Epoka oświecenia miała i ten skutek, że papież Benedykt XIV nakazał wyłączenie dzieła Mikołaja Kopernika De revolutionibus z indeksu ksiąg zakazanych. Postępy wiedzy naukowej sprawiły, że nie tylko dzieło, ale i osoba Kopernika stały się powszechnie znane. Rewolucja kopernikańska dokonała się nie w czasach Mikołaja Kopernika, lecz dopiero w XIX wieku, stając się mitem założycielskim polskiej nauki akademickiej.

Nie da się w biografii Mikołaja Kopernika stwierdzić typowej kariery uniwersyteckiej. W kolejnych uczelniach – krakowskiej i włoskich – był jedynie studentem. Skończył studia jako znawca prawa (doktorat z prawa kanonicznego uzyskany w Ferrarze 31 V 1503) czy absolwent medycyny. Kończąc studia, prowadził w rzymskiej Sapienzy wykłady z matematyki, jednak incydentalnie. Wśród współczesnych mu ludzi postrzegany był przede wszystkim jako kanonik warmiński bez wyższych święceń. Realnie był administratorem dóbr warmińskich. Korzystano z jego wiedzy medycznej, ówcześnie będącej na niskim poziomie, czego dowodzą zapisywane przez Kopernika medykamenty. Wniósł też realny wkład ekonomiczny, ustalając prawo deprecjacji monety kruszcowej. Dopiero pod koniec XIX wieku Panteon polski wiedzy i sztuki (1898) ukazuje w biografii Kopernika jego nauczanie w Rzymie (1499-1501) „na które podążała ciżba <słuchaczów>”. Był to według autorów Panteonu wykonywany przez Kopernika „zawód profesora”. Takie postrzeganie Kopernika dalekie jest od rzeczywistości. Lokował się realnie wśród homines curiosi – uczonych prywatnych, działających poza instytucjami nauki, pracujących w imię nauki czystej „w zaciszu domowym”. Jako uczony prywatny umiejscowiony był w ramach Kościoła, nie miał więc własnego życia rodzinnego i zależny był od mecenatu kapituły warmińskiej. Daleki był od bogactwa nawet własnej rodziny macierzystej, pozostała po nim tylko biblioteka i instrumenty astronomiczne, zagrabione następnie przez Szwedów. Pozostało jednak na wieki wielkie dzieło życia – De revolutionibus .

Początkowo znany był Kopernik nie z dzieła, lecz samej koncepcji heliocentrycznej. Budziła ona zastrzeżenia kościołów chrześcijańskich, bowiem przeczyło jej Pismo Święte. Szczególnie mocno atakowali heliocentryzm protestanci, ale De revolutionibus znalazło się też na indeksie Kościoła rzymskokatolickiego. Większość współczesnych Kopernikowi astronomów krytycznie oceniała dzieło Kopernika, nawet Tycho de Brahe, znawca teorii kopernikańskiej, zmobilizowany został do odnowienia geocentryzmu. W kręgu astronomów Kopernik był jednak identyfikowany jako „astronomus incomparabilis” (napis z portretu 1593). Jego poglądy stopniowo znajdowały uznanie, zwłaszcza po publikacji Johanna Keplera Mysterium cosmographicum (1596). Kepler odkrył ruch planet po elipsie, co w istotny sposób dopełniło koncepcję Kopernika. Według Keplera, Kopernik to „vir maximo ingenio et animo liber”, co tłumaczone jest jako „największy mąż, wolny mocą swego geniuszu i duszy”. Po przeczytaniu Mysterium Galileo Galilei przesłał Keplerowi list, w którym akceptował teorię Kopernika, ale w sposób bierny: „Choć zdobył nieśmiertelną sławę u niektórych, dla niezliczonych rzesz (w większości są to głupcy) stał się jednak celem pośmiewiska i drwin. Oczywiście miałbym dość odwagi, aby me poglądy ogłosić publicznie, gdyby znalazło się więcej osób Tobie podobnych” (za Jack Repcheck, Copernicus’ Secret How The Scientific Revolution Began , 2007).

