Akademicki ład korporacyjny panujący w „świątyniach nauki” obalony został na przełomie XIX/XX wieku przez wtargnięcie ideologii i polityki. Terenem walk było środowisko studenckie. Agresywną propagandą socjalizmu, a z przeciwnej strony – nacjonalizmu, zajmowali się w Krakowie i Lwowie przybysze ze zniewolonego zaboru rosyjskiego. W Czytelni Akademickiej UJ, opanowanej dzięki pomocy Senatu przez konserwatystów (1884), doszło do zastoju organizacyjnego. Zwolennicy radykalizmu sięgnęli po drogę prawną i po pięcioletnich staraniach uzyskali decyzję wiedeńskiego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (pismo z 9 V 1889), stwierdzającą bezzasadność zrzeczenia się przez Senat UJ kurateli nad dawną Czytelnią. W efekcie nową Czytelnię rozwiązano, a w „starej-nowej” doszli do władzy zwolennicy socjalizmu, co spowodowało rozwiązanie jej przez Namiestnictwo (15 II 1890). Studenci nastawieni konserwatywnie wznowili „Przegląd Akademicki” oraz powołali (18 II 1890) kolejną, statutowo nową Czytelnię Akademicką. Senat UJ wprowadził wobec studentów zakaz członkostwa w partiach robotniczych. W wyborach do władz Czytelni dzięki blokowaniu głosów zwyciężyli zwolennicy socjalizmu (1894), co doprowadziło do unieważnienia wyborów przez kuratora i kolejnego rozwiązania Czytelni Akademickiej przez Senat UJ.

Podobną taktykę opanowywania władz przez blokowanie głosów zastosowała lewica w wyborach do Bratniaka (TWPUUJ) w listopadzie 1895 roku. Wykorzystano w propagandzie sprawę wysokich opłat egzaminacyjnych oraz zarządzeń dyscyplinarnych. Oburzano się na tezę J.M. Rektora UJ Feliksa Kreutza, iż studenci winni się zająć wyłącznie nauką. Podczas wiecu (3 XI 1896) część studentów odśpiewała Czerwony Sztandar . Poza kontrolą Senatu UJ zaczęło działać w formie kółek politycznych Stowarzyszenie Kształcącej się Młodzieży Postępowej. Kontynuacją zdelegalizowanego Stowarzyszenia (12 VI 1900) było ugrupowanie „Ruch”, a następnie (od 23 XI 1904) Stowarzyszenie Polskiej Młodzieży Postępowej „Spójnia”, mające oparcie w międzynarodowym Związku Stowarzyszeń Polskiej Młodzieży Postępowej. Przeciwstawnie działało narodowodemokratyczne Zjednoczenie Polskich Organizacji Studenckich. Czytelnię Akademicką UJ zdominowali ludowcy.

Wzrost nastrojów nacjonalistycznych, uzasadniony wobec braku niepodległego państwa, doprowadził do secesji w „Spójni” – powstał (1910) konkurencyjny „Promień”. Zmiany i rozłamy docierały też do organizacji samopomocowych i naukowych. Jak ustalił Jerzy Reizes-Dzieduszycki (2005), Biblioteka Słuchaczów Medycyny Wszechnicy Lwowskiej ewoluowała od formuły („Sprawozdanie” za rok ak. 1907/1908) „humanitarnej instytucji udzielającej pomocy wszystkim kolegom medykom, bez względu na narodowość i przekonania polityczne” do statusu „towarzystwa polskiego”, które „ma jak dotąd skupiać kolegów wszystkich narodowości, bez różnicy wyznań i przekonań i służyć celom tylko humanitarno-naukowym” („Sprawozdanie” za rok ak. 1909/1910). W znowelizowanym statucie pojawił się zapis: „Językiem urzędowym towarzystwa jest język polski”. Mimo zasadności tej ewolucji w ciągu dwóch lat upadł ład korporacyjny, a studenci Żydzi i Ukraińcy powołali własne Biblioteki.

Odzyskanie niepodległości i powstanie wielonarodowej II Rzeczypospolitej Polskiej przyniosło zmiany w pojmowaniu abstrakcyjnej idei Rzeczypospolitej Akademickiej. Tę odnoszono ówcześnie już tylko do społeczności studenckiej, określanej mianem civitas academica. Nie była to korporacja, lecz zróżnicowane struktury organizacyjne. Pojawiła się też nadbudowa organizacyjna. Na Zjeździe Młodzieży Akademickiej (Warszawa, 16–18 II 1920) powołano Związek Narodowy Polskiej Młodzieży Akademickiej, jako krajowe dopełnienie struktur Confederation Internationale des Etudiants. Płaszczyzna „narodowa” w realiach polskiego państwa wielonarodowego musiała rodzić konflikty. Nauczanie akademickie w szkołach państwowych i prywatnych odbywało się w języku polskim, skład profesury też był polski, promowano w uczelniach twórczość w ramach polskiej kultury narodowej.

Związek Narodowy PMA uformował się jako konfederacja związków Bratniej Pomocy, kół naukowych, korporacji, kół prowincjonalnych i organizacji sportowych. Wedle założenia miał reprezentować wszystkich studentów, nawet niezrzeszonych („dzikich”). Jego ciało uchwałodawcze – Zjazd Ogólny, zbierający się co dwa lata, składał się z delegatów wybieranych w szkołach akademickich według pięcioprzymiotnikowego prawa wyborczego. Egzekutywa – Naczelny Komitet Akademicki, składał się z siedmiu członków wybieranych przez zjazd oraz z wirylistów – prezesów i wiceprezesów Bratniej Pomocy, prezesów kół naukowych, korporacji, kół prowincjonalnych i Centrali Związków Sportowych. Władzą lokalną Związku Narodowego były Miejscowe Komitety Akademickie.

W Związku Narodowym już od II Zjazdu (Wilno, 17–20 XII 1921) zwyciężyła polska orientacja narodowa. Następstwem były wnioski zmierzające do wykluczenia studentów wyznania mojżeszowego lub studentów-komunistów, na co miały wpływ zdarzenia z okresu wojny polsko-bolszewickiej. O politycznym traktowaniu spraw narodowościowych świadczy, widoczne zwłaszcza w szczególnych warunkach wileńskich, podjęcie uchwały przez Walne Zgromadzenie Bratniej Pomocy Polskiej Młodzieży Akademickiej USB (1922), by przyjąć w poczet członków BP także Białorusinów, Litwinów, Rosjan i Tatarów, ponieważ te nacje nie powołały odrębnych organizacji samopomocowych. W efekcie powołano w USB odrębne: Stowarzyszenie Wzajemnej Pomocy Studentów Żydów oraz Akademicką Kasę Pożyczkowo-Stypendialną Medyków Żydów, a także Koła Naukowe Studentów Żydów: Akademickie Koło Prawników, Koło Przyrodników, Koło Chemików, Koło Rolników, Stowarzyszenie Medyków, Akademickie Koło Farmaceutów, Koło Humanistów, a nawet Żydowski Akademicki Klub Sportowy. Podczas obrad I Zjazdu żydowskiej młodzieży akademickiej (Lwów, 6–9 I 1923) powołano Związek Żydowskich Akademickich Stowarzyszeń w Polsce. Pół roku wcześniej powstała Profesijna Organizacja Ukraińskogo Studenstwa w Kraju. Zmiany te przeniosły się na szczebel związków Bratniej Pomocy, Kół Naukowych, Korporacji i Kół Prowincjonalnych, w których przyjmowano tzw. paragraf aryjski. 