Utrudnienia czynione przez władze zaboru rosyjskiego sprawiły, że udało się powołać jedynie Kasę pomocy dla osób pracujących na polu naukowem imienia dr. med. Józefa Mianowskiego. Założyciele wybrali 6 października 1881 roku Komitet Kasy, do którego statutowo mogły wejść tylko osoby posiadające stopień naukowy. Prezesem został Tytus Chałubiński, wiceprezesem – Stanisław Kronenberg. Obok decyzji