Administracja PAN była ulokowana na każdym szczeblu decyzyjnym, miała strukturę hierarchiczną, zbliżoną – zgodnie z przypisanymi jej zadaniami – do ministerialnej. Podległa była sekretarzowi naukowemu PAN. Zgodnie z uchwałą Prezydium PAN z 24 maja 1952 roku, zatwierdzoną uchwałą Prezydium RM (z 15 VI 1953), powołano w Sekretariacie PAN sześć biur: Prezydialne, Kadr i Doskonalenia Kadr Naukowych, Organizacji i Planowania Badań Naukowych, Wydawnictw i Bibliotek, Towarzystw Naukowych i Popularyzacji Wiedzy, Administracyjne oraz Samodzielny Oddział Ochrony, a do tego działające jako jednostki centrali sekretariaty wydziałów naukowych. W połowie 1955 roku przeniesiono siedzibę Prezydium PAN i Sekretariatu z Pałacu Staszica do Pałacu Kultury i Nauki imienia Józefa Stalina (piętra XVI–XXVI), co wiązało się z luksusem nadmetrażu, ale i z wysokim komornym. Wobec narastania politycznej „odwilży”, w czasie sesji Zgromadzenia Ogólnego (11 i 12 VI 1956), Józef Chałasiński mógł wskazywać, że Prezydium PAN „zostało sprowadzone do roli organu przyjmującego do wiadomości uchwały i decyzje Sekretariatu. Członkowie Prezydium przemawiają i zwracają się do Sekretariatu jako do kierownictwa”. Leopold Infeld lapidarnie stwierdził, iż Prezydium PAN było „pieczątką gumową Sekretariatu”.

W odpowiedzi na odkrycie przez Infelda nadmiaru zatrudnienia w Sekretariacie PAN, Henryk Jabłoński ujawnił, że faktycznie pracuje w Sekretariacie 275 urzędników i osób z obsługi, a pozostali są to „pracownicy umieszczeni na listach płacy Centrali, a pracujący w placówkach naukowych”. Miało to związek z systemem płac urzędniczych – wyższych w Sekretariacie PAN. Kwestię tę skomentował Tadeusz Manteuffel: „Jest rzeczą niepojętą, niezrozumiałą i wręcz szkodliwą, że dopuszczono do jakiegoś dziwacznego rozwarstwienia Akademii na centralę i placówki”. Rozwarstwienie było konsekwencją przypisania Sekretariatowi uprawnień ministerialnych, czego publicznie nie wspominano.

W końcu 1956 roku przeprowadzono urealnienie lokacji etatów. W efekcie w Sekretariacie zmniejszono liczbę etatów z 391 do 294. Wobec narastającej krytyki biurokratyzacji PAN, zgodnie z zapowiedzią sekretarza naukowego, Henryka Jabłońskiego (sesja ZO, 11 I 1957), zredukowano na mocy uchwały Prezydium PAN z 29 marca 1957 roku liczbę biur do czterech: Prezydialnego, Komisji, Administracyjno-Gospodarczego, Finansowego. Jednak kolejne Biuro Wydawnictw powołano już uchwałą z 12 kwietnia 1958 roku.

Po likwidacji Państwowej Komisji Etatów i przeniesieniu jej uprawnień na kierownictwa poszczególnych resortów, sekretarz naukowy PAN wydał instrukcję (załącznik do zarządzenia z 11 X 1958) w sprawie stosowania tymczasowej tabeli stanowisk administracyjnych w placówkach naukowych samodzielnych pod względem budżetowym. Wskazywano, iż „punktem wyjścia zaszeregowania pracownika administracyjnego (…) jest ustalenie jego stanowiska służbowego (tytułu) w zależności od faktycznie wykonywanych czynności oraz zatwierdzonej dla placówki naukowej struktury organizacyjnej pionu administracyjnego”. Kierowano się też wymiarem „średniej miesięcznej płacy dla określonej ilości etatów administracyjnych”. Kwestie te leżały w kompetencji Oddziału Zatrudnienia i Płac Biura Finansowego. Głównym czynnikiem w polityce zatrudnienia był nadal „przydział etatów”. Już okólnik z 26 kwietnia 1954 roku w sprawie zawierania umów zlecenia wskazywał na naganne obchodzenie limitów etatowych poprzez zawieranie umów zlecenia „chociaż z treści stosunku prawnego wynika, iż są to w rzeczywistości umowy o pracę”. Ponowna rozbudowa administracji centrali PAN przeprowadzona została w marcu 1960 roku. 