Do czasów oświecenia studia lekarskie wiązano ściśle z filozofią – w Bolonii, której fakultet lekarski był wzorem, używano przy doktoracie określenia „in medicina e filosofia”. W nauczaniu dominowała scholastyka. Podobnie w Krakowie. Od czasu (1505), kiedy Maciej z Miechowa ustanowił w Studium Generale drugą katedrę, dzielono zajęcia na wykład medycyny teoretycznej oraz wykład medycyny praktycznej. W ramach medycyny teoretycznej wykładano I kanon Awicenny, III księgę Galena oraz Aforyzmy Hipokratesa. W ramach praktycznej – I i IV kanon oraz IX księgę Awicenny. Wiedzę praktyczną pogłębiano udziałem scholarów w wizytowaniu pacjentów w ich domach (statut z 1525). Wobec dominującej doktryny chrześcijańskiej, traktującej człowieka jako dzieło Boże, nie przeprowadzano sekcji zwłok. Studia na fakultecie lekarskim trwały od pięciu do siedmiu lat, poprzedzone były studiami na fakultecie artes liberales. Na nim uzyskiwano magisterium, a na fakultecie lekarskim – doktorat medycyny (pierwsze trzy promocje w 1527). Dzięki fundacjom Piotra z Poznania powołano dwie kolejne katedry na fakultecie lekarskim (1579, 1583). Stopniowo odrzucano posługiwanie się astrologią i alchemią przy ustalaniu przebiegu leczenia. Kolejne katedry – nauki o lekach oraz anatomii – powołano na podstawie fundacji Jana Zemelego z Kalisza (1609, 1615). Wykładowcy medycyny często nie mieli święceń kapłańskich, dyplomy przywozili z uczelni włoskich – prowadzili rozbudowaną praktykę lekarską i pełnili miejskie urzędy w Krakowie. W latach 1702-1764, jak ustalił Emanuel Roztworowski (1964), wykładało medycynę kolejno 13 profesorów, z czego 8 zdobyło stopień doktora w Krakowie.

Wydział Lekarski w Krakowie ledwie egzystował, zatrudniał praktykujących lekarzy o zróżnicowanym poziomie wiedzy. Największą posiadali medycy dworscy. Do całkowitego zawieszenia studiów doszło w latach 1775-1780. Ks. Hugo Kołłątaj odnotował (wizytacja 1777): „Dwóch wtedy doktorów z praktyki w Krakowie żyjących składają Facultatem medicam (…). Żadnej oni lekcji nie dają (…). Nie masz w Akademii Theatrum Anatomicum, nie masz w całym mieście szpitala dla chorych, nie masz ogrodu zielniczego”. Dziekan Andrzej Badurski projektował od roku reformę – przewidywał powołanie pięciu katedr, utworzenie szpitala oraz objęcie kontrolą krakowskich aptek. Pierwszy szpital kliniczny na ziemiach polskich ulokowano w gmachu pojezuickim, przy Małym Rynku. Perspektywicznym błędem okazało się połączenie ze szpitalem sióstr Miłosierdzia oraz zmuszenie cechu cyrulików krakowskich do zobowiązania balwierzy do podjęcia studiów lekarskich, co zaniżyło poziom nauczania. Zajęto się też położnymi, uprawiającymi „sztukę babienia”. Przeniesienie szpitala klinicznego do klasztoru pokarmelickiego nie rozwiązało sporów – te wygasły dopiero po kolejnym przeniesieniu, na ulicę Kopernika 7 (1827).

