Animatorem reaktywacji Polskiej Akademii Umiejętności był Karol Estreicher jr. Nie był członkiem akademii, ale wyniósł z domu, od dziadka i ojca, jej tradycję. W Dzienniku wypadków odnotował już 3 lutego 1955 roku: „Pierwsza myśl zakładania Krakowskiego Towarzystwa Naukowego lub filii Akademii Umiejętności”. Klimat politycznej „odwilży” sprzyjał ówcześnie nawet mało realnym projektom. Formalnie zresztą PAU nadal istniała. Pomogło objęcie przez Estreichera funkcji przewodniczącego Wojewódzkiego Komitetu Frontu Narodowego w Krakowie. W dniu 19 maja 1956 roku odnotował: „Z Taszyckim narada w sprawie ożywienia Akademii Umiejętności” – sięgnęli po statut Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego. Estreicher doszedł jednak do wniosku, że najbardziej sensowna jest reaktywacja, 5 września odnotował: „Inicjatywa powinna wyjść od Senatu UJ. Akademia nie została właściwie nigdy rozwiązana (...). Czuję, że jeśli się tę sprawę należycie postawi, Akademia będzie mogła na nowo funkcjonować, co prawda w zmniejszonym zakresie”. Z kolei 21 października zapisał: „Przygotowuję do tego celu grunt – działam – agituję – sprawa niełatwa – masa sprzeciwów”. Po odmowie ze strony Jana Dąbrowskiego (4 XI) i obawach Stanisława Pigonia (19 XI) „nagle wpadł mi na myśl stary Adam Krzyżanowski”. Estreicher przekonał go tego samego dnia: „Ja będą działać za pana. Napiszę listy, zwołam kolegów, wystąpię”.

Na forum Frontu Narodowego Estreicher, Jan Hulewicz oraz delegat studentów optowali (17 XI) za reaktywacją PAU, co poparły inspirowane przez Estreichera dzienniki krakowskie. Po naradzie w małym gronie profesorów (20 XI) Estreicher przygotowuje projekt memoriału do Prezydium PAU w sprawie reaktywacji akademii, aprobowany 23 listopada i podpisany przez 39 uczonych. Następnego dnia Estreicher z Krzyżanowskim bezskutecznie przekonywali Władysława Szafera. Estreicher odnotował (25 XI): „Cały czas siedzę przy telefonie, działam, namawiam, piszę, dowiaduję się. Wstaję o 6−tej rano, do północy działam. Całe biuro w Muzeum oddałem na sprawę akademii. Biję się. Łamię tych, którzy z powodu słabego charakteru boją się podpisać. Hańbię przeciwników (...). Podpisujący list nie wiedzieli, że staram się go wydrukować. Wielu nie podpisałoby”. W memoriale dopuszczano reaktywację „w formie skromniejszej, choć nie mniej żywotnej, instytucji o daleko posuniętej samodzielności, spełniającej równocześnie funkcję filii PAN”. Domagano się „natychmiastowego zwołania Walnego Zgromadzenia”, by „przystosować do nowej sytuacji istniejący Statut, odzyskać utracony majątek i przywrócić akademii odebrane możliwości naukowe oraz jej sławne imię”. Memoriał został opublikowany sześć dni później w „Dzienniku Polskim”, z komentarzem Ewy Rudzkiej (napisanym faktycznie przez Estreichera). Przeciw reaktywacji wystąpił w prasie formalny sekretarz generalny PAU Jan Dąbrowski, przypominając projekt powołania ośrodka krakowskiego PAN.

Zebrani 3 grudnia członkowie PAU, po wysłuchaniu sprawozdania Dąbrowskiego, uchwalili rezolucję w sprawie reaktywacji akademii i odrzucili przedstawiony przez Szafera projekt statutu Oddziału PAN w Krakowie. Powołano Komitet dla Reaktywizacji Akademii Umiejętności pod przewodnictwem Adama Krzyżanowskiego, sekretarzem komitetu został Jan Miodoński. Obaj skierowali (10 XII) do Prezydium PAN Uwagi o potrzebie reaktywowania Akademii Umiejętności w Krakowie.

Władze PAN podjęły kontrofensywę. Już 4 grudnia zorganizowały konferencję członków PAN mieszkających w Krakowie. Obok nich wystąpili w imieniu Prezydium PAN Jan Dembowski, Henryk Jabłoński i Stanisław Leszczycki. Przyjęto wniosek Szafera w sprawie powołania „oddziału względnie filii PAN z nawiązaniem do tradycji PAU”. Zapowiedziano powołanie komisji naukowych w Krakowie i własnych periodyków oraz opiekę nad krakowskimi towarzystwami naukowymi. Na posiedzeniu Prezydium PAN (18 XII) Miodoński przedstawił postulat reaktywacji Akademii Umiejętności, ale w podjętej uchwale Prezydium PAN zapowiedziało powołanie Oddziału PAN w Krakowie.

Estreicher po rozmowie ze Stanisławem Arnoldem w Warszawie (28 XII) odnotował: „dowiedziawszy się, że wyrok na Akademię Umiejętności już jest napisany z góry, że komuniści nie popuszczą, że do reaktywizacji nie dojdzie – czując się jak hrabia Henryk w Okopach Świętej Trójcy lub może bardziej jak Don Kiszot – wróciłem do Krakowa”.

Odział PAN w Krakowie powołano uchwałą Zgromadzenia Ogólnego PAN z 11 stycznia 1957 roku. Walne Zgromadzenie PAU obradowało 16 lutego w gmachu przy ulicy Sławkowskiej 17 przy dobrej frekwencji – przybyło 51 członków czynnych (24 było równolegle członkami PAN), 11 usprawiedliwiło nieobecność, a tylko 15 zignorowało zaproszenie. Gdy odrzucono wniosek Nitscha o odczytanie uchwały Prezydium PAN zatwierdzającej z poprawkami Statut Oddziału PAN w Krakowie (24: 14, przy 2 wstrzymujących się) – Szefer i Dąbrowski opuścili salę obrad. Modyfikację zapisów Statutu PAU przedstawił Jan Gwiazdomorski. Przyjęto nazwę „Akademia Umiejętności w Krakowie”. Według statutu „Terenem działalności akademii jest cały obszar Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej ze szczególnym uwzględnieniem Małopolski i Górnego Śląska”. Odrzucono kategorię członków zagranicznych. Prezesem został Adam Krzyżanowski, wiceprezesem – Mieczysław Jeżewski. Jednak władze PAN wolały podtrzymywać atrapę kierowaną przez Dąbrowskiego. Skorzystały z tego, że nowe władze Akademii Umiejętności nie mogły spełnić statutowego wymogu zatwierdzenia wyboru władz, co leżało w kompetencjach Rady Ministrów. Po przedłużanych przez władze rokowaniach w sprawie dalszej modyfikacji Statutu Akademii Umiejętności, Vetulani zwołał na 20 listopada 1957 roku „koleżeńskie zebranie wszystkich krakowskich członków PAU”. Wrócono więc po roku do punktu wyjścia. Ostatnie posiedzenie Zarządu Akademii Umiejętności odbyło się 22 grudnia 1958 roku – z protokołu wynika, że przewidywano dalsze posiedzenia.