Rezultaty zwrotu politycznego wynikającego z sierpniowo-wrześniowego plenum PPR (1948) doprowadziły do radykalizacji polityki w kierunku nazwanym „dyktaturą proletariatu”. Stało się to widoczne zwłaszcza w dziedzinie społecznej. Biuro Organizacji i Spraw Osobowych Prezydium Rady Ministrów, którym kierował Maurycy Jaroszyński, uruchomiło terenowe kontrole stowarzyszeń dotowanych z funduszy rządowych. Inspektorzy biura pojawili się w akademickich towarzystwach naukowych, drobiazgowo kontrolując dokumentację i sporządzając zarządzenia pokontrolne – typowo biurokratycznego charakteru. Protokół pokontrolny, sporządzony po wizytacji PAU prowadzonej od 12 do 26 lutego 1949 roku, liczył 22 strony maszynopisu. Kwestionowano w nim nawet koszty tradycyjnych „herbatek” po walnych zgromadzeniach, brak rachunków za miotły czy kwiaty w doniczkach. Poważniej brzmiały zarzuty o braku „ścisłego podziału pracy” wśród urzędników PAU czy braku list obecności, najpoważniej – wytknięte braki w postanowieniach statutu PAU, bądź brak ksiąg pomocniczych. Ten typ kontroli zalegalizowano post factum dopiero dekretem rządowym z 21 września 1950 roku.

W takiej atmosferze przebiegały prace związane z organizacją jubileuszu PAU. Po wizycie Jana Dąbrowskiego u ministra Stanisława Skrzeszewskiego ustalono definitywny termin obchodów na 24-27 października 1948 roku. Bierut odmówił osobistego udziału w obchodach – do czego był zobowiązany jako protektor PAU – jedynie przyjął 19 X 1948 na audiencji Jana Dąbrowskiego. Zapowiedział „w przyszłości stworzenie Akademii Nauk w stolicy”, co miało być realizowane przy „udziale PAU”. Na otwarciu zjazdu jubileuszowego na Wawelu rząd reprezentował Stanisław Skrzeszewski.

Poza wąskim gronem partyjnych decydentów nikomu nie był znany wyrok wydany na dostojną jubilatkę. Odkrył ten dokument dla historii Witold Jan Chmielewski w domowym zasobie akt, zgromadzonym przez Skrzeszewskiego. Opublikował tekst w pracy Stanisław Skrzeszewski wobec ludzi nauki w świetle własnych notatek, listów i pism (1944-1950) (2014). Był to zapis uchwał z posiedzenia „Komisji KC PPR przy Wydziale Oświaty i Kultury do spraw reorganizacji PAU”. Obradowali: Jerzy Borejsza, Henryk Golański, Włodzimierz Michajłow, Czesław Nowiński, Adam Schaff i Stefan Żółkiewski. Tekst uchwał był omawiany w węższym gronie przez Jerzego Borejszę i Jerzego Albrechta ze Stanisławem Skrzeszewskim (19 X 1948). Postanowiono zrezygnować z przyjęcia delegacji PAU przez dyrektora Kancelarii Cywilnej Prezydenta RP Kazimierza Mijala. Ten wedle zamiarów miał wyrazić „krytykę partyjną działalności PAU, opierając się na materiałach przygotowanych przez tow. Nowińskiego”. Przesądzono natomiast udział Skrzeszewskiego w uroczystościach jubileuszu PAN – odrzucając alternatywę, zakładającą, iż zastąpi go Michajłow, wskazując „iż PAU nie będzie ośrodkiem zarządu i planowania nauki”. W tekście uchwały stwierdzano: „Działalność PAU jest szkodliwa politycznie i wykazuje wiele błędów naukowych (…). PAU należy ograniczać do roli lokalnego towarzystwa naukowego krakowskiego (podobnego do Warszawskiego Tow. Naukowego), przeprowadzając w nim zmiany personalne. Należy ustalić zasady planowej akcji stworzenia nowego ośrodka planowania nauki na wzór Akad. Nauk ZSRR”. Ośrodek ten – nazwany „tymczasową Komisją planowania nauki” – miał być uzupełniony reformą instytutową w uczelniach i powołaniem na nowo Akademii Nauk Technicznych. Stwierdzano w uchwale: „Akcję likwidacji PAU przeprowadzić rękoma starych profesorów, którzy na to pójdą”. Do tego: „Należy natychmiast usunąć ze składu PAU emigrantów pozbawionych obywatelstwa. Należy inspirować akcję prasową obnażając zacofanie naukowe PAU”. Na dokumencie Skrzeszewski dopisał odręcznie: „na bazie PAU nie można tworzyć Ak. Nauk”.