Osoba Kopernika budziła zainteresowania wśród miłośników nauki, ale w społeczeństwie była znana tylko lokalnie, najlepiej w Toruniu. Już 21 listopada 1580 roku biskup warmiński Marcin Kromer projektował wystawienie pomnika w katedrze fromborskiej ze stosownym epitafium. W kościele św. Jana w Toruniu Melchior Pyrnesius umieścił tablicę pamiątkową (1582). Żywot Kopernika przedstawił Szymon Starowolski w zbiorze biografii „znakomitych ludzi w Polsce”, ogłoszonej w Wenecji (1627). Szerszy krąg odbiorców miała dopiero biografia Kopernika opublikowana (1654) łącznie z życiorysem Tycho de Brahe przez Petrusa Gassendiego. Jednak jeszcze w 1738 roku Akademia Krakowska przyznała Janowi Józefowi Przypkowskiemu katedrę astronomii za pracę wskazującą na nonsensowność teorii Kopernika.

Budując naukę akademicką propagowano równocześnie teorię Kopernika. W 1667 roku założono obserwatorium astronomiczne pod Paryżem, a w 1675 w Greenwich pod Londynem. W 1687 roku ukazała się praca Izaaka Newtona o prawie powszechnego ciążenia Philosophiae naturalis principia mathematica . Ustalenia naukowe sprawiły, że w epoce oświecenia Kościół wycofał dzieło Kopernika z indeksu (1758). Wojewoda nowogrodzki Józef Aleksander książę Jabłonowski opublikował w 1760 roku dzieło De Motu Telluris , gdzie interpretował ruch Ziemi zgodnie z ustaleniami Kopernika. W trzy lata później ukazało się – w Gdańsku i Rzymie – wydane przez niego De revolutionibus . Na zamówienie Jabłonowskiego Władysław Rojowski wykonał (1766) popiersie Kopernika z białego marmuru, umieszone w Toruniu w Kościele św. Jana. Pięć lat później jezuita Grzegorz Arakiełowicz opublikował Dissertatio cosmologica in qua de Copernicani Systematis cum philosophia, sacrisque praesertim litteris congruentia questio discitur . W rozprawie dowodził braku sprzeczności między teorią Kopernika a Biblią. Prawdziwym przełomem była konkursowa rozprawa (1801) Jana Śniadeckiego O Koperniku , publikowana w rocznikach Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk, a następnie tłumaczona na język francuski, angielski, włoski, a nawet perski. W połowie XIX wieku Jadwiga Łuszczewska (Deotyma) pisała o Koperniku: „Kto Cnotę z Genjuszem zaślubił sobie – zdobył dwie nieśmiertelności”. Z inicjatywy jej matki, Magdaleny z Żółtowskich Łuszczewskiej, przygotował Jan Baranowski polskie tłumaczenie De revolutionibus (1854). Następnie ukazała się praca Dominika Szulca Życie Mikołaja Kopernika (1855). W tym samym roku Jean Bernard Leon Foucault rozwiązał ostatnią zagadkę kopernikańską – poprzez wahadło wykazał, że Ziemia wykonuje dobowy obrót wokół swej osi. Szulc wskazywał, że „jenjusze należą do całej ziemi, jako spotęgowanie zdolności na pożytek wszystkich; ale w charakterze swoim noszą piętno żywiołu krajowego”. Był to przejaw sporu o narodowość Kopernika, toczonego ówcześnie w daleki od realiów historycznych sposób. Po latach Ludwik Antoni Birkenmajer wskazywał (Mikołaj Kopernik jako uczony, twórca i obywatel w 450-tą rocznicę jego urodzin , 1923): „sporna długi czas kwestja przynależności narodowościowej wielkiego astronoma do tej, albo do tamtej rodziny ludów, zaprawiała, jeszcze do bardzo niedawna, wszystkie jego biografje tak znacznym balastem krytycznym i polemicznym, zapełniała je tylu różnymi, częstokroć tylko domyślnymi szczegółami jego życia powszechniejszego, że na pytania najważniejsze, obywatelskich jego zasług, a zwłaszcza genezy i historji wielkiego odkrycia, nie starczyło już piszącemu ni miejsca, ni czasu, a może i… zmysłu”. Birkenmajer stosuje pojęcie „miejscowego patrjotyzmu”, co sięga dawnego pojęcia nacji (ziomkostwa). Toczył się nawet spór polsko-niemiecki o dom Kopernika, lokowany przy ulicy św. Anny. Podczas pobytu cesarza Napoleona I pokazywano fikcyjną, ale uznaną ówcześnie lokalizację w domu narożnym. Następnie debatowano, która z sąsiadujących kamienic na tej ulicy należała do Koperników. Karol Górski dowodzi (Mikołaj Kopernik – środowisko społeczne i samotność , 1973): „właściwym domem rodzinnym” był dom przy Rynku Staromiejskim 36, gdzie zamieszkał Mikołaj w wieku 7 lat – ten „pamiętał” i do tego „wracał myślą”. Bardziej problematyczne jest nazwanie Torunia „miastem Kopernika”.

