Polityka wymuszonej modernizacji objęła od początku Bratnią Pomoc Studentów UJ. Na mocy uchwały Senatu zunifikowano BP (13 II 1945) – nie mogły wznowić działalności partykularne BP, działające przed wojną na UJ: Bratnia Pomoc Studentów Medycyny, Studentów Teologii oraz Stowarzyszenie Studentek „Jedność”. Senat uchylił tzw. paragraf aryjski w Statucie BP. Pod naciskiem Ministerstwa Oświaty (środkiem nacisku były subwencje ministerialne, stanowiące połowę wpływów BP) nie przeprowadzono wyborów do zunifikowanej BP. Skład Zarządu wyznaczył kurator BP, którym został delegat ministra do spraw opieki nad młodzieżą UJ. O przydziale miejsc w domach akademickich też decydował delegat ministra, Zarząd BP tylko opiniował wnioski. Podobny mechanizm zastosowano przy rozdziale stypendiów. Stan ten usankcjonowano w nowym Statucie BP (1947). Walne Zgromadzenie członków BP zebrało się po wojnie tylko raz, 15 maja 1947 roku. Upadła już wtedy działalność kulturalno-oświatowa BP: teatr, klub literacki, księgarnia akademicka i powielarnia. W publikowanym w roku ak. 1947/1948 „Informatorze Akademickim”, firmowanym przez BPSUJ, obok informacji socjalnych ukazywały się materiały informacyjne o organizacjach ideowo-politycznych. Podobnym zmianom uległa BP Stowarzyszenie Studentek i Studentów UP. Po wojnie nie zwoływano Zgromadzenia Ogólnego członków BP. W składzie zarządu znaleźli się tylko – i to z urzędu – kierownicy agend (działów). Absolutorium dla zarządu udzielała komisja rewizyjna wybierana przez przedstawicieli kół naukowych. Sąd koleżeński działał w Poznaniu tylko przez jedną kadencję. W 1948 roku BPUP zatrudniała 10 urzędników i 86 pracowników fizycznych (głównie przy wydawnictwach i w stołówce). Liczyła ogółem 8700 członków.

W czasie II konferencji akademickiej (16–17 XI 1946), gdy Rada Szkolnictwa Wyższego przedstawiła projekt powołania Naczelnego Komitetu Akademickiego, łączącego wszystkie stowarzyszenia i związki studenckie, przedstawiciele ZG ZMW RP „Wici” proponowali nadanie Bratnim Pomocom osobowości prawnej i formy spółdzielczej. BP miała być sfederowana w skali kraju. Był to ostatni projekt konstruktywny samopomocy studenckiej. W tezach rozdanych podczas konferencji określono BP jako organizacje wyłącznie samopomocowo-gospodarcze, ignorując ich rolę kulturotwórczą.

W połowie 1947 roku, gdy władze komunistyczne wywołały „planowy deficyt” w Bratniej Pomocy, pojawiły się wśród działaczy studenckich związków politycznych projekty narzucenia obligatoryjnego udziału studentów w BP, co było sprzeczne z prawem o stowarzyszeniach. Kolejnym pomysłem był projekt nałożenia na wszystkich studentów „obowiązkowych świadczeń pieniężnych” na rzecz BP. Gdy sprawa trafiła do Maurycego Jaroszyńskiego, ten przygotował projekt rozporządzenia ministra oświaty o studenckich stowarzyszeniach młodzieżowych (12 VI 1947, w miejsce rozporządzenia z 14 X 1937). Nadal wyłączano stowarzyszenia studenckie z mocy „Prawa o stowarzyszeniach”. Nadzór miał sprawować minister oświaty. W więcej niż jednej uczelni mogły działać tylko „stowarzyszenia ideowo-wychowawcze i sportowe”. W każdej uczelni miało działać tylko jedno „stowarzyszenie o charakterze samopomocowo-gospodarczym”. Tylko za zezwoleniem ministra mogła powstać Centrala Bratnich Pomocy oraz związki jednoimienne kół naukowych. Minister miał ustalić wzorcowe statuty stowarzyszeń studenckich, zatwierdzać sporządzone według nich statuty jednostkowe, rozwiązywać organy stowarzyszeń, zarządzać nowe wybory, zawieszać działalność, a nawet rozwiązywać stowarzyszenie lub związek stowarzyszeń.