Był to wyrok nie tylko na Polską Akademię Umiejętności, ale i całą polską naukę akademicką. Przemawiając w imieniu władz podczas jubileuszu PAU, Skrzeszewski z całym cynizmem pomijał powzięte ustalenia. Z jednej strony dawał nadzieję: „Znajdziemy poza uroczystościami dość czasu i miejsca, aby śmiało, szczerze i do końca, błędy i niedociągnięcia omówić i znaleźć wspólnym wysiłkiem środki ich przezwyciężenia”, a z drugiej, powołując się na Plan Sześcioletni, zapowiadał: „Nauka oderwana od życia, jak to niestety dzieje się jeszcze dość często u nas, uschnie i odpadnie jak zwiędły liść (…). Bez marksizmu, bez czerpania pełną garścią z przebogatych doświadczeń nauki radzieckiej i przodującej nauki na całym świecie, nie pchniemy naprzód rozwoju nauki polskiej”.

Jeszcze przed uroczystościami jubileuszowymi Henryk Jabłoński w artykule Nauka – zapalny odcinek frontu kultury („Robotnik” nr 276 z 6 X 1948) określił PAU i TNW mianem „ładna przeszłość”. Według niego PAU „coraz bardziej przekształca się w zjednoczenie zasłużonych emerytów”. Tak więc „potrzebna nam jest instytucja typu Akademii Nauk ZSRR, instytucja realnej pracy, oparta o szereg instytutów naukowo-badawczych, działająca faktycznie, w najbliższym kontakcie z życiem i potrzebami Państwa”. Tezy te z aprobatą przytaczał Zbigniew Wasilewski w artykule Front Nauki – rozważania w 75 rocznicę Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie („Wieś – Tygodnik Kulturalno-Społeczny” nr 43, 1948). Komentował: „Pęta poczynania Akademii wspaniała tradycja, ciążą na niej średniowieczne mury Krakowa, nie dodają śmiałości myśli ani odwagi badaniom wyziewy krucht i bliskość niemal stu krakowskich kościołów (…) w 75 rocznicę PAU – schylając głowę przed jej minionymi zasługami – coraz dobitniej widzimy konieczność stworzenia nowej, centralnej 8-wydziałowej Polskiej Akademii Nauk”.

W programowym wystąpieniu Eugenii Krassowskiej na forum Rady Głównej do Spraw Nauki i Szkolnictwa Wyższego (14 II 1949) przewidywano „łączenie poszczególnych wydziałów z towarzystwami specjalnymi, przy równoczesnej stopniowej likwidacji różnych przerostów”. Do czasu powołania Polskiej Akademii Nauk miała Rada Główna „prowadzić za pośrednictwem specjalnych zespołów systematyczną kontrolę działalności naukowej towarzystw naukowych, nie wyłączając PAU, opiniować o planach ich działalności i planach wydawniczych”. Zamiast kontroli merytorycznych wprowadzono jednak kontrolę biurokratyczną z Prezydium Rady Ministrów, o której była już mowa w przypadku PAU. Podobne kontrole odbyły się w TNW (21-30 IX 1948), od 19 stycznia 1949 roku inspektorzy wkroczyli do PTPN. W zaleceniach pokontrolnych Prezydium RM oczekiwało między innymi: założenia brakujących ksiąg, scentralizowania zakupów za pośrednictwem referatu gospodarczo-administracyjnego, założenia teczek z aktami personalnymi pracowników, skomasowania kont bankowych, zlikwidowania kas podręcznych, oszacowania nieruchomości i ruchomości, wprowadzenia regulaminu pracy personelu, wykonywania robót i zakupów tylko w sektorze państwowym i uspołecznionym oraz „aktualizacji” statutów.

Prowadziło to wszystko do upaństwowienia społecznych organizacji. W „Sprawozdaniu finansowym sekretarza generalnego”, przedstawionym na marcowym (1950) Walnym Zgromadzeniu PAU, wskazywano: „zarówno w administracji majątków PAU, jak i w administracji własnej Akademii zaznacza się bardzo znaczny wzrost agend administracyjnych wywołany obowiązującymi przepisami. Powoduje to konieczność nie tylko zatrudnienia większej ilości sił administracyjnych, ale także i wzrost agend obciążających kierownictwo, zarówno sekretarza generalnego, jak i odpowiednich resortów, co wpływa niewątpliwie hamująco na tok [pracy – P.H.] agend naukowych”. 