Nie wszystkie jednostki, które w 2013 zostały ocenione wg metody zaproponowanej przez KEJN i otrzymały od ministra nauki odpowiednią do oceny kategorię, zgodziły się z werdyktem. Niektórym udało się uzyskać podniesienie kategorii w wyniku odwołania do samego ministra. Część jednak zdecydowała się na walkę przed sądem. Jak informuje Biuro Prasowe Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, na wniesienie skargi na decyzję ministra do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego zdecydowało się w 2014 r. 11 jednostek naukowych – 3 instytuty badawcze, 4 instytuty PAN i 4 jednostki szkół wyższych. Są to: Instytut Energetyki (z B na A), Instytut Hematologii i Transfuzjologii (z B na A), Instytut Metali Nieżelaznych (z B na A), Instytut Podstaw Inżynierii Środowiska PAN (z C na B), Instytut Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania im. Stanisława Leszczyckiego PAN (z B na A), Instytut Parazytolgii im. Witolda Stefańskiego PAN (z B na A), Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN (z A na A+), Wydział Prawa Uniwersytetu w Białymstoku (z A na A+), Wydział Prawa i Administracji Uniwersytetu Łódzkiego (z B na A), Wydział Prawa i Administracji Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu (z B na A) oraz Wydział Inżynierii Procesowej i Ochrony Środowiska Politechniki Łódzkiej (z B na A). Trzy z tych jednostek – instytuty: Energetyki, Metali Nieżelaznych i Podstaw Inżynierii Środowiska PAN – wycofały później skargi. Jedną skargę – Wydz. Prawa UwB – WSA odrzucił z powodu przekroczenia terminu na jej wniesienie.

W wyniku postępowań dotyczących pozostałych skarg minister – po uchyleniu decyzji przez WSA z powodów formalnych – wydał dotychczas decyzje podwyższające kategorię naukową czterech jednostek. Instytutowi Hematologii i Transfuzjologii podniesiono kategorię z B na A. W wyniku tej decyzji władze instytutu zdecydowały się wystąpić na drogę sądową o podniesienie dotacji statutowej; sprawa jest w toku. Instytut Nenckiego w wyniku odwołania uzyskał kategorię A+. Na wniosek jednostki wznowiono postępowanie w sprawie przyznania dotacji statutowej na rok 2015. W jego wyniku instytut otrzymał dodatkowe 3 mln 955 tys. zł. Wydziałowi Prawa i Administracji UŁ minister podniósł kategorię z B na A. Wydział nie zwrócił się o podniesienie dotacji za rok 2015. WPiA UMK otrzymał w wyniku skargi kategorię A i wniósł o wznowienie postępowania w sprawie przyznania dotacji na lata 2014 i 2015 r.; sprawa jest w toku. 