Instytucje nauki, mimo że są tworami biurokratycznymi, mają własną genezę, która wyjaśnia zakładane przez organizatorów cele, często później skrywane. Gdy nie powiodły się wielokrotne próby władz partyjno-państwowych, zmierzających do zreformowania Polskiej Akademii Umiejętności, pojawiły się w prasie zapowiedzi powołania państwowej akademii nauk. Zbigniew Wasilewski stwierdzał („Wieś” nr 43, 1948) „konieczność stworzenia nowej, centralnej ośmiowydziałowej Polskiej Akademii Nauk – jako nowoczesnej instytucji nadrzędnej, cieszącej się szerokim poparciem państwa ludowego, skupiającej całokształt prac naukowych i dzierżącej ster naukowego życia kraju”. Autor odwołał się do tez programowego wystąpienia Henryka Jabłońskiego, podsekretarza stanu w Ministerstwie Oświaty. Wystąpienie to opublikowano na łamach organu PPS „Robotnik” (6 października 1948), pod tytułem Nauka – zapalny odcinek frontu kultury . Na dwa tygodnie przed obchodami jubileuszu PAU Jabłoński przypisywał tej instytucji narodowej przyczynienie się do „partyzantki naukowej i chaosu organizacyjnego”. W tej sytuacji należało, zdaniem Jabłońskiego, powołać nową akademię nauk – „instytucję planującą”, której Ministerstwo Oświaty miało „wysuwać (...) zasadnicze zadania do opracowania szczegółowego i wykonania”. Jabłoński przekonywał: „Potrzebna nam jest instytucja typu Akademii Nauk ZSRR, instytucja realnej pracy, oparta o szereg instytutów naukowo-badawczych, działająca faktycznie, w najbliższym kontakcie z życiem i potrzebami państwa”. Towarzystwa naukowe ogólnie mogły albo stać się „ekspozyturą” nowej akademii, albo też miały ograniczyć się do spraw swego regionu. Kasę Mianowskiego planowano zlikwidować, a towarzystwa naukowe specjalne ukierunkować na popularyzację nauki.

Inny podsekretarz stanu w tym ministerstwie, Eugenia Krassowska, w wystąpieniu na posiedzeniu Rady Głównej do spraw Nauki i Szkolnictwa Wyższego (14-15 lutego 1949), zakreślała dwie drogi, prowadzące do utworzenia PAN – powołanie jej „już teraz na bazie istniejących instytutów” bądź „poprzez powołanie Komitetu do spraw Organizacji Nauki”, co wydawało się właściwsze. Jako nierealną drogę wymieniała „koncepcję tworzenia Akademii na bazie towarzystw naukowych, ewentualnie na bazie PAU”.

Z obu koncepcji ministerialnych decydentów wynikała preferencja do rozwiązań biurokratycznych, powiązanych ze zniszczeniem społecznego ruchu naukowego. Krassowska wymieniała planowane funkcje „naczelnej instytucji nauki”: akademia (lub komitet) „powinna koordynować plany badań naukowych poszczególnych dyscyplin ze względu na ich znaczenie dla życia państwowego, współdziałać przy opracowaniu planu badań naukowych niezbędnych do rozwiązania zagadnień państwowych przekraczających możliwość jednej dyscypliny naukowej, organizować kontrolę wykonania planów badań naukowych centralnych instytutów naukowo-badawczych, ustalić wytyczne finansowania nauki, a także ewentualnie prowadzić własne placówki naukowo-badawcze”. Nie tylko forma badań miała ulec zmianie – także ich treść, w wyniku zastosowania metodologii marksistowskiej.

Wpływowy ówcześnie ideolog partyjny Czesław Nowiński odrzucił koncepcję biurokratycznego Komitetu do spraw Organizacji Nauki. Na posiedzeniu Sekcji Organizacji Nauki Rady Głównej przedstawił (4 lipca 1949) Bieżące zadania w zakresie planowania i organizacji nauki . Wskazywał, że „droga do Akademii Nauk prowadzi przez instytuty badawcze wyodrębnione z uczelni, rozwijające się, rosnące w twórczej pracy naukowej i łączące się w przyszłości w Akademię Nauk”. Kierownictwo „frontu nauki” – Wydział Nauki i Szkół Wyższych KC PZPR – miało w pierwszej kolejności „wytypować i zorganizować zespoły główne” z poszczególnych dziedzin nauki oraz „rozhuśtać proces planowania nauki” i „zająć się zagadnieniem towarzystw naukowych, na które tracimy ogromne pieniądze”.

Już 17 maja 1950 roku Prezydium Komitetu Wykonawczego I Kongresu Nauki Polskiej ustaliło wstępną listę „komitetów głównych”: Nauk Fizycznych i Matematycznych, Nauk Chemicznych, Nauk Biologicznych i Rolniczych, Nauk Geologicznych i Geograficznych, Nauk Technicznych, Ekonomiki i Prawa, Filologii i Literatury, Nauk Historycznych i Filozoficznych oraz Nauk Lekarskich. Postanowiono rozdzielić naukę na trzy „piony”: placówek PAN, uczelni oraz instytutów resortowych, co oznaczało zawężenie zadań PAN. Równocześnie wyodrębniono (26 kwietnia 1950) urząd ministra szkół wyższych i nauki, a instytuty resortowe podporządkowano Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego.

Władze partyjno-państwowe odrzuciły powstały ówcześnie projekt działaczy TNW, by przebudować Towarzystwo w PAN. Prezydium Komitetu Wykonawczego I KNP obradowało 8 września 1950 roku nad referatem Jana Dembowskiego Projekt organizacji Polskiej akademii Nauk – Tezy . Referat eksponował konieczność powstania Narodowego Planu Badań Naukowych, a PAN określał jako „centralną instytucję koordynacji i kontroli prac naukowo-badawczych”. Do składu komitetów PAN mieli wejść, obok uczonych, także „przedstawiciele życia społeczno-gospodarczego”. Ich zadaniem byłoby „powiązanie badań naukowych z potrzebami budownictwa socjalizmu w Polsce”. Układ komitetów miał się pokrywać z układem wydziałów PAN, to komitety miały prowadzić planowanie badań naukowych w kraju. Administrację PAN wiązał Dembowski z Prezydium Rady Ministrów, a prezesa PAN lokował w składzie RM. W dyskusji podkreślano, iż PAN ma „być terenem walki ideologicznej w kołach naukowych”. Według kierownika Wydziału NiSW KC PZPR Kazimierza Petrusewicza, PAN miała być „władzą naukową” i mieć „kierownictwo centralne”. W poufnej Notatce w sprawie charakteru i zadań Polskiej Akademii Nauk stwierdzono, że powołanie akademii ułatwi „walkę o naukę opartą na marksistowsko-leninowskich podstawach, przyspieszy dojrzewanie ideologiczne dyscyplin szczególnie opóźnionych”. PAN miała być „silnym centrum jednolitego oddziaływania ideologicznego na wszystkie ośrodki pracy naukowej”. ☐