Przejawem sporu o Kopernika były też wystawiane mu pomniki. Rada Stanu Księstwa Warszawskiego, obradując czasowo w Toruniu (11 V 1809), uchwaliła na wniosek Stanisława Staszica wystawienie na rynku pomnika Kopernikowi. Kamień węgielny „założono” uroczyście 20 września 1809 roku: „Po obrzędzie dany był obiad na sto osób (…). Wieczorem bal wielki”. Staszic jako prezes Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk opublikował „odezwę do narodu” (7 I 1810) zachęcającą do zbierania składek na budowę pomnika. Utrata Torunia na rzecz Prus sprawiła, że pomnik został zlokalizowany w Warszawie (kolejna odezwa Staszica z 4 VI 1815). Początkowo planowano usytuowanie pomnika na placu kazimierzowskim, jednak Bertel Thorwaldsen wybrał Krakowskie Przemieście. Pomnik odsłonięto 11 maja 1830 roku z napisem „Mikołajowi Kopernikowi Rodacy”. Uroczystości z okazji 300-lecia śmierci Kopernika miały skromny charakter. W Krakowie „wystawił popiersie” Kopernika w kościele św. Anny rektor Sebastian Sierakowski (1823). Autorem rzeźby był Antoni Arkusiński. W odpowiedzi zawiązany został w 1839 roku niemiecki Denkmal-Verein w Toruniu, zbierający po trzy talary od każdego obywatela na budowę pomnika. 16 lutego 1852 roku przywieziono z Berlina posąg wykonany przez Friedricha Tiecka. Inicjatywę połączono z tezą, iż niemiecka rodzina Kopernika mieszkała od wielu pokoleń w Toruniu. Pomnik odsłonięto uroczyście 25 października 1853 roku. Powołano też (19 II 1854) Coppernicus-Verein für Wiesenschaft und Kunst z siedzibą w Toruniu. Prezesem obrano wieloletniego burmistrza, Theodora Edwarda Körnera. Historią „niemieckiej” rodziny Kopernika zajął się sekretarz Towarzystwa, Georg Emanuel Bender. De revolutionibus przetłumaczono na język niemiecki (1879). W lutym 1870 roku zawiązano w Toruniu Polską Komisję Obchodów 400-lecia urodzin Kopernika. Uroczystość 19 lutego 1873 roku zgromadziła około 600 osób, konkurencyjne obchody oficjalne zorganizowały władze niemieckie. Trwałym rezultatem była decyzja (16 XII 1875) o powołaniu polskiego Towarzystwa Naukowego w Toruniu.

Przebudowana z Towarzystwa Naukowego Krakowskiego Akademia Umiejętności poświęciła czterechsetnej rocznicy urodzin Kopernika posiedzenie publiczne (18 II 1873). Ks. Ignacy Polkowski opublikował w latach 1873-1875 prace popularne: Album Mikołaja Kopernika i Żywot Mikołaja Kopernika, a także trzytomowe dzieło Kopernikijana czyli materyały do pism i życia Mikołaja Kopernika . Bardziej źródłowa była praca napisana w języku niemieckim przez toruńczyka Leopolda Prowego Nicolaus Coppernicus (trzy tomy 1883-1885). W następnych latach ukazały się ujęcia biograficzne, będące efektem poszukiwań źródłowych. Pojawiły się też – w niezliczonej ilości – publikacje prasowe na temat Kopernika i jego odkrycia, świadczące, że stał się ikoną nauki akademickiej. 