Trudności powojenne redakcja Polskiego Słownika Biograficznego pokonała w roku 1948 – ukazało się, jak przed wojną, pięć zeszytów, zawierających łącznie ponad 700 biogramów.

Współpracowało z redakcją około 400 autorów. Jednak w roku 1949, gdy władze zakończyły politykę „łagodnej rewolucji”, Wojewódzki Urząd Kontroli Prasy, Publikacji i Widowisk w Krakowie zablokował druk zeszytu z biogramem Feliksa Dzierżyńskiego, napisanym przez Helenę Wereszycką. Konopczyński uznał, że tekst przygotowany jeszcze w 1939 roku przez Władysława Pobóg Malinowskiego nie uzyska akceptacji cenzury. Gdy Konopczyński dowiedział się o blokadzie cenzuralnej, mającej odniesienie do innych represji przeciw niemu skierowanych, zgodził się w dramatycznej rozmowie z prezesem PAU, Kazimierzem Nitschem, 17 maja 1949 roku, złożyć rezygnację ze stanowiska głównego redaktora PSB i przewodniczącego Komisji Historycznej PAU. W ramach nagonki w „Trybunie Ludu” ukazała się (nr 140 z 23 maja) notatka o 34 zeszycie PSB. Wytykano, że wśród artykułów sławiących „między innymi zasługi księży, misjonarzy, przywódców chadecji, ba, nawet jednego czołowego działacza ziemiańskiej sanacyjnej konserwy”, nie ma „ani jednego działacza robotniczego, ani jednego człowieka polskiego obozu postępu”. W wyjaśnieniu, skierowanym tego dnia do sekretarza generalnego PAU, Kazimierz Lepszy wyliczał, że na 153 noty – życiorysy księży i zakonników stanowią 29 haseł, a przy niektórych przytaczano oceny ujemne. Do „obozu postępu” można było zaliczyć 14 osób. Zarząd PAU powołał (30 maja) „redakcję tymczasową” PSB, weszli do jej składu: Aleksander Birkenmajer, Juliusz Kleiner i Henryk Mościcki. Następnie powołano (23 czerwca) nowy skład Komitetu Redakcyjnego i Rady PSB. Walne Zgromadzenie PAU, kolejnego dnia, na wniosek Adama Wrzoska, demonstracyjnie podziękowało Władysławowi Konopczyńskiemu za wieloletnie wysiłki. Konopczyński podpisał rezygnację z osobiście sformułowanym warunkiem: „Zarząd PAU podejmować będzie i honorować według norm ogólnych te artykuły do PSB, które Władysław Konopczyński napisze na dalsze litery alfabetu – o ile przeciw naukowo literackiej ich stronie lub przeciw rozmiarom nie podniesie obiekcji Redakcja Słownika”. W załączniku Konopczyński wskazywał, iż był „najniżej płatnym członkiem redakcji”, a nawet, w roku 1945, pracował bez wynagrodzenia.

Mimo ustąpienia Konopczyńskiego, na łamach marksistowskiej „Kuźnicy” doszło do kolejnego ataku (nr 33 z 21.08.1949). Autor podpisany „grz” za wadę uznawał to, że „autorzy Słownika po większej części niezmiernie skrupulatnie unikają wszelkiego wartościowania”. Sugerował, że w PSB nieproporcjonalnie wiele miejsca poświęca się „działaczom nacjonalistycznym”, pisząc o nich z „nieukrywaną” sympatią. W związku z tym artykułem Włodzimierz Michajłow z Ministerstwa Oświaty zażądał przesłania „zarówno wszystkich wydrukowanych już zeszytów Słownika Biograficznego, jak też maszynopisów mających się ukazać w Słowniku prac”. Jan Dąbrowski w imieniu PAU przesłał 7 września 1949 roku kopię wyjaśnień z redakcji PSB, wskazujących, iż „życiorysy powierza się do opracowania osobom zbliżonym ideologicznie do danej biografii. Tak więc o socjalistach piszą albo socjaliści, albo do socjalizmu zbliżeni”. Taka modyfikacja dawnego wzoru pracy redakcyjnej nie była dla władz wystarczająca. Po kolejnych rozmowach – w piśmie z 11 września do ministra Skrzeszewskiego – Dąbrowski wyjaśniał, że „wyłaniające się trudności rozwiążemy przez powołanie do Komitetu redakcyjnego osoby, która specjalnie się tym zajmie”. Osobą uzgodnioną z władzami został Henryk Dobrowolski, ówcześnie prezydent miasta Krakowa, powołany na członka komitetu redakcyjnego PSB 15 października. Poprzedzał ten akt kolejny atak „grz” – tym razem na łamach „Dziennika Polskiego” (nr 273 z 5.10.1949). Notatka Kto nie prenumeruje Polskiego Słownika Biograficznego była swoistym donosem na prenumeratorów.

Zarząd PAU wysłał 5 grudnia do ministra Skrzeszewskiego i do Rafała Gerbera, naczelnego dyrektora Archiwów Państwowych, Memorandum w sprawie Polskiego Słownika Biograficznego. Przedstawiał dwa warianty zmian: „albo 1) opracować pełne życiorysy jedynie dla osób działających w pewnym już zamkniętym okresie, np. do r. 1864, a najdalej do 1900, dla późniejszych zaś, poza zasługującymi na uwzględnienie wyjątkami, zadowolić się kronikarskimi biogramami, albo: 2) wydawać słownik w 2 seriach, jednej „staropolskiej” zasięgającej do r. 1864, drugiej obejmującej czasy najnowsze od r. 1864”. Podkreślano, że „niewydanie zeszytu 35, będącego ostatnim zeszytem t. VII, byłoby urwaniem wydawnictwa dosłownie w środku, bez żadnego uzasadnienia bibliograficznego”. Decyzją władz, przekazaną Dąbrowskiemu przez Michajłowa 12 grudnia, zezwolono na wydanie zeszytu 35, jednak z adnotacją redakcyjną, iż „publikacja dalszych tomów ulegnie pewnej zwłoce”. Mimo to cenzura wstrzymała druk także zeszytu 35.

W Sprawozdaniu z czynności i wydawnictw PAU od lipca 1949 do czerwca 1950 była mowa o wzbogaceniu kartoteki PSB „o wiele postaci ruchu zawodowego, robotniczego i chłopskiego oraz działaczy postępowych XX wieku”. Ale nawet tak spreparowane materiały nie znajdowały uznania. W ramach polityki „zagospodarowania” placówek PAU i TNW włączono Pracownię Polskiego Słownika Biograficznego do Zakładu Dokumentacji Instytutu Historii PAN. Choć Pracownia nadal działała w Krakowie, zmieniła się jej podległość i status prawny – PAU była towarzystwem, a PAN instytucją państwową. Prace redakcyjne PSB nie znajdywały od 1949 roku finalizacji w postaci druku kolejnych zeszytów.