Towarzystwo zawiązano 16 grudnia 1875 roku – pod obcym, niemieckim panowaniem. W sali hotelu Pod Trzema Koronami zebrało się grono założycieli TNT, liczące około 50 osób. Statutowym celem Towarzystwa było „zbieranie i przechowywanie wszelkich pamiątek i zabytków krajowych (…) do przeszłości Ziem Pruskich się odnoszących oraz pielęgnowanie nauk i umiejętności w języku polskim”. Realizując ten cel Towarzystwo „zajmować się będzie odczytami i rozprawami naukowymi, zbieraniem materiałów do swego muzeum i biblioteki i w miarę funduszy wydawnictwem prac naukowych”.

Lata 1875-1896 to okres marazmu organizacyjnego w sferze działalności naukowej TNT. Było to w praktyce Towarzystwo Przyjaciół Nauk, którego głównym zadaniem była obrona polskości. Dominowali ziemianie (53), księża (46) i lekarze (17) – ogółem 136 członków. Ziemianie z uwagi na interesy w Toruniu byli często obecni na zebraniach TNT, blisko połowa ziemian angażowała się w jego pracę, szczególnie finansowo. Władze pruskie zabraniały nauczycielom udziału w pracach polskich organizacji, stąd ich nieobecność w TNT. Ofiarowywane Towarzystwu książki i zabytkowe eksponaty składano w formie depozytu w obawie przed niemiecką konfiskatą. Nieliczne artykuły (7) autorstwa czterech badaczy opublikowano w trzech „Rocznikach TNT” (1878-1884).

Po I wojnie światowej, gdy rządziła jeszcze w Toruniu niemiecka administracja, mimo dewaluacji finansów, Zarząd TNT sfinalizował kupno gmachu „Muzeum” (31 III 1919). Skorzystano z daru ks. Antoniego Wolszlegiera, który wykupił obciążenia hipoteczne. Pojawił się dochód TNT z wydzierżawienia części gastronomiczno-hotelowej gmachu, wykorzystywanej okresowo na potrzeby zebrań. Otton Steinborn, bibliotekarz TNT, jako nowy burmistrz przejął klucze miasta od niemieckiego poprzednika (18 I 1920). Toruń powrócił do Polski.

Obok niepodległości nowy kontekst tworzyły plany powołania w Toruniu Wszechnicy Pomorskiej. Pierwsze powojenne Walne Zebranie otworzyło nową kadencję Zarządu (23 VI 1920). Na prezesa obrano prof. dr. Józefa Łęgowskiego, przewodniczącego pomorskiej Komisji do spraw Wyznaniowych i Szkolnych. Jego następcą (od 20 II 1923) został ks. Alfons Mańkowski. Towarzystwo podpisało z magistratem umowę (18 V 1922) o oddaniu w zarząd gmachu „Muzeum” oraz udostępnieniu biblioteki (jako depozyt) w celu połączenia z kilkoma innymi zbiorami. Powstała Biblioteka Miejska imienia Kopernika, zarządzana przez Kuratorium Książnicy. Miasto zatrudniło bibliotekarza i ponosiło koszty zabezpieczenia książek. Z kolei nadzwyczajne Walne Zebranie postanowiło (9 VIII 1922) przyłączyć Towarzystwo Przyrodników w charakterze Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego TNT. Reanimowano też dawne wydziały: Historyczno-Archeologiczny (18 IX 1924) oraz Teologiczny (26 II 1925). Ten drugi zbierał się od roku 1927 w Pelplinie. Zebrania wydziałowe weszły w fazę kryzysu – Matematyczno-Przyrodniczy w latach 1927-1934, a Teologiczny od 1937. W październiku 1930 roku Towarzystwo i magistrat porozumiały się w sprawie przekazania zbiorów Towarzystwa (jako depozyt) do Muzeum Miejskiego.

Towarzystwo po II wojnie światowej znalazło się w całkowicie nowej rzeczywistości. Oddziaływał nie tylko kontekst ustrojowy czy ideologiczny, ale i powołanie Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Skład Towarzystwa uległ całkowitej odmianie – zaczęli dominować profesjonaliści akademiccy. Naturalnym tego następstwem było dążenie do akademizacji. Pierwsze posiedzenie TNT zorganizowano 12 czerwca 1945 roku. Okazało się, że aż 51 członków Towarzystwa nie przeżyło okupacji, w tym prezes ks. Alfons Mańkowski, zamordowany w Stutthofie. Jego obowiązki przejął wiceprezes ks. Paweł Czaplewski (obrany na prezesa 17 VII 1945, złożył rezygnację 3 II 1947). Wysokość składki członkowskiej ustalono nisko (60 zł rocznie, był to koszt paczki papierosów). Konieczne więc były subwencje od samorządu i Ministerstwa Oświaty. W maju 1946 roku TNT uruchomiło nowy Wydział Prawno-Administracyjny. Nie podjął natomiast działalności Wydział Teologiczny. Walne Zebranie zleciło (19 II 1946) Zarządowi „podjęcie prac” w kierunku akademizacji. Po konsultacjach z władzami PAU wprowadzono (25 XI 1947) poprawki do statutu TNT oraz przyjęto nowy regulamin wydziałów, które nabrały charakteru akademickiego. Wprowadzono wydziałowy numerus clausus (25 członków miejscowych i 15 zamiejscowych). Rozbudowano procedurę wyborów wydziałowych, dodano cenzus dorobku naukowego poprzez formułę „stanowisko wybitne i twórcze w nauce”. Nowy układ wydziałów: Nauk Historycznych, Prawniczych i Społecznych; Filologiczno-Filozoficzny oraz Matematyczno-Przyrodniczy dopełniło 15 komisji, dopuszczających do udziału także pomocniczych pracowników nauki. Organizowano je samorzutnie od 1946 roku z inicjatywy pracowników UMK. Na nowego prezesa TNT wybrano Konrada Górskiego (formalnie od 19 II 1948). Towarzystwo miało ówcześnie w swym gronie 89 pracowników nauki, w tym 56 profesorów UMK.

Wobec presji władz partyjno-państwowych, oczekujących od towarzystw działalności popularyzatorskiej, na posiedzeniu Zarządu TNT (20 IV 1949) złożyli rezygnację prezes Konrad Górski, wiceprezes Jan Prüffer i sekretarz generalny Helena Piskorska. Rezygnacja Górskiego była wymuszona przez Ministerstwo Oświaty, co przekazał mu rektor UMK Karol Koranyi (14 IV 1949). W piśmie do rektora (z 21 IV 1949) Górski oświadczył, iż wyrządzono mu „wielką krzywdę moralną”. W tym czasie władze nakazały zniszczyć gotowy do druku skład pracy Górskiego Zarys dziejów katolicyzmu polskiego . Podobny charakter miała wymuszona przez władze rezygnacja TNT z organizowania nabożeństw z okazji każdego Walnego Zebrania. Całkowita reorientacja programowa zmieniła Towarzystwo na tyle, że upadł jego akademicki charakter. TNT liczyło w 1949 roku 83 członków, z których 51 było zarazem członkami jednego wydziału. W roku 1950 miało 74 członków miejscowych i tylko 14 zamiejscowych, co świadczyło o regionalnej formule działania. Taka była też orientacja prowadzonych badań. Jubileusz 75-lecia (19 II 1950) odbył się w atmosferze dalekiej od stabilności. ☐