C enzura w nauce – tak jak i cała nauka – była przez wieki domeną Kościoła rzymskokatolickiego, który pojmował ją jako fragment misji krzewienia wiary, właściwej wiary. Nie była to krytyka mistrza przez mistrza, lecz ustalenie oficjalnego i jednolitego zdania Kościoła. Wynalazek druku skłonił Kościół do instytucjonalizacji cenzury. W dziedzinie nauki chronionej przez dominację obiektywnej eruditio nad subiektywną opinio, tę rolę miały spełniać uniwersytety wobec własnych publikacji i zasobów bibliotecznych, a nawet wobec miejscowego handlu księgarskiego. Zamiast poszczególnych regulacji, zawartych w przywilejach fundacyjnych uniwersytetów, pojawia się w 1487 roku bulla papieża Innocentego VIII. Na jej mocy cenzurę prewencyjną powierzono miejscowym biskupom ordynariuszom, którzy mogli mianować wyspecjalizowanych cenzorów.

Batalia z reformacją nadała cenzurze charakter podstawowego narzędzia walki. W Polsce król Zygmunt Stary, na mocy edyktu 22 sierpnia 1523 roku, przekazał biskupowi krakowskiemu prawo rewizji księgarń i bibliotek prywatnych, natomiast rektor Akademii Krakowskiej miał delegację do sprawowania cenzury prewencyjnej w oficynach drukarzy oraz kontroli handlu księgarskiego. W skali uniwersalnej w Konstytucjach Towarzystwa Jezusowego Ignacy Loyola SJ wskazywał (1550, tłumaczenie ks. Jana Ożoga SJ): „Z pogańskich książek humanistycznych nie należy czytać niczego, co by się sprzeciwiało przyzwoitości. Poza tym Towarzystwo może się nimi posługiwać jakby łupami wyniesionymi z Egiptu. Nie należy też czytać autorów chrześcijańskich, choćby ich książki były dobre, jeśli sam autor jest zły, żeby ktoś nie nabrał do niego przywiązania. Wypada także w szczególności postanowić, które książki można i których nie wolno czytać, zarówno w zakresie literatury, jak i innych dyscyplin”.

Pojawił się więc Index librorum prohibitorum (1559, ostatnie wydanie w 1940). W Polsce biskupie indeksy wydano tylko w Krakowie (1603, 1617) oraz Zamościu (1604). Index librorum prohibitorum z 1603 roku zawierał nazwiska autorów takich, jak: Andrzej Frycz Modrzewski, Faust Socyn, Marcin Bielski, Mikołaj Rey, a także wybrane tytuły zakazanych publikacji. W przedmowie bpa Bernarda Maciejowskiego (z 10 VI 1603, tłumaczył z łaciny Józef Dużyk, 1956) stwierdzano: „zachęcamy wszystkich przełożonych wszystkich kościołów, tak świeckich, jak i zakonnych, i ich zastępców, a także rektorów uniwersytetu krakowskiego, kolegiów i jakichkolwiek szkół, aby ten indeks mieli w rękach i pilnie z regułami czytali i aby nie pozwalali swoim podwładnym albo tym, nad którymi mają opiekę, przechowywać lub czytać ksiąg w tym indeksie zakazanych czy też mających być zakazanymi na mocy tych reguł. Drukarzom zaś i księgarzom pod karą klątwy i innymi karami według uznania naszego polecamy, aby ci nie ważyli się drukować, a drudzy by nie ważyli się sprzedawać ksiąg, nim wpierw przez nas albo przez naszych deputatów nie będą przejrzane i zaaprobowane”.

Przywołane reguły, w liczbie dziesięciu, wprowadzały ogólny zakaz czytania ksiąg heretyckich na tematy religijne. Pozostałe tematy wymagały uprzedniej aprobaty jednego z Wydziałów Teologii lub inkwizycji, by mogły być czytane. Wskazywano, że czytanie Biblii w języku narodowym przynosi więcej szkód niż pożytku, trzeba było więc na to uzyskać pozwolenie na piśmie od proboszcza lub spowiednika. Zakazywano czytania ksiąg zawierających „rzeczy zdrożne i nieskromne”, wyjątkiem były tu dzieła pisarzy starożytnych. Podobnie wykluczano księgi dotyczące magii, czarów i przepowiedni astrologicznych. Zakazywano tłumaczyć na inne języki księgi zakazane. Przewidywano możliwość „poprawiania i oczyszczania” ksiąg zakazanych, co prowadziło do wydania zezwolenia na ich druk. Każda książka drukowana musiała zawierać na początku imię i nazwisko autora. Książki wydrukowane miały być przed rozprowadzeniem porównywane z manuskryptem, co mieli czynić ci, którzy udzielili zezwolenia na druk. Mogli oni skorzystać z pomocy „mężów wybitnej pobożności i nauki”. W latach 1621-1659 Uniwersytet Krakowski był przejściowo pozbawiony prawa cenzurowania książek – uprawnienia te zmonopolizował bp Marcin Szyszkowski. Według obliczeń Henryka Barycza (1933), w XVII wieku uniwersytet ocenzurował zaledwie 28 książek, w większości napisanych przez własnych profesorów. Prawo cenzurowania było więc dla uniwersytetu nie tylko ciężarem.

W ramach nauki akademickiej formowała się przez wieki zasada, że wolność nauki polega na wolności od cenzury zewnętrznej, dyskusyjna natomiast była kwestia cenzury wewnętrznej. Ta wynikała z wrodzonej uległości, albo też z przyczyn racjonalnych, pochodzących z własnej niedoskonałości lub siły argumentów krytyka. Ks. Hugo Kołłątaj radził się Samuela Bogumiła Lindego, jak redagować Porządek fizyczno-moralny . Jak pisał (17 II 1809): „w niczym nie uchybiłem naszej ortodoksji w tym filozoficznym dziełku, wszelako (…) arcybiskup przez jakiś czas będzie się mieszał do wszystkiego (…) ja zaś zanadto stary jestem i zanadto spokojności potrzebuję, żebym miał rozpoczynać spory z obłudą i fanatyzmem, wolę więc zemknąć się z drogi i zostawić czasowi tryumf prawdy nad głupstwem”.

Doświadczone przez rewolucję jakobińską państwa imperialne podtrzymały zasadę cenzury sprawowanej przez uniwersytety, co częściowo tłumaczyło odwołanie się do ich kompetencji, jednak cenzura została przekształcona - z obyczajowej i teologicznej - w cenzurę polityczną. Pod rządami Rosji wprowadzono w Królestwie Polskim, reskryptem z 1819 roku, cenzurę wszystkich publikacji. Do tego czasu Uniwersytet Królewsko-Warszawski posiadał, na mocy przywileju założycielskiego cara Aleksandra I (19 XI 1816), prawo „osobnej cenzury na pisma swych członków”. Reskrypt o wprowadzeniu cenzury zewnętrznej podpisał Stanisław Staszic. Paradoksalnie odniósł go także do własnego poematu Ród ludzki . Choć był to 7, 8 i 9 tom Dzieł , poemat skierował do magazynu Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk. Po jego śmierci – jak ustalił Henryk Barycz (1926) – władze carskie nakład skonfiskowały i zniszczyły. ☐