W powojennej odbudowie nauki znaczący udział wzięły towarzystwa naukowe ogólne typu akademickiego. Pierwszoplanową rolę odgrywały tradycyjnie Polska Akademia Umiejętności i Towarzystwo Naukowe Warszawskie. Oparciem w ich działaniach była sfera fundacji, które straciły w wyniku wojny i okupacji większość swoich zasobów. Aparat etatystyczny państwa oraz ideologia komunistyczna spychały instytucje nauki na margines. Przejawem tego było objęcie majątków ziemskich PAU polityką nacjonalizacji (pisma Ministerstwa Rolnictwa i Reform Rolnych z 18 i 19 IV 1945). Rezolucja Rady Naukowej przy Ministrze Oświaty z 23 sierpnia 1945 roku wzywała ministra Czesława Wycecha do wystąpienia na forum rządowym „z wnioskiem o doraźne zabezpieczenie bytu PAU, jak również o zasadnicze i trwałe uregulowanie jej położenia materialnego przez zwrot majątków, równoważniki w naturze za zabrane majątki, które by nie mogły być zwrócone, i przyznanie stałej i nie podlegającej skreśleniom ani obniżkom odpowiedniej do potrzeb dotacji”. Ministerstwo RiRR tylko częściowo spełniło te postulaty, podobnie jak Ministerstwo Oświaty, które zignorowało wnioski powołanego przez PAU „Komitetu celem przygotowania materiału dla Ministerstwa Oświaty w sprawie rewindykacji dóbr kulturalnych ze Lwowa, Wilna i innych miast utraconych skutkiem zmiany granicy”. Memoriał w tej sprawie, podpisany przez kilkuset pracowników nauki, wręczono Bolesławowi Bierutowi 3 grudnia 1945 roku.

W poufnym memoriale Ludwika Sawickiego W sprawie organizacji nauki (16 II 1945), sporządzonym na zamówienie Jakuba Bermana, przewidziano „reorganizację Akademii Umiejętności i towarzystw naukowych”. Wzorem była nauka sowiecka, w której towarzystwa odgrywały rolę jedynie w sferze popularyzacji nauki, a AN ZSRR miała status instytucji państwowej. By stworzyć presję prowadzącą do reform, władze partyjne uruchomiły prasowe ataki na kilku nowych członków PAU, wybranych 20 lipca 1945 roku. Oskarżano ich o rzekomą kolaborację z Niemcami. Stanisław Kutrzeba przygotował we wrześniu broszurę W obronie spotwarzonej instytucji , jednak wstrzymał jej druk, gdy wiceminister oświaty Władysław Bieńkowski obiecał powstrzymanie prasowych ataków (październik 1945). W Sprawozdaniu z podróży do ZSRR – wyniki i wnioski (13 XI 1945) Ludwik Sawicki wskazał na oczekiwany przez władzę kierunek reformy PAU. Miano powołać wydziały: Nauk Matematyczno-Fizycznych, Chemii, Nauk Biologicznych, Nauk Geologiczno-Geograficznych, Historii i Filozofii, Ekonomii i Prawa, Literatury i Języka. Przy wydziałach miano zorganizować zakłady badawcze prowadzące prace planowane. Przy tym taktycznie stwierdzano: „Charakter społeczny Akademii winien być utrzymany. Organizacyjnie Akademia Umiejętności byłaby związana z Prezydium Rady Ministrów” (w którym rządził Berman). Ponieważ tradycyjna struktura PAU zapewniała dominację nauki czystej (wydziały: Filologiczny, Historyczno-Filozoficzny, Matematyczno-Przyrodniczy, Lekarski), reforma byłaby daleko idąca. W kręgu władz PAU jedynie Władysław Szafer był zwolennikiem reformowania, jednak umiarkowanego. Opowiadał się za powołaniem nowego Wydziału Rolniczego oraz utworzeniem Związku Towarzystw Naukowych pod egidą PAU.

PAU i UJ zorganizowały w Krakowie, 26 stycznia 1946 roku, Konferencję w sprawie potrzeb i organizacji nauki polskiej. Wystąpiono w obronie wolności nauki. Pod egidą PAU zamierzano powołać Związek Instytucyj i Towarzystw Naukowych. W odpowiedzi w Prezydium Rady Ministrów zorganizowano konkurencyjną „konferencję warszawską” (13 II 1946). Na tym kilkuosobowym forum Sawicki wystąpił z postulatem „zaktualizowania” statutów PAU i TNW. Przewidziano powołanie rządowego Komitetu Doradczego w sprawach nauki. Polska Partia Socjalistyczna wystąpiła z alternatywnym projektem powołania rządowego Centrum Organizacji Badań Naukowych oraz zwołania Kongresu Nauki Polskiej.

