W listopadzie 1946 roku podsekretarz stanu w Ministerstwie Przemysłu, Eugeniusz Szyr, powołał komisję do opracowania zasad organizacji i zakresu pracy przemysłowych instytutów badawczych i centralnych laboratoriów. Przygotowany pod przewodnictwem Wojciecha Świętosławskiego, w lutym następnego roku, projekt reformy przewidywał powołanie biurokratycznej nadbudowy nad istniejącymi dotychczas odrębnie pokrewnymi placówkami resortowymi w postaci instytutów głównych. W ich skład miały wejść nie tylko instytuty, ale i centralne laboratoria (20), działające dotychczas przy poszczególnych centralnych zarządach przemysłu. Instytuty główne miały działać na mocy dekretu o przedsiębiorstwach państwowych – jako „przedsiębiorstwa usługowe”. Wchodzącym w skład IG instytutom miały podlegać w zakresie prac badawczych laboratoria fabryczne i pracownie przemysłowe. Prace badawcze w tym sektorze (nazwanym wkrótce „pionem nauki polskiej”) miały z założenia charakter utylitarny. W powojennych realiach nie były częste – w sprawozdaniach za rok 1947 tylko kilka placówek wskazywało na wykonane tematy badawcze. W skład rad naukowo−technicznych każdego instytutu głównego mieli wejść przedstawiciele przemysłu, uczelni, instytucji i urzędów. Przewodniczący rad i dyrektorzy instytutów tworzyliby Główną Radę Badań Ministerstwa Przemysłu. Przy ministrze miał działać kilkuosobowy Doradczy Komitet Naukowy. Subwencje budżetowe i obowiązkowe wpłaty od przedsiębiorstw, stanowiące określony procent od obrotów, tworzyłyby Fundusz Badań Przemysłowych. Słabością tego projektu – i całej „nauki resortowej” – było to, że badania i ekspertyzy były zamawiane przez administrację resortową, a nie przez przedsiębiorstwa.

Reforma napotkała na partykularny opór w instytutach resortowych. Przewlekano jej wdrożenie, choć od marca 1947 roku działała resortowa Główna Komisja dla Spraw Organizacji Instytutów Naukowo−Badawczych, a przy Komisji do Spraw Odbudowy Nauki Polskiej od 7 marca 1047 działania Komisji Świętosławskiego kontynuowała Podkomisja do Spraw Instytutów Naukowo−Badawczych. Działania podkomisji powiązano z pracami Centralnego Urzędu Planowania. Doliczono się w ocenie podkomisji 6 instytutów typu badawczego oraz 46 typu „badawczo−wytwórczego”. W polityce poszczególnych resortów nie dokonywano porównań jakościowych – była to nauka „płaska”.

Główne instytuty powołano zarządzeniem ministra przemysłu i handlu z 1 kwietnia 1948 roku. Były to: GI Metalurgii i Odlewnictwa, GI Mechaniki, GI Paliw Naturalnych, GI Chemii Przemysłowej, GI Włókiennictwa, GI Elektrotechniki, GI Lotnictwa oraz GI Pracy. Na prawach GI działał od tego czasu Państwowy Instytut Geologiczny. Zatrudniono w głównych instytutach wielu urzędników resortu oraz „praktyków” – nie mieli mentalności właściwej ludziom nauki. Podstawy prawne „nauki resortowej” określił dekret z 25 października 1948 roku o tworzeniu głównych instytutów naukowo−badawczych przemysłu. „Naukę resortową” objęto klauzulą tajemnicy służbowej, co uregulowała wrześniowa (1948) Instrukcja o poufności lub tajności spraw dotyczących pracowników naukowych, badawczych i innych. Z ankiety (1949) wynikało, że pracownicy z wykształceniem akademickim stanowią zaledwie około 30 proc. zatrudnionych w instytutach resortowych, a ze „średnim i niższym” – ponad 50 proc. W instytutach resortowych typu gospodarczego zatrudniano ówcześnie 4927 pracowników, a w planie sześcioletnim przewidziano potrojenie ich liczby.

Od 10 lutego 1949 roku koordynatorem „nauki resortowej” stał się Wydział Prac Naukowo−Badawczych Departamentu Techniki Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego. Podstawę prawną stanowiła ustawa z 8 stycznia 1951 roku o tworzeniu instytutów badawczych dla potrzeb gospodarki narodowej. Zmiana podstawy była konieczna wobec podziału resortu przemysłu i handlu na sześć resortów gospodarczych. W miejsce głównych instytutów, których liczba znacznie wzrosła od 1948 roku, wprowadzono koordynacyjną rolę wybranych instytutów. Tym samym umocnił się partykularyzm resortowy. Efektywność „nauki resortowej” była niska – w jednym ze sprawozdań kongresowych (luty 1951) stwierdzano: „Płaci się pracownikom naukowym nie za pracę wykonaną, ale za stanowisko”.

„Nauka resortowa” obywała się bez atrybutów nauki akademickiej – taka też była mentalność ludzi w niej zatrudnionych. Obowiązywała formalna dyscyplina pracy. Płacono za „gotowość”, a nie za efekty. Była to nauka nastawiona na dyspozycyjność wobec administracji resortowej, a nie na „abstrakcyjne” potrzeby gospodarki. Typowe było „śledzenie” zagranicznych osiągnięć technicznych i próby ich adaptacji do polskich realiów. Nauka akademicka preferowała indywidualizm – „nauka resortowa” zespołowość i planowanie, ta pierwsza miała wykwalifikowanych pracowników nauki – ta druga środki materialne i miejsca do pracy.

Uformowanie „pionu nauki resortowej” wpłynęło na zmiany w powstałym ówcześnie „pionie szkolnictwa wyższego”, co do reszty zniweczyło naukę akademicką. Okólnik ministra oświaty z 17 stycznia 1950 roku w sprawie utworzenia instytutów i zespołów katedr określał w preambule cel reformy: „Dla zaspokojenia żywotnych potrzeb nauki i szkolnictwa wyższego, umożliwienia planowanych prac zespołowych i racjonalizacji pracy w szkołach akademickich, tworzy się uczelniane (jedno lub międzywydziałowe) lub międzyuczelniane instytuty i zespoły katedr”. Łączono w jeden instytut „znajdujące się w danym ośrodku katedry o zbliżonych zadaniach naukowo−badawczych i dydaktycznych”, jeśli spełniały wymogi „ramowego” statutu, podanego w załączniku okólnika. Zespół katedr był formą przejściową do późniejszej budowy instytutu. Decyzje reorganizacyjne podejmowali pełnomocnicy ministra oświaty, „powołani przezeń spośród kierowników zakładów szkół akademickich danego ośrodka” – osoby dobrze znające miejscowe realia i charaktery, a cieszące się zaufaniem władz politycznych. „Ramowy” statut instytutu zakładał, iż będzie to struktura zdolna wykonywać „prace zlecone przez właściwe władze”, mające kierować jednostkami składowymi w postaci przebudowanych katedr i uprzedmiotowionymi pracownikami. Instytutem kierował mianowany dyrektor, który był „zwierzchnikiem wszystkich pracowników” i który sprawował „ogólne kierownictwo całością prac naukowych”. Dyrektor z urzędu przewodniczył radzie naukowej. Analogicznie działał kierownik zespołu katedr. Mimo iż jeszcze przez półtora roku istniała prawnie wydzielona kategoria szkół akademickich – nie istniał już jej podstawowy atrybut i odpowiednia struktura wartości.