonych, nauki akademickiej, ale i społeczeństwa. 