W epoce zaborów ziemie polskie znalazły się w ramach trzech odmiennych ustrojów państwowych. Odmienność ta przekładała się także na różnice wyznaniowe. Uniwersytety niemieckie wobec wpływów protestantyzmu przyjęły zasadę rozdziału uniwersyteckich studiów teologicznych od kształcenia seminaryjnego duchownych. Studia more laicorum (na sposób laicki) łączyły studentów teologii z ogółem studiujących. Pozostawiały możliwość wyboru dalszej drogi życiowej. O ile w seminariach duchownych wszyscy kształcili się jak klerycy, mieszkając i żywiąc się według wzoru klasztornego, o tyle życie studenckie w XIX wieku przybierało w coraz większym stopniu model towarzysko-korporacyjny. Odwołując się do postanowień Soboru Trydenckiego, papież Pius VII w brewe z 10 sierpnia 1819 roku krytykował model studiów teologicznych, zakładający, że dopiero absolwenci studiów teologicznych podejmują decyzję o przystąpieniu do stanu duchownego, studiując przez kolejny rok w seminarium duchownym. W uniwersytetach Cesarstwa Austrii, w tym w Krakowie i Lwowie, przyjmowano początkowo, że seminarium duchowne zalicza się do struktury zakładów uniwersyteckich i pełni rolę propedeutyczną wobec fakultetu teologii. Wymagano więc od kandydatów na studia teologiczne albo kapłaństwa czy bycia zakonnikiem, albo też uprzednich studiów w seminarium duchownym. Doktryna zwana józefinizmem zakładała konieczność kształcenia i wychowania duchownych w imię lojalności wobec panującej dynastii i państwa. Według reskryptu cesarskiego z 11 grudnia 1841 roku głównym celem studiów teologicznych było „wychowanie dobrych duszpasterzy”. Bardziej utalentowanych miano kształcić indywidualnie. Konkordat Cesarstwa Austrii ze Stolicą Apostolską z 25 września 1855 roku usankcjonował podległość profesorów teologii biskupom diecezjalnym – we Lwowie z obu obrządków: łacińskiego i greckokatolickiego. Jedynie wykłady teologii pastoralnej, katechetyki i retoryki prowadzono rozdzielnie.

Mimo iż Cesarstwo Austrii było wielowyznaniowe, Kościół rzymskokatolicki miał w nim dominującą pozycję. Odmienna była sytuacja tego Kościoła w Cesarstwie Rosyjskim, związanym ściśle z Cerkwią Prawosławną. W Rosji władze powołały już w 1801 roku – bez zgody Stolicy Apostolskiej – Kolegium Duchowne Rzymsko-Katolickie w Petersburgu. Kolegium powstało w miejsce rządowego departamentu spraw rzymskokatolickich. Składało się z dobranych przez władze kilku hierarchów, którym przewodniczył arcybiskup archidiecezji mohylewskiej. Kolegium wypełniało funkcję naczelnego konsystorza, orzekało w sprawach nieważności małżeństw i rozpatrywało skargi na biskupów. Przedstawiało też do zatwierdzenia przez cara kandydatów na wyższe urzędy kościelne. Od początku 1823 roku zawiadywało kapitałem utworzonym na potrzeby kościołów i klasztorów w Cesarstwie. Kapitał powstał z konfiskat dóbr klasztornych oraz z przymusowych składek narzuconych duchownym. Ks. Aleksy Petrani (Kolegium Duchowne w Petersburgu 1950) wskazuje, iż zwłaszcza po 1855 roku: „Była to, jak złośliwie określił biskup Borowski, <rękawiczka, którą się osłaniała ręka rządowa>, mająca dotknąć się spraw Kościoła”.

Kolegium petersburskiemu podporządkowano m.in. Seminarium Główne w Wilnie (ukaz z 18 VII 1803), wyjęte spod jurysdykcji miejscowego biskupa. Seminarium to kształciło także kleryków unickich. Alumni seminaryjni mogli podjąć uzupełniające studia na Wydziale Nauk Moralnych i Politycznych Imperatorskiego Uniwersytetu Wileńskiego. Na tym Wydziale dominowali profesorowie nauk teologicznych. W wyniku represji po powstaniu listopadowym car Mikołaj I polecił – zamykając uniwersytet (ukaz z 1 V 1832) – zastąpić Seminarium Główne i sekcję teologiczną uniwersytetu Akademią Duchowną w Wilnie. Ta działała na mocy ustawy z 1 lipca 1833 roku. Jej rektorem był (do 1839) ks. Alojzy Osiński. Kształcono w tej akademii 40 kleryków z etatu rządowego. Trzyletni kurs prowadziło siedmiu profesorów i czterech adiunktów. Akademia zarządzała seminarium diecezjalnym wileńskim. W roku 1842 przeniesiono Akademię Duchowną z Wilna do Petersburga. Ukaz carski w tej sprawie ukazał się dopiero 24 października 1844 roku. Tym samym w większym stopniu władze carskie mogły kontrolować kształcenie duchownych wyznania rzymskokatolickiego w Rosji.

W ramach początkowo autonomicznego Królestwa Polskiego Kościół rzymskokatolicki dominował, ale jako instytucja patriotyczna był przez władze rosyjskie traktowany z najwyższym stopniem nieufności. Po stronie Kościoła też występowała nieufność, nawet wobec studiów teologicznych na Uniwersytecie Królewsko-Warszawskim. Obawiano się, że władze rosyjskie będą kontrolowały dobór i kształcenie przyszłych hierarchów Kościoła. Z kolei kontakty studentów teologii z pozostałymi studentami i narastające nastroje patriotyczne doprowadziły do zastąpienia Wydziału Teologicznego (dekret z 11/23/ XI 1823) Seminarium Głównym. Profesorowie seminarium nadal byli liczeni do etatu uniwersytetu, ale studiujących kleryków izolowano od kontaktów z pozostałymi studentami. Etat Seminarium Głównego (103.800 złp) pokrywały władze Królestwa Polskiego. Seminarium, uruchomione w pełni od września 1825 roku, przetrwało likwidację uniwersytetu w ramach represji po powstaniu listopadowym. W miejsce Seminarium Głównego w Warszawie powołano (ukaz z 4 /16/ X 1835) Rzymsko-Katolicką Akademię Duchowną.

Władze carskie łącząc politykę oświatową i wyznaniową – co było już tradycją od reform absolutyzmu oświeconego – preferowały wyodrębnienie szkół wyższych typu zawodowego na niekorzyść całości jaką był uniwersytet. Uniwersyteckie fakultety teologiczne dopuszczały do studiów także osoby świeckie. Odwoływały się do systemu wartości wynikającego z etyki chrześcijańskiej, ale i z tradycji akademickiej. Seminaria główne i wyrosłe z nich akademie duchowne kształciły limitowaną liczbę kleryków (liczba absolwentów corocznie oscylowała w każdym ośrodku wokół dziesięciu) – na potrzeby imperialnej władzy i na jej koszt. Kościół rzymskokatolicki aprobował ten stan rzeczy pod presją, choć część hierarchów, nie mających pełnego wykształcenia teologicznego zdobytego na uniwersytecie (kończyli najczęściej uczelnie papieskie), traktowała wykształconych teologów nieufnie. Kościół w ograniczonym stopniu wpływał na funkcjonowanie wewnętrzne wydziałów teologicznych – korzystał jedynie ze zwierzchnich uprawnień kanclerskich oraz prawa udzielania misji kanonicznej profesorom teologii. 