W krakowskiej rodzinie rzemieślniczej urodził się 15 listopada 1876 roku Stanisław Marian Kutrzeba. Ojciec, Jan, prowadził zakład introligatorski oraz sklep z obrazami, tapetami i papeterią. Matka, Waleria de domo Pawlik, zajmowała się domem oraz formowała zainteresowania rodzeństwa. Po ukończeniu Gimnazjum św. Anny Stanisław podjął studia na Wydziale Prawa i Administracji UJ (1894-1898). Jako historyk z zamiłowania uczęszczał na wiele zajęć prowadzonych w ramach Wydziału Filozoficznego. Za mistrza obrał Bolesława Ulanowskiego, profesora historii prawa kanonicznego i polskiego. Pod jego kierunkiem przygotowywał do druku średniowieczne teksty źródłowe. Łączył z tym umiejętność syntezy, pracowitość z talentem. Miał oceny celujące i zasłużył na promocję doktorską finalizującą studia prawnicze sub auspiciis Imperatoris. Tę jednak przewidziano dla syna marszałka krajowego, Henryka Stanisława Badeniego. „Cicha” promocja doktorska Kutrzeby odbyła się 29 października 1898 roku. Kutrzeba ówcześnie pracował w Archiwum Watykańskim na statusie stypendysty Akademii Umiejętności. W Paryżu uzupełniał (1900) wiedzę w Collège de France i w Ecole des Hautes Etudes. Pracował też nad inwentarzem Biblioteki Polskiej w Paryżu. Finałem była habilitacja (1902) na podstawie pracy Sądy ziemskie i grodzkie w wiekach średnich .

Zatrudnił się jako adiunkt w Archiwum Krajowym Akt Grodzkich i Ziemskich (1901-1908), w efekcie nabył głęboką znajomość źródeł, przygotował też katalog, repertoria i inwentarze archiwalne. W latach 1904-1919 należał do Grona Konserwatorów Galicji Wschodniej i Zachodniej, a w II Rzeczypospolitej został członkiem Rady Archiwalnej przy ministrze WRiOP.

Awanse akademickie rozpoczął Kutrzeba od prowadzenia wykładów w semestrze letnim (1902/1903) na temat początków parlamentaryzmu w Polsce. W 1905 roku ukazał się pierwszy tom Historii ustroju Polski w zarysie , określany jako „Korona”. Ten podręcznik akademicki przyniósł mu sławę i ugruntowaną pozycję w nauce (po raz siódmy został wydany w 1931 roku). W roku 1914 ukazał się drugi tom, a w 1917 dwa kolejne o czasach zaborów. Dochody ze sprzedaży podręcznika pozwoliły Kutrzebie kupić dochodową kamienicę. Żona (od 1912) Janina była córką znanego prawnika warszawskiego, urodziła trzy córki. W roku 1908 Kutrzeba został mianowany profesorem nadzwyczajnym, na UJ kierował katedrą prawa polskiego. W roku 1912 został uzwyczajniony. W kolejnym roku uzyskał członkostwo Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, a w 1914 wybrano go na członka korespondenta Akademii Umiejętności.

Zdolności organizatorskie Kutrzeby owocują kolejnymi wyborami na stanowiska uczelniane – Kutrzeba zostaje dziekanem (1913/1914, 1920/1921), dyrektorem drukarni (1927), rektorem (1932/1933), a w kolejnym roku akademickim – prorektorem. Od roku 1910 Kutrzeba pełnił różne funkcje w Akademii Umiejętności: sekretarza Komisji Historycznej, dyrektora wydawnictw tej komisji, dyrektora zbiorów i wydawnictw, a następnie przewodniczącego Komisji Prawniczej, przewodniczącego Komitetu Biblioteki. Najbardziej znaczące były stanowiska sekretarza Wydziału Historyczno-Filozoficznego PAU (1919-1926), dyrektora tego wydziału (1926-1927), sekretarza generalnego (1927-1939), a w końcu prezesa. Władysław Konopczyński sumował (Stanisław Kutrzeba jako organizator Polskiej Akademii Umiejętności , w: „Kwartalnik Historyczny”, 1947) dorobek organizatorski Kutrzeby: „Nie widziano człowieka, który by tak ukochał reprezentowaną instytucję (…). Ona była jego drugą, mniejszą ojczyzną. Ogarniał całe bogactwo jej celów i bolał nad ubóstwem środków. Stać go było i na wielkie koncepcje, i na doskonałe realizacje, i na dobór właściwych ludzi. Sam świecił wzorem obowiązkowości i punktualności; często, gdy widział zaniedbania, wybuchał, ale nie znał uprzedzeń w ocenie zasług”. Według Tadeusza Kowalskiego, Kutrzeba „dając codziennie żywy przykład wysoko pojętej obowiązkowości, sumienności i niezmordowanej pracowitości, miał prawo moralne wymagać takich samych przymiotów od swych pomocników. Kancelaria Akademii stała się aparatem sprawnym. Przestały w niej istnieć zaległości, przyzwyczajano się załatwiać wszystko od ręki. W registraturze i archiwum zapanował wzorowy porządek. Rachunkowość działała bez zarzutu”.

