O tym, że Polska Akademia Nauk była od swego początku w pełni zbiurokratyzowana, świadczą akty wewnątrzorganizacyjne, stanowiące podstawę systemu podejmowania decyzji. Przepisy te nie były publikowane, należały do tzw. prawa powielaczowego. Zasadą naczelną działań administracyjnych było zachowanie tajemnicy, zgodnie z dekretem z 26 października 1949 roku o ochronie tajemnicy państwowej i służbowej. Potwierdzało to zarządzenie z 7 lutego 1953 roku w sprawie zabezpieczenia ochrony tajemnicy państwowej i służbowej w biurach Polskiej Akademii Nauk. Był to „zasadniczy obowiązek każdego pracownika (…), zarówno w czasie trwania stosunku służbowego, jak również po jego rozwiązaniu”. Funkcjonowała też kategoria spraw poufnych, do których zaliczano wiadomości i dokumenty, zawierające tajemnicę służbową, czyli „wszelkie sprawy, których treść winna być zachowana w tajemnicy za względu na dobro służby”. Wpływające z zewnątrz pisma opatrzone klauzulą tajności kierowano do Kancelarii Tajnej, prowadzącej „Dziennik pism tajnych”. Akta bieżące trzymano w szafie żelaznej, a akta spraw zakończonych w szafie pancernej. W zarządzeniu sekretarza naukowego PAN z 8 lutego 1960 roku wyjaśniano, że do spraw poufnych zalicza się „w szczególności: a/ wnioski w sprawach osobowych do czasu podjęcia decyzji; b/ dochodzenie służbowe (dyscyplinarne); c/ zbiorcze plany i sprawozdania, o ile nie zostały zakwalifikowane jako tajne (…); d/ zamierzenia organizacyjne (…); e/ zeznania indywidualne uzyskane w wyniku spisów powszechnych i innych badań statystycznych; f/ zażalenia, skargi i doniesienia na działalność osób, urzędów i instytucji, o ile zawierają wiadomości o działalności noszącej cechy przestępstwa do czasu decyzji o ich ujawnieniu”. Uznanie sprawy za poufną leżało w gestii kierownika danej jednostki organizacyjnej.

Ustrojowa potrzeba niejawnej działalności łączyła się z niechęcią do publikowania materiałów sprawozdawczych, w tym materiałów statystycznych. Znalazło to odzwierciedlenie w uchwale Prezydium Rządu z 1 lipca 1952 roku w sprawie trybu zatwierdzania wewnętrznych prac statystyczno-sprawozdawczych. Zarządzenie sekretarza naukowego PAN z 31 grudnia 1956 roku blokowało możliwość „wprowadzania nielegalnej sprawozdawczości statystycznej na terenie PAN”. Formę sprawozdawczości ustalał Główny Urząd Statystyczny (GUS), a zgodę na jej prowadzenie wydawał każdorazowo sekretarz naukowy PAN. Pozostawiano jednak możliwość odrębnego zestawiania danych „jednorazowo na żądanie władz nadrzędnych lub organów kontroli”.

Podstawą funkcjonowania PAN była zasada zachowania dyscypliny budżetowej. Uchwały Rady Ministrów nakładały „sankcje karne za dokonywanie wydatków wykraczających poza ramy kredytów budżetowych otwartych w danej podziałce klasyfikacji budżetowej lub przekraczających roczne kwoty limitów inwestycyjnych”. Na administrację przeznaczono w 1955 roku 7,2 proc. budżetu PAN, a w 1957 – 4,8 proc. Na mocy zarządzenia sekretarza naukowego PAN z 15 września 1955 roku zmodyfikowano sprawozdania kwartalne jednostek budżetowych PAN, kierowane do Księgowości Centralnej. Sprawozdania te musiały być potwierdzone przez właściwy oddział Narodowego Banku Polskiego „najpóźniej w dniu 7 każdego miesiąca po skończonym kwartale”. Obok dochodów i wydatków należało wskazać „przyczyny niewykorzystanych kredytów”, „przekroczeń w poszczególnych paragrafach”, „odchyleń od założeń planowych” oraz „różnic między wydatkami a faktycznymi kosztami”. Instrukcja w sprawie trybu przyznawania dodatków specjalnych, wprowadzona zarządzeniem sekretarza naukowego PAN z 10 czerwca 1957 roku, przypominała, że „odpowiedzialność za naruszenie dyscypliny płac w zakresie przyznania dodatków specjalnych ponosi kierownik placówki naukowej i jej główny księgowy”. Kwota na te dodatki mogła być powiększona z puli przeznaczonej na etaty o „wygospodarowane oszczędności w danym roku kalendarzowym”. Obowiązywały przy tym kwartalne sprawozdania z gospodarki etatami i funduszem płac (decyzja GUS z 17 VI 1957), wprowadzone w miejsce kwartalnych sprawozdań z niewykorzystanych etatów, średnich płac, dodatków oraz z funduszu płac. Głównym księgowym PAN był naczelnik Oddziału Centralnej Księgowości w Biurze Finansowym PAN.

Obok dyscypliny finansowej funkcjonowała dyscyplina pracy. Od 1 stycznia 1954 roku w wydziałach i biurach centrali PAN wprowadzono listy obecności i obowiązek pracy przez 7 godzin dziennie, (co nie dotyczyło samodzielnych pracowników nauki). Na warunkach nieodpłatności pomocniczy pracownicy nauki zatrudnieni jako urzędnicy mogli uzyskać od sekretarza naukowego PAN „zwolnienie dla wykonywania własnej pracy naukowej w ściśle określonych godzinach”. Przebieg i zwrot kosztów „delegacji” (to przydział do innej instytucji z zachowaniem „zależności osobowej od dawnego zwierzchnika” mogący trwać do 6 miesięcy) oraz „podróży służbowej”, (która pozostawiała zależność „rzeczową i osobową” od „tej władzy, która podróż służbową zarządziła”) był szczegółowo regulowany. W przypadku zamiejscowych służbowych rozmów telefonicznych obowiązywała „treść rozmowy zwięzła, bez zbędnych słów”. Zarządzenie sekretarza naukowego PAN z 18 września 1957 roku w sprawie przestrzegania porządku i dyscypliny pracy w PAN przenosiło obowiązek sprawdzania list obecności pracowników z komórek personalnych na kierowników poszczególnych komórek organizacyjnych. Godziny pracy w placówkach PAN obejmowały czas od 8.30 do 15.30, a w Sekretariacie – od 9.00 do 16.00. Okólnik dyrektora administracyjnego PAN z 11 października 1955 roku w sprawie przebywania na terenie PKiN po godzinach służbowych formalizował i ograniczał takie sytuacje do minimum. Formalnie uchwała Sekretariatu Naukowego Prezydium PAN z 15 grudnia 1954 roku w sprawie ustalenia wymiaru zajęć obowiązkowych dla pomocniczych pracowników nauki w PAN przyjęła 42 godziny tygodniowo – z obowiązkiem „podpisywania listy obecności w zakładzie”. Do tego mogło się pojawić na polecenie kierownika placówki „wykonywanie pracy organizacyjno-naukowej w wymiarze do 8 godzin tygodniowo” (z możliwością okresowego przedłużenia). Ponawiane próby rozciągnięcia na pracowników naukowych placówek PAN zasady stałej obecności w godzinach pracy były blokowane dzięki przepisom regulującym normy metrażu przypadającego na jednego pracownika – takiej powierzchni PAN nie posiadała. Przyjęto więc formułę „dyżurów”, pracy w bibliotece, a nawet oficjalnego pobytu we własnym domu. 