22 sierpnia 1945 r. dotarł pociągiem z Łodzi do Torunia. Porzucił stanowisko prorektora nowej uczelni łódzkiej, by bez wahania przyjąć zaszczytniejsze – w mieście, którego zupełnie nie znał, ale z ludźmi nauki, których wielu poznał w Wilnie i cenił. Ryzykował.

Już kiedyś, dawno temu, uczynił podobnie. Był rok 1919. W Wilnie grono profesorów z Warszawy, Krakowa i Petersburga, urzędnicy miasta oraz kilku zasłużonych obywateli Wielkiego Księstwa Litewskiego spierało się o kształt uniwersytetu, który pragnęli odbudować po niemal 90 latach. Spory przeciągały się, a niespokojny front mógł w każdej chwili zagrozić swobodzie decyzji. I Naczelnik Państwa wysłał do Wilna dr. Ludwika Kolankowskiego, już wówczas jednego z najlepszych badaczy dziejów Ziem Wielkiego Księstwa Litewskiego. I Kolankowski bez wahania porzucił stanowisko Komisarza Ziem Wschodnich. W ciągu czterech miesięcy odzyskał budynki, zorganizował z niczego sześć wydziałów, sprowadził brakujących uczonych, przygotował pierwszy budżet i stworzył podwaliny Alma Matris Vilnensis redivivus. Ale na uroczystej inauguracji akademickiej, 11 października 1919 r., z udziałem Józefa Piłsudskiego, Władysława Mickiewicza i pierwszego rektora USB prof. Michała Siedleckiego w katedrze św. Janów, Kolankowskiego nie było. Wyjechał z Wilna z żalem, którego źródłem nie była Wszechnica Batorowa, lecz upór warszawskich urzędników.

Powrócił do Wilna w 1929 roku, jako dojeżdżający z Warszawy profesor historii, i uczył w Wilnie do 1936 r. Odszedł w okolicznościach dość szczególnych. Uniwersytet Jana Kazimierza we Lwowie zapytał najwybitniejszych historyków polskich, kto mógłby objąć wakującą katedrę historii późnego średniowiecza i stosunków Polski i Litwy z Moskwą. Na list lwowskiego środowiska naukowego odpisało 18 uczonych z czterech uniwersytetów. Więcej niż połowa z nich wskazała Ludwika Kolankowskiego.

10 lat później, po wojennej zawierusze, w której zaginęła znaczna część jego warsztatu naukowego, pieczołowicie zbieranego po świecie, wypędzony z Warszawy, bez dobytku, z walizką osobistych dokumentów, po roku poniewierki odnalazł się w Toruniu. Powołany na stanowisko p.o. rektora tworzącego się Uniwersytetu Mikołaja Kopernika i równocześnie na katedrę profesorską, zaczął marzyć i ponownie tworzyć uniwersytet. „Zadomowiwszy się”, choć bez mieszkania, pracowni, biblioteki, bez najdrobniejszych mebli, bez odzieży, poduszki pod głowę i tym podobnych zbędnych drobiazgów, znalazł skarb bezcenny – odzyskaną wiarę w siebie. Chciał w Toruniu, w murach nowego uniwersytetu, u schyłku życia naukowego, odnaleźć uczniów, w których duszę i ciekawość zamierzał przelać cały zasób swej wiedzy, swej metody naukowej, swego dorobku umysłowego. Starszy o ćwierć wieku, po raz drugi przystąpił do budowania uniwersytetu na ziemi odzyskanej i jak przed laty wszystko zmuszony był robić od zera. Tym razem wbrew miastu i jego mieszkańcom, za jedynego stronnika mając garstkę profesorów z Wilna i kilku urzędników. Najtrudniej było skompletować zespół uniwersytecki do wszystkich wydziałów. Potrafił namówić wielu historyków ze Lwowa, by przemierzyli kraj w poszukiwaniu nowej przystani życia, ale musiał też ze smutkiem patrzeć, jak odjeżdżają inni, z nakazu politycznego, do Gdańska, do Wrocławia, do Krakowa.

Zorganizował czterowydziałowy uniwersytet w niespełna trzy miesiące, szybciej niż w Wilnie. 15 lutego 1946 otrzymał nominację na rektora UMK, na dwa lata, do 1947 r. Badań własnych nad epoką jagiellońską po wojnie już nie prowadził w ogóle. Zwyczajnie nie miał na to czasu. Zbyt poważnie traktował swoje obowiązki rektorskie, zbyt wiele było do zrobienia w codziennej walce o uniwersytet, by mógł cokolwiek odłożyć na później. Potrafił całymi miesiącami pracować niemal w zamknięciu, odseparowany od znajomych, często wyjeżdżając do Warszawy w sprawach Uniwersytetu. Szybko orientował się, na kim może polegać, trzymał na dystans tych, którzy potrafili jedynie szkodzić. Było w nim coś majestatycznego, coś co doskonale uchwycił Hoppen w namalowanym portrecie; emanowały z jego postawy dostojeństwo i powaga urzędu. Urzędu – nie osoby. Dla bliskich miał żywy temperament, wielką witalność, choć także w rozmowach pewne lekceważenie cudzych opinii i zbytnią pewność sądów własnych. Mówili, że był trudny w nawiązywaniu bliższych stosunków i przyjaźni, ale jeszcze trudniej było raz nawiązane z nim bliższe nici zerwać.

Wiedział, jak ważne są symbole, gesty i magia studiów. Widząc, że w ludowej ojczyźnie marnieją obyczaje, powaga i dostojeństwo uniwersytetu, starał się choć własnym zajęciom nadać znamiona wyjątkowości, która przybierała niekiedy formy niemal teatralnego spektaklu. Studenci wspominali zajęcia z Kolankowskim. Najpierw do sali wchodził pedel i anonsował studentom przybycie rektora, potem wchodził adiunkt i stawał przy pierwszej ławce, nareszcie w drzwiach pojawiał się rektor. Wszyscy wówczas wstawali i stali tak długo, aż Kolankowski zajął miejsce na katedrze. Gdy tylko było to możliwe, rozpoczął starania o insygnia rektorskie, zakończone sukcesem w 1948 r. Ale togi rektorskiej nie było mu dane nosić. Zamówiona zbyt późno, przyszła, gdy już nie był rektorem.

Miał złudzenia, że mu się uda uchronić Uniwersytet przed zmarnowaniem. 31 maja 1947 r. został wybrany na rektora przez Senat UMK, na dalsze dwa lata. Postawił sobie dwa zadania: utworzenia Wydziału Farmakologii i Wydziału Rolnego. I nagle w czerwcu 1948 r. został zmuszony do rezygnacji. Czy powodem było to, że w okresie rektorstwa zwrócił się do ojców jezuitów o powołanie duszpasterstwa akademickiego? A może rzeczywistość zmieniła się wówczas tak bardzo, że były piłsudczyk, senator i działacz Obozu Zjednoczenia Narodowego nie był już właściwą osobą na stanowisku rektora? Odsunięcie od władzy rektorskiej uważał za osobisty dramat, a mianowanie na stanowisko dyrektora Biblioteki Uniwersyteckiej, które nastąpiło w lipcu 1949 r., za zesłanie. Walczył o tę bibliotekę, gdy był rektorem, jak kiedyś o bibliotekę Ordynacji Zamoyskich, i później, gdy budował we Lwowie książnicę Polskiego Towarzystwa Historycznego. Miał świadomość, jak ważna jest dla wielkości uniwersytetu. Zabiegał o budynek dla niej, zapewniający samodzielność i swobodę kształtowania księgozbioru oraz wartości badań naukowych w niej prowadzonych.

Zmarł 19 marca 1956 r. Przez trzy dni trumna ze zwłokami, okryta togą rektorską i insygniami, stała w holu głównym Jego Biblioteki, a mieszkańcy składali mu hołd. 22 marca trumnę zawieziono do kościoła Marii Panny, a stamtąd, konduktem i z honorami akademickimi, jakich nie dostąpił żaden rektor później, przewieziono go na cmentarz św. Jerzego. W uroczystości żałobnej, oprócz społeczności UMK, wzięło udział dwoje pracowników UJ: doc. dr Józef Skoczek oraz dr Jan Baumgart, dyrektor Biblioteki Jagiellońskiej. Ten ostatni przemawiał nad trumną bibliotekarza.