W pracach badawczych największą wagę przywiązywał Kutrzeba do opracowań źródłowych. Uzyskał nagrodę PAU imienia Probusa Barczewskiego za Historię źródeł dawnego prawa polskiego (1925). Jak stwierdził uczeń Kutrzeby, Adam Vetulani (Stanisław Kutrzeba – historyk prawa , w: „Kwartalnik Historyczny”, 1947), „od współczesnych mu różnił się tym, że podejmował się opracowania problematów przez naukę nietkniętych, wykazując cenną ambicję wypełnienia luk w znajomości naszej przeszłości dziejowej. Nie odstraszało go, że nie posiadając wzorów, sam musiał opracować swoistą metodę, inną przy pracach nad historią gospodarczą miast, inną zaś przy zobrazowaniu organizacji sądownictwa, inną znów przy przedstawianiu genezy starostów oraz urzędów koronnych i nadwornych. Nie odstraszała go również obfitość materiału źródłowego i jego różnorodność”.

Stanisław Kutrzeba był czynny także na polu politycznym, choć bez zaangażowania partyjnego. W latach 1916-1919 współpracował z redakcją „Głosu Narodu”. W Paryżu działał (1919) jako ekspert Polskiego Biura Prac Kongresowych. Po sześciu latach przewodniczył polskiej delegacji, przygotowując traktat z Czechosłowacją. We wspomnieniu pośmiertnym Konopczyński pisał o Kutrzebie (Człowiek – drogowskaz w „Tygodniku Powszechnym” nr 3, 20 I 1946): „Rozpowszechnienie w kraju i za granicą trzeźwego, a nie pesymistycznego poglądu na naszą zdolność do rządzenia samymi sobą, stanowi główną wychowawczą zasługę profesora Kutrzeby, ważniejszą niż to, że wykształcił kilkunastu badaczy i wyegzaminował kilkanaście tysięcy koncypientów-jurystów”. W czasie I Zjazdu Nauki Polskiej (1920) Kutrzeba lapidarnie postulował: „Państwo, wspierając naukę, zostawi jej zupełną autonomię wewnętrzną, samo wstrzymując się od kierunku czy wydawania sądów”. Znaczące refleksje o faszyzmie i bolszewizmie zawarł Kutrzeba w broszurze Państwa totalne. Światła i cienie, przyszłość (1937). Znaczące były prace społeczne Kutrzeby w Towarzystwie Szkoły Ludowej oraz Towarzystwie Miłośników Historii i Zabytków Krakowa.

Kutrzeba zachowywał serdeczność wobec rodziny i uczniów. Podczas posiedzenia Senatu UJ (9 I 1946) Jan Gwiazdomorski dostrzegał [cyt. za Piotrem Bilińskim Stanisław Kutrzeba (1876-1946) ], że w kontaktach z otoczeniem „Bóg poskąpił mu daru zjednywania sobie ludzi, uroku osobistego. Jego bezkompromisowość, apodyktyczność, Jego bezmierna prawość i szlachetność, stały system mówienia każdemu prawdy w oczy, wreszcie jego temperament naukowy jednały mu powszechny i głęboki wśród ludzi szacunek, ale równocześnie powodowały, że miał opinię człowieka twardego, kanciastego. Robił wrażenie oschłego i zimnego”. Karol Estreicher jr. odnotował w Dzienniku wypadków : „Nigdy Kutrzeby nie lubiłem, zawsze drażnił mnie drobnomieszczańskim sposobem patrzenia na świat”.

Totalitaryzmy uderzyły na Polskę niewiele dni po objęciu (28 III 1939) przez Kutrzebę stanowiska prezesa PAU. W wyniku Sonderaktion Krakau trafił do obozu w Sachsenhausen, na dno ludzkiej egzystencji. Miesiąc wcześniej zanotował: „Gdy rano się budzę, myślę, że to może przecież tylko koszmar jakiś męczący, że to wszystko we śnie tylko było. I przychodzi świadomość, że to jednak realna prawda. I myśl biegnie cały dzień do tych spraw, do katastrofy Akademii, której poświęciłem 13 lat wytężonej pracy, by zapewnić jej rozkwit przez oparcie na solidnej podstawie zarządu jej majątków. Kilka miesięcy temu pisałem, jak rządzi się Akademia, dałem obraz wyników jej pracy od początków istnienia, a dziś, to nagrobek tego, co było”. Już w powojennych okolicznościach spotkały Kutrzebę inne przejawy totalitarne – brał udział w rozmowach moskiewskich na temat rządu „jedności narodowej”, był też pytany przez Bieruta o możliwość przebudowy nauki na podstawach uzawodowienia. W kręgach opozycji myślano o Kutrzebie jako kandydacie do urzędu Prezydenta RP. Choroba, a następnie śmierć 7 stycznia 1946 roku odebrały resztki nadziei na utrzymanie Akademii – i Polski – w niezależnej formie i treści. 