Powstanie systemu płac pracowników nauki świadczyło o oficjalnym odrzuceniu prymatu uczonych – profesorów. Pojawiła się forsowana przez kręgi władzy, widoczna już przed wojną, kategoria zbiorowa „pracownicy nauki”. Z niej wynikało, że istotą pracy naukowej stało się zakotwiczenie instytucjonalne w formie etatu. Profesorów łączono niegdyś z katedrą, zaś pracowników nauki – z zatrudniającą ich instytucją nauki, a jako zbiorowość – z ogółem zatrudnionych w trzech „pionach” nauki. Zarobki instytucjonalne nie stanowiły już, jak dawniej, „honorarium”, lecz ekwiwalent płacowy za dyspozycyjność etatową. Maurycy Jaroszyński wskazywał („Prawo pracowników naukowych” 1967), iż: „Byłoby może przesadą powiedzieć, że aktualnie obowiązują dwa systemy uposażeń, a mianowicie jeden, stosowany w szkolnictwie wyższym i w Akademii Nauk, a drugi – w instytutach naukowo-badawczych. Jest to w istocie rzeczy raczej jeden system, lecz dopuszczający rozmaite warianty, i to niekoniecznie zależne od pionu organizacyjnego nauki, w którym znajduje się jednostka organizacyjna zatrudniająca pracownika”.

Uposażenie składało się z dwóch części: uposażenia zasadniczego powiązanego z rodzajem stanowiska zajmowanego przez pracownika naukowego, a także z dodatków: za kierownictwo, za wysługę lat, za pracę w warunkach szkodliwych dla zdrowia, za stopnie naukowe. W ramach interpretacji zakresu pojęć wprowadzono (pismo okólne sekretarza naukowego PAN z 19 maja 1961 roku) tezę: „Za uposażenie zasadnicze należy uważać uposażenie podstawowe z dodatkiem za wysługę lat i dodatkiem za stopień naukowy”. Były też dodatki specjalne w uczelniach i placówkach PAN oraz nagrody – w instytutach naukowo-badawczych. Jaroszyński podkreślał, iż dodatki specjalne oraz nagrody miały – w granicach „widełek” – charakter uznaniowy. Oceniał, że „potęgują one zależność pracowników, niezupełnie zgodną z typem pracy naukowej. Nie tyle chodzi o faktyczną zależność, przejawiającą się w przyznawaniu dodatków (nagrody stały się również dodatkami), ile o klimat, jaki ten system wytwarza w instytucjach naukowych. Równocześnie dyskrecjonalny charakter dodatków czyni szczególnie trudną rolę przełożonych (…) ścisłe różnicowanie pracowników «według zasługi» jest w pracy naukowej szczególnie trudne, jeżeli w ogóle możliwe (…) najpewniejszym kryterium oceny są wyniki pracy naukowej, a te każą nieraz bardzo długo na siebie czekać bez żadnej winy pracownika, toteż dodatki przyznaje się, nie czekając na wyniki”. Wadliwe były też inne elementy płac – z nagród „w praktyce korzystają (…) wszyscy pracownicy naukowi, wskutek czego nagroda staje się de facto mniej lub więcej stałym dodatkiem do uposażenia, podobnie jak premia w zakładach produkcyjnych”. Wadą systemu uposażeń, ukształtowanego w 1961 roku, była nadal „niedostateczna wysokość uposażeń pracowników samodzielnych” (docenci, profesorowie nadzwyczajni i zwyczajni). Podobnie wadliwe były dodatki za wysługę lat, uruchamiane jedynie w ciągu 15 lat zatrudnienia – maksymalnie do 15%.

Ogólne ramy systemu płac pracowników nauki tworzyła ustawa z 4 lutego 1949 roku o uposażeniu pracowników państwowych, która obok pracowników państwowej służby cywilnej umieszczała profesorów i etatowych docentów, pomocnicze siły naukowe oraz pomocniczych pracowników naukowo-technicznych – zatrudnionych w państwowych szkołach wyższych. W drodze rozporządzeń Rady Ministrów określano: tabele stanowisk służbowych i grupy zasadniczego uposażenia dla poszczególnych stanowisk, zasady zaszeregowania do tych grup oraz kwoty miesięcznego uposażenia zasadniczego dla poszczególnych grup. Za przeprowadzenie egzaminów i za oceny prac magisterskich, doktorskich oraz habilitacyjnych przysługiwało „osobne wynagrodzenie”.

Na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z 22 września 1956 roku w sprawie uposażenia pracowników naukowych i dydaktycznych zatrudnionych w szkołach wyższych oraz w Polskiej Akademii Nauk i jej placówkach naukowych wprowadzono stawki uposażenia zasadniczego: profesora zwyczajnego w kwocie 4350 zł, profesora nadzwyczajnego 3600 zł, docenta 3000 zł, adiunkta 2030 zł, starszego asystenta 1600 zł, asystenta 1100 zł lub 1340 zł (po dwóch latach pracy). Pozostałym pracownikom naukowym przypisywano grupy uposażenia i odpowiednie stawki. Zastępcy profesora mieli pierwszą grupę – 2100 zł. Ustalano też kwotowo wysokość uposażenia zasadniczego. Dodatki specjalne nie podlegały podatkowi od wynagrodzeń. W piśmie okólnym Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego z 23 listopada 1956 roku wyjaśniano: „tytuł zastępcy profesora nie ma charakteru tytułu naukowego, lecz charakter tytułu służbowego związanego ze stanowiskiem”. Pismo z 12 kwietnia 1957 roku wyjaśniało, iż grupy uposażenia pracowników nauki, wprowadzone rozporządzeniem RM z 19 lutego 1949 roku, uchyliło rozporządzenie RM z 28 sierpnia 1954 roku, wprowadzające „zasadę uzależnienia wysokości uposażenia pracowników nauki od posiadanego tytułu naukowego, a nie od posiadanej grupy” uposażeniowej. Z kolei rozporządzenie RM z 22 września 1956 roku ograniczyło dodatek za wysługę lat „do samodzielnych pracowników nauki dla stworzenia w ten sposób bodźców do podnoszenia kwalifikacji przez pomocniczych pracowników nauki”.

Stosownie do uchwały Prezydium Rządu z 31 lipca 1956 roku, pracownicy nauki oraz zastępcy profesora byli pracownikami o nienormowanym czasie pracy. W przypisie do zarządzenia ministra szkolnictwa wyższego z 23 września 1957 roku w sprawie wymiaru zajęć pracowników nauki i osób pełniących ich funkcje, zatrudnionych w szkołach wyższych podległych temu ministrowi, wyjaśniano, iż limity pensum „nie mają nic wspólnego z ustalaniem obowiązkowego czasu pracy w ogóle ani nie określają czasu pracy zużytego na wykłady i ćwiczenia (…) limity te określają liczby jednostek lekcyjnych nazywanych godzinami”. Podstawowym limitem dla samodzielnych pracowników nauki i zastępców profesora było „nie więcej niż 210 godzin wykładów i ćwiczeń rocznie”, z tym że dla członków PAN, Prezydium Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego i Centralnej Komisji Kwalifikacyjnej – 180 godzin. Wszystko „w ramach uposażenia zasadniczego”. W zarządzeniu wskazywano, iż „kierownik katedry winien dążyć do równomiernego rozłożenia ćwiczeń i innych zajęć praktycznych, aby uniknąć przydzielania ponadwymiarowych i zleconych godzin”. Do tego stwierdzano: „Zajęcia dydaktyczno-wychowawcze oraz zajęcia organizacyjne winny być przydzielone w takich rozmiarach, aby zapewniały pracownikowi nauki warunki do prowadzenia pracy naukowej”. Pomocniczy pracownicy nauki mieli limit w postaci „przeciętnie 1500 godzin pracy łącznie” w roku, w tym „nie więcej niż 220 godzin ćwiczeń i wykładów rocznie”, a nie więcej niż 280 godzin – jeżeli były to ćwiczenia pozaaudytoryjne. Ćwiczenia audytoryjne polegały na (wyjaśniano w piśmie okólnym MSzW z 16 stycznia 1958 roku) „kierowaniu dyskusją grupy studentów i jej podsumowaniu”. Według zarządzenia MSzW z 23 września 1957 roku wykładowców oraz prowadzących ćwiczenia z wynagrodzeniem ryczałtowym obowiązywało „przeciętnie 600 godzin”, w tym „nie więcej niż 200 godzin” wykładów lub ćwiczeń. W razie przekroczenia limitów przysługiwało „uzupełniające wynagrodzenie dodatkowe”, podobnie – z tytułu „kierowania pracą naukową” więcej niż dwóch osób przygotowujących prace kandydackie. 