Dekretem cara Mikołaja I z 4 (16) października 1835 powołano „w miejsce dotąd istniejącego w Warszawie Seminaryum Głównego” – Rzymsko-Katolicką Akademię Duchowną. Na mocy „Ustawy dla Warszawskiej Rzymsko-Katolickiej Akademii Duchownej”, czyli statutu uczelni uchwalonego 13 (25) lipca 1836 roku przez Radę Administracyjną Królestwa Polskiego, Akademia miała kształcić duchownych „do obowiązków Rzymsko-Katolickiej Hierarchii w Królestwie Polskim, wymagających wyższego udoskonalenia naukowego”.

Zajęcia w Akademii inaugurowano dopiero po erygowaniu jej przez papieża Grzegorza XVI – 9 lutego 1837 roku. Odbierając od profesorów Akademii professionis fidei, arcybiskup warszawski Stanisław Kostka Lubicz Choromański zaznaczał: „Niewiadomość, i nieumiejętność kapłanów zawsze była i jest hańbą dla nich samych, zgorszeniem dla pobożnych, zgubą dla ludu, a pośmiewiskiem dla niewiernych”. Akademia miała temu zapobiec, zwłaszcza że „nowoczesna filozofia hańbi Narody, podkopuje Religię”. Mowa inauguracyjna pełna była zwrotów wiernopoddańczych, podobnie jak mowa rektora, ks. Wojciecha hr. Ossolińskiego. Ten deklarował: będziemy „z poświęceniem się służyć NAJJAŚNIEJSZEMU MONARSZE oddając co jest Cesarskiego Cesarzowi”. Klerycy, zapowiadano, mieli studiować w Akademii „bez zetknięcia się z skażonem towarzystwem, i bez rozproszenia raz w Seminaryum skupionego ducha”. Rektor wskazywał: „przy wykładzie przedmiotów Religijnych sumiennie pilnować się będziemy nauki i wyroków Świętego Katolickiego Kościoła”.

Zgodnie z ustawą (statutem), kształcono „na koszcie Rządowym” 40 kleryków z seminariów duchownych, dobranych „we względzie moralnym i naukowym”. Biskupi diecezjalni mogli wskazać dodatkowych – „na koszt prywatny”. Przyjmowano też kleryków ze zgromadzeń zakonnych – ci nie mieli obowiązku zamieszkania na terenie Akademii. Przewidziano etaty profesorów nauk teologicznych (7), „nauk pomocniczych” (4), lektorów (2) oraz prowizora zajmującego się gospodarką. W pierwszym składzie Akademii wszyscy wywodzili się ze stanu duchownego – wśród 11 powołanych występowało dwóch z tytułem zastępcy profesora, a dwóch kolejnych – lektora. Wicerektorem był mianowany inspektor, mający do pomocy oficjalnie wyznaczonego spowiednika. Władzy kolegialnej, nazwanej Zwierzchnością Akademii, przewodniczył z urzędu Arcybiskup warszawski. Czynnik świecki reprezentował członek Rady Wychowania Publicznego delegowany przez dyrektora Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych, Duchownych i Oświecenia Publicznego. Do Rady Akademii wchodzili: rektor, wicerektor oraz trzej dobrani profesorowie nauk teologicznych. Czynności pomocnicze wykonywali etatowi kanceliści. Przedmioty teologiczne – z wyjątkiem teologii pastoralnej i homiletyki – wykładano w języku łacińskim. Powołano statutowo 11 katedr. Profesor literatury rosyjskiej oraz lektorzy języków francuskiego i niemieckiego mogli być osobami świeckimi. Uwzględniając realia stwierdzano w statucie: „Przy innych równych kwalifikacyach, w wyborze na Professorów pierwszeństwo służy osobom mającym stopnie naukowe (…). Do wyboru Professorów Zwierzchność Akademii przystępuje na zasadzie wiadomości pewnych, o ich nauce, zdatności i moralności”. Osoby o niepełnych kwalifikacjach naukowych były zatrudniane z tytułem zastępcy profesora bądź adiunkta. Kurs nauk był czteroletni, możliwe było przedłużenie studiów o kolejny rok „dla uzupełnienia wiadomości”, o czym decydował właściwy biskup, do którego diecezji miał trafić dany alumn.

Statutowo przewidywano też inne odstępstwa od wymogów akademickich. Profesorowie i lektorzy „przed otwarciem kursu składają Rektorowi prospekta, czyli programmata wymieniające (…) 1. Tę część nauki, które w ciągu roku dawać mają. 2. Czas trwania i ukończenia wykładu każdej części głównej. 3. Których autorów trzymać się mają zamiar, i zkąd będą czerpać pomoce naukowe, dla siebie i uczniów”. Prospekty musiały być zatwierdzone przez Zwierzchność Akademii i dyrektora prezydującego Radzie Wychowania Publicznego. Rektor miał obowiązek wizytowania zajęć oraz „domowych zatrudnień” kleryków. Czuwał, „aby Professorowie i Lektorowie Akademii trzymali się porządnego i z dobrym duchem zgodnego sposobu uczenia”. Był też obecny przy egzaminach: szczegółowych (półrocznych), ogólnych (rocznych) oraz „całokursowych”. Księga egzaminów rocznych zawierała – obok stopni (celujący, dostateczny, mierny) – „rzetelną opinię o zachowaniu się, obyczajach i bogobojności każdego”. Wicerektor sprawował „zarząd obyczajowy”: „1. Aby zatrudnienia Alumnów odbywały się podług rozkładu godzin, który Rada Akademii na początku każdego roku naukowego ułoży. 2. Aby modlitwy i inne ćwiczenia duchowne odbywały się w czasie na to przeznaczonym. 3. Aby w postępowaniu, a nawet w samem odzieniu Alumnów była ściśle zachowana przystojność. 4. Aby w mieszkaniach Alumnów nie miały miejsca żadne nieprzyzwoite zabawy, ani rozmowy, a szczególnie czytanie książek niewłaściwych ich powołaniu i w ogólności szkodliwych. 5. Aby Alumni bez pozwolenia Rektora nie wychodzili z domu Akademii i bez szczególnej potrzeby, oraz bez zezwolenia jego nie przyjmowali u siebie osób obcych”.

Po śmierci rektora, arcybiskupa Choromańskiego, stolica warszawska była nieobsadzona w latach 1838-1857. Władze zaborcze dążyły do unifikacji: połączenia arcybiskupstw petersburskiego i warszawskiego. Sprzeciwił się temu skutecznie papież Grzegorz XVI, co usankcjonował konkordat Rosji ze Stolicą Apostolską (1847), wypowiedziany 15 listopada 1866 roku po exposé papieża Piusa IX na temat prześladowania Kościoła rzymskokatolickiego w granicach Rosji. W epoce represji popowstaniowych zlikwidowano Akademię Duchowną w Warszawie w roku 1867 – powiększając etat Akademii Duchownej w Petersburgu z 40 do 60 kleryków. Na budowę jej nowego gmachu wydano 400 tys. rubli w złocie – etat roczny na kształcenie kleryków wynosił 52 900 rb.

Akademie Duchowne kierowały się XVI-wiecznymi wzorcami Ratio studiorum. W wieku XIX był to anachronizm. Nie wystarczały humanistyczne dodatki do nauk teologicznych. Najbardziej jednak ciążyło instytucjonalne i personalne zniewolenie ze strony zbiurokratyzowanej władzy imperialnej, powiązanej z podległym jej innym kościołem – cerkwią prawosławną. 