Plany władz zmierzały jednak w kierunku likwidacji tej tradycyjnej struktury organizacyjnej – odległej od sowieckiej ideologii i odpowiednich wzorów organizacyjnych. Wbrew oczekiwaniom władz komunistycznych, studenci postrzegali działania samopomocowe jako jeden z tradycyjnych atrybutów akademickości. Na 6899 studentów Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu wpisanych na rok ak. 1946/1947 zapisało się do Bratniej Pomocy 6500. Zarząd Uczelniany BP wprowadził (uchwała z 30 III 1946) „jednolite czapki dla wszystkich członków”. Zgodnie z tradycją bratniacką były one ośmiokątne. Studiujący na uniwersytecie mieli przy czapce sznurek złoty, na politechnice zaś – srebrny. Do tego na poszczególnych wydziałach były odmienne barwy tasiemek i paseczków przy otoku. Noszenie takich czapek przed i po wojnie było powszechnie uznaną formą wyróżniania studenta w tłumie i miarą korporacyjnego koleżeństwa. Nobilitowało też studenta w otoczeniu.

Tak silnie ugruntowana w tradycji Bratnia Pomoc stała się w realiach komunistycznych przedmiotem ataków politycznych. Już 24 września 1945 roku, jak ustalił Bogdan Hildebrandt (1986), Wydział Akademicki Stałej Komisji Porozumiewawczej Organizacji Młodzieżowych skierował do ministra oświaty memoriał sugerujący represyjne zawieszanie zarządów uczelnianych BP – jeśli wykazywałyby wrogi stosunek do nowej władzy. Nakłaniano ówcześnie działaczy lewicowych organizacji studenckich do kandydowania do władz Bratniej Pomocy, byli oni inicjatorami powołania BP Uniwersytetu Łódzkiego. Oczekiwano, że pojawią się klasowe kryteria przyznawania pomocy stypendialnej (do 25% miano ograniczyć pomoc dla studentów pochodzących z rodzin inteligenckich). Rosło uzależnienie od dotacji państwowych – w roku 1948 aż 80% środków dostarczały Bratniakom instytucje państwowe i organizacje społeczne, co łączyło się z wymogiem kontroli wydatkowania przyznanych środków.

W ramach ogólnej polityki unifikacji struktur organizacyjnych i redukowania form samorządowych powołano w lutym 1947 roku Krajowy Komitet Koordynacyjny Polskich Organizacji Studenckich. Reprezentanci Bratniej Pomocy (26) mieli w Komitecie większość głosów. Jednak obok nich funkcjonowali delegaci studenckich organizacji politycznych, limitowanych przez władze. 23 marca 1947 roku zebrał się w Warszawie Komitet Organizacyjny Ogólnopolskiego Związku Bratnich Pomocy Słuchaczy Szkół Wyższych RP (Komitet działał od 18 listopada 1946 roku). Uchwalono projekt statutu i sposób powołania Tymczasowego Prezydium Związku. Przyjęto też rezolucję wzywającą do ujawnienia się studentów należących do nielegalnych organizacji. Z kolei 1 lutego 1948 roku powołano Federację Polskich Organizacji Studenckich – połowę jej składu we władzach stanowili delegaci organizacji politycznych, zjednoczonych (19 VII 1948) w Związek Akademicki Młodzieży Polskiej. Mariaż z organizacjami politycznymi doprowadził do utraty tożsamości przez Bratnią Pomoc. Wyrazem tego było relegowanie przez władze z Politechniki Gdańskiej kilku studentów – autorów broszury „25 lat Bratniej Pomocy”. 