Na uroczyste posiedzenie publiczne PAU zaprosił się prezydent Bierut. W przemówieniu napisanym przez Bermana występował jako statutowy „protektor Akademii”. Akcentował zasadę „łączności między teorią i praktyką”. Oświadczał, że PAU „może przekształcić się w jedno z najważniejszych ogniw postępowej myśli naukowej, regulującej nasz aparat wytwórczy, wytyczającej zdrowy kierunek rozwojowy naszej gospodarce ogólnonarodowej”. Zgodne z tym postulaty zreformowania PAU przedstawił – w porozumieniu z Bermanem – Józef Parnas (artykuł Przyczynek do dyskusji na temat organizacji nauki polskiej , „Życie Nauki” nr 5, 1946). Krytykując konferencję PAU i UJ, postulował „upaństwowienie” Akademii. Jan Mydlarski z kolei wskazywał (W sprawie organizacji nauki polskiej , „Życie Nauki” nr 7-8, 1946), że PAU „jest właściwie Akademią krakowską, a nie ogólnopolską”. Według niego dodatkowo „powinna być rodzajem Sejmu Nauki Polskiej”. Towarzystwom przypisywał rolę korporacji: „Każdy pracownik naukowy winien być obowiązkowo członkiem jednego z tych towarzystw (…) byłyby niejako państwowymi towarzystwami naukowi” – w roli „organu wykonawczego Polskiej Akademii Umiejętności”. Tę „tworzyliby delegaci poszczególnych towarzystw specjalnych”. Pełniąc funkcje Sejmu Nauki Polskiej byłaby także „kolegium dożywotnio mianowanych honorowych członków Akademii, tworzących coś w rodzaju «Grupy Nieśmiertelnych», którym państwo przez specjalną dotację zapewniałoby byt materialny”. Mydlarski dodawał bez żenady, iż nie mieliby „żadnego wpływu na działalność Akademii”. W imieniu Zarządu PAU odpowiedział Tadeusz Kowalski w ironicznym artykule O Sejmie nauki polskiej i o „Grupie Nieśmiertelnych” („Życie Nauki” nr 9-10, 1946). Wyjaśniał, że reforma PAU może polegać tylko na „pozbyciu się uschłych gałęzi”.

Na posiedzeniu Zarządu PAU (15 III 1946) przypomniano o 75-leciu założenia Akademii, przypadającym na rok 1947. Jubileusze instytucji narodowych zmuszały władze do wystąpienia w roli mecenasa, a nie reformatora. Już 11 kwietnia 1946 roku powołano w PAU Komitet Wykonawczy jubileuszowy. Termin przesunięto jednak na rok 1948. Na drugim posiedzeniu Komitetu (1 VII 1946) postanowiono przygotować historię PAU, bibliografię wydawnictw, monografie dyscyplin oraz publikację na temat Kopernika. Na posiedzeniu kolejnym (4 XII 1946) doszło do sporu – Szafer optował za odroczeniem rozmów z władzami do czasu wyborów do Sejmu Ustawodawczego. Przejściowo złożył nawet rezygnację z przewodniczenia Komitetowi. Jego pogląd nie ostał się, ponieważ uzyskano wsparcie finansowe od ustępującego premiera Edwarda Osóbki-Morawskiego. Wynik sfałszowanych wyborów wskazał, że czas działa na niekorzyść jubileuszu i Akademii. Sekretarz generalny PAU, Tadeusz Kowalski, stwierdził podczas Walnego Zgromadzenia (20 III 1947): „z powodu zaszłych zmian w składzie rządu, źródła naszych dochodów, a wskutek tego i cała działalność, stanęły pod znakiem zapytania”.

Działając obronnie, władze PAU i TNW wznowiły posiedzenia przedwojennego Komitetu Porozumiewawczego Towarzystw Naukowych Akademickich (27 II 1947). Nie mogły w nim uczestniczyć władze Akademii Nauk Technicznych (blokowane przez Ministerstwo Oświaty) oraz władze zdelegalizowanego Towarzystwa Naukowego we Lwowie. Zdelegalizowano też sam Komitet Porozumiewawczy oraz projektowany przezeń Związek Towarzystw Naukowych (pismo Ministerstwa Oświaty z 26 II 1948).

W lutym 1948 roku Zarząd PAU – po konsultacjach z władzami rządowymi – ustalił termin jubileuszu na czas między 27 września a 2 października 1948 roku. Odwoływano się do doświadczeń jubileuszów 40-lecia TNW oraz 90-lecia PTPN, przeprowadzonych w 1947 roku. Jednak władze rządowe nie rezygnowały z koncepcji reformatorskich. Stanisław Kulczyński i Jan Mydlarski byli referentami Sekcji Organizacji Nauki Rady Głównej do spraw Nauki i Szkolnictwa Wyższego „problemu Polskiej Akademii Umiejętności” oraz pozostałych towarzystw naukowych. W referacie Mydlarskiego (posiedzenie SON, 11 IX 1948) przypisano PAU rolę „centralnego ośrodka dyspozycyjnego nauki polskiej, czyli instytucji nadrzędnej i kierowniczej”. W koreferacie Kulczyński stwierdzał realistycznie: „Polskiej Akademii Umiejętności, towarzystw akademickich i towarzystw specjalnych nie należy przebudowywać do celów, do których nie są przystosowane, ani też likwidować, natomiast należy je podporządkować Ministerstwu Nauki dla celów koordynacyjnych”. Ten pogląd podzielili dyskutanci. 