W opublikowanym jesienią raporcie z kontroli finansowania nauki w latach 2009-2012 NIK poddała krytyce istniejący do niedawna system oceny jednostek naukowych. W składzie 75 proc. zespołów (w tym jednoosobowych) oceniających jednostki badawcze są osoby, które były jednocześnie pracownikami ocenianych przez siebie placówek. W 2009 r. 7 skontrolowanych przez NIK instytucji podało dane, które stawiały je w lepszym świetle, niż wynikałoby to z rzeczywistej sytuacji. W konsekwencji aż dwie trzecie polskich jednostek naukowych uzyskuje najwyższe kategorie.

Na tle światowej nauki efektywność polskich badaczy jest niewielka. W 2009 r. nasz kraj zajmował 32. miejsce w Europie pod względem liczby publikacji naukowych przypadających na milion mieszkańców. W tym samym roku Polska zgłosiła do Europejskiego Urzędu Patentowego 6,8 wynalazków na milion mieszkańców (Republika Czeska - 22,6, a będące w czołówce Niemcy - 294,5). W zbadanych pod tym względem przez NIK 17 instytutach i 4 uczelniach wskaźnik publikacji w międzynarodowych czasopismach oscyluje wokół 0,5 (wyróżnia się Instytut Problemów Jądrowych w Świerku ze wskaźnikiem 1,8). NIK trafiła na ośrodki, których pracownicy naukowi w ciągu ostatnich 5 lat nie opublikowali nic, a publikacje pracowników 3 instytutów naukowych w ogóle nie były cytowane.    

Zwraca uwagę niewielka liczba patentów zgłoszonych przez naukowców w latach 2009-2011. 3 skontrolowane ośrodki nie zgłosiły do urzędu patentowego ani jednego wynalazku. Na 13 jednostek, które uzyskały patenty, aż 7 nie wdrożyło żadnego z nich. Pozytywnie wyróżnia się Akademia Górniczo-Hutnicza, która w latach 2009 - 2011 zgłosiła 320 wynalazków, oraz Główny Instytut Górnictwa, który zgłosił ich 41. Większość jednostek naukowo-badawczych zbyt często sprowadzana jest do roli podmiotów udzielających certyfikatów lub homologacji rozwiązaniom zagranicznym.