W 1805 roku, po przywróceniu struktury wydziałowej, zgodnie z nowym planem nauczania wprowadzono niższe (2-3 lata) magisterskie studia lekarskie oraz studia wyższe (5 lat) doktorskie. Działały do tego jednoroczne studia farmaceutyczne i półroczne kursy położnicze. W roku ak. 1808/1809 zatrudniano na Wydziale Lekarskim 11 profesorów i 3 asystentów. Na mocy „Urządzenia wewnętrznego” Szkoły Głównej Krakowskiej w roku 1814/1815 wprowadzono dwuletnie studia licencjackie oraz czteroletnie studia magisterskie. Po kolejnych trzech latach praktyki można było ubiegać się o doktorat medycyny – po przedstawieniu „rozprawy uczonej” i zdaniu egzaminu praktycznego. Gdy utworzono Wolne Miasto Kraków, skrócono studia doktorskie do pięciu lat. Liczba profesorów (9) oraz adiunktów (6) zapewniała na przełomie lat trzydziestych i czterdziestych stabilizację. Jak ustalił Kazimierz Lejman (Zarys dziejów Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego w: Sześćsetlecie medycyny krakowskiej , tom II, 1964), od ubiegających się o stopień doktora medycyny lub chirurgii „wymagano najpierw ukończenia dwuletniego kursu nauk filozoficznych, po czym na pierwszym roku słuchali oni hodegetyki (nauki o metodach wychowania), anatomii teoretycznej i praktycznej, mineralogii, zoologii i botaniki szczegółowej oraz chemii nieorganicznej; na drugim kontynuowano teoretyczną i praktyczną naukę anatomii oraz słuchano wykładów fizjologii, chemii organicznej i farmacji; na trzecim przystępowano do nauki patologii ogólnej, terapii ogólnej, higieny, farmakodynamiki, chirurgii teoretycznej, akuszerii teoretycznej i nauki o epizoocjach; na czwartym roku obowiązywała patologia i terapia szczegółowa, praktyka kliniczna, chirurgia praktyczna, tudzież klinika chirurgiczna łącznie z nauką o chorobach ocznych i <syfilitycznych>”. Na piątym roku kontynuowano patologię i terapię szczegółową oraz praktykę kliniczną. Przyszli doktorzy chirurgii przygotowywali się w klinice chirurgicznej. Wszystkich obowiązywała nauka akuszerii, zajęcia w klinice położniczej oraz nauka kliniczna o chorobach kobiecych i dziecięcych. Do tego – medycyna sądowa łączona z przeprowadzaniem sekcji oraz „opracowaniem orzeczeń dla celów sądowo-lekarskich, policja lekarska, w końcu zaś historia medycyny i historia chirurgii”. Przy czteroletnim programie niższego rzędu obowiązywały skrócone wersje wszystkich przedmiotów – wykładanych nie po łacinie, lecz po polsku. W roku ak. 1837/1838 studiowało 30 osób na kursie doktorskim, 10 na magisterskim, 8 na farmacji, na położnictwie zaś 12 uczennic.

Na Imperatorskim Uniwersytecie w Wilnie studia na Wydziale Lekarskim trwały 5 lat. Istniał „teatr anatomiczny” – jednak prowizoryczny, bowiem ulokowany w oranżerii. Studiujący na czwartym i piątym roku „słuchają kursu kliniki (…) każdy bierze z obowiązku trzech chorych do leczenia, co stanowi jego eksamen kliniczny” (Jędrzej Śniadecki, Przedmowa do Dziennika Medycyny, Chirurgii i Farmacyi , przypis, 1830). Klinika składała się z trzech instytutów: medycznego, chirurgicznego i położniczego. W instytucie medycznym w dwu salach lokowano odrębnie mężczyzn i kobiety (po 6 łóżek). Obchód profesora organizowano rano i wieczorem – po obchodzie profesor przyjmował pacjentów w przedpokoju, z udziałem studentów. Jak podawał Śniadecki, na ciele zmarłego w klinice przeprowadzano sekcję „w przytomności professora i uczniów, a historia sekcyi przyłącza się do historyi choroby (…). Historye chorób przez uczniów ułożone, a przejrzane przez professora lub jego adjunkta, wpisują się w osobny protokół, który jest własnością szkoły klinicznej i najlepszą jej historyą”. Układ pracy w instytucie chirurgicznym był podobny, z tym, że działał „osobny gabinet, w którym się robią operacye”. W instytucie położniczym udział w porodach miała akuszerka, czterech studentów IV roku oraz student V roku, który zapisywał „historyę połogu”.

Rozkwit medycyny i polonizacja Uniwersytetu Jagiellońskiego sprawiły, że w roku ak. 1886/1887 studiowało na Wydziale Lekarskim 401 osób. Nauczało 11 profesorów zwyczajnych, 4 nadzwyczajnych, 13 docentów, 14 asystentów i 2 demonstratorów. W latach 1890-1900 habilitowało się 21 medyków. Przystąpiono do rozbudowy klinik uniwersyteckich oraz gmachu Collegium Medicum (1885), w którym pomieszczono zakłady teoretyczne i sale wykładowe. 