Po odzyskaniu niepodległego państwa pojawiły się w Polsce zaczątki „nauki resortowej”. Dominowała w niej forma instytutu, diametralnie odmiennego od instytutu uczelnianego. Była to jednostka należąca do struktury resortu gospodarczego, stanowiąca własność państwa, a finansowanego w ramach budżetu danego ministerstwa. Placówki te generowały wysokie koszty instytucjonalne – ich działanie miało z założenia ukierunkowanie utylitarne i mieściło się bezpośrednio w ramach polityki rządowej. Były to formy odległe od standardów akademickich, chociaż na stanowiskach kierowniczych zatrudniano profesorów, dla których była to dodatkowa praca etatowa. Wśród nich wyróżniały się: Państwowy Instytut Geologiczny (1919), P. I. Meteorologiczny (1919), P. I. Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach oraz Państwowy Zakład Higieny. Dwa ostatnio wymienione zreformowano w 1927 roku poprzez skomasowanie placówek pokrewnych.

Państwowy Instytut Geologiczny otwarto 7 maja 1919 roku w tymczasowej siedzibie – Pałacu Staszica w Warszawie. Kierujący Instytutem (do 31 I 1937) Józef Morozewicz określił w przemowie inauguracyjnej utylitarne zadania, jednak zapowiedział, że PIG nie będzie rezygnował „z prac natury teoretycznej i ideowej”. Na mocy statutu (1921) powołano wydziały: Naftowo-Solny, Węglowy, Kruszcowy, Torfowy, Hydrogeologiczny, Chemiczny oraz Wydawniczo-Kartograficzny. Zatrudniały 41 pracowników. W roku 1924 uruchomiono Stacje Geologiczne w Dąbrowie Górniczej i Borysławiu. Na mocy nowego statutu (1927) powołano Konferencję PIG – organ opiniodawczy. W roku 1930, po przeprowadzce do własnego budynku przy ul. Rakowieckiej, utworzono Muzeum Geologiczne. W okresie kryzysu (1934) zatrudnienie zredukowano do 19 etatów. Na mocy dekretu Prezydenta RP z 31 marca 1938 roku podporządkowano PIG nowo powołanej Państwowej Radzie Geologicznej. W roku 1939 PIG składał się z 11 komórek organizacyjnych, dysponował budżetem w wysokości 1410 tys. zł i kwotą 815 tys. zł na prace wiertnicze i fizyczne. Działalność badawcza PIG odbiegała od akademickości – w latach 1919–1939 opublikowano jedynie 217 opracowań i komunikatów naukowych.

Państwowy Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego uruchomiono 20 października 1921 roku, na drodze przebudowy Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego (powołanego 26 IX 1917 przez władze okupacyjne c.k.). W statucie (1921) stwierdzano, że Instytut „jest zakładem państwowym badawczo-naukowym o charakterze akademickim i podlega Ministerstwu Rolnictwa i Dóbr Państwowych”. Miał prowadzić obok badań naukowych „pracę nad przystosowaniem zdobyczy naukowych do warunków przyrodniczych i ekonomicznych Państwa Polskiego”. Postanowiono, iż „władze Instytutu stanowią: 1) Rada Naukowa, 2) Dyrektor lub jego zastępca oraz kierownicy wydziałów, działów i poddziałów, którzy są urzędnikami państwowymi”. Do Rady włączano wymienionych „urzędników”, z tym, że kierownicy pododdziałów wybierali tylko reprezentanta. Dyrektora Instytutu mianował Prezydent RP – z grona kierowników wydziałów, na wniosek ministra „oparty na uchwale Rady Naukowej, na okres jednoroczny”. Gwarantowano, że „kierownicy wydziałów i działów mają zupełną swobodę w swoich pracach naukowych”. Personel pomocniczy dzielono na trzy kategorie: naukowy, urzędniczy oraz służbowy. Powoływano Kuratorium Instytutu „celem utrzymywania ścisłego związku ze sferami naukowymi, rolniczemi i społecznemi organizacjami rolniczemi”.

Model instytutu resortowego został zmodyfikowany w 1937 roku – położono nacisk na sprawozdawczość i uzgadnianie z właściwym ministerstwem programów prac badawczych. Dyrektorzy pochodzili już nie z wyboru, a z nominacji – powoływano ich na trzyletnią kadencję. W celu koordynacji prac powołano w instytutach resortowych rady wydziałowe. Obowiązywała formuła o „swobodzie w obieraniu systemu pracy naukowej”, co jednak nie było tożsame z dotychczasową swobodą wyboru tematyki badań. Do zarządzania majątkiem instytutów resortowych powoływano „administratorów”.

Zmiana ustroju i polityka forsownej industrializacji sprawiły, że powstało kilkaset „jednostek badawczo-rozwojowych”, preferowanych w dostępie do środków budżetowych oraz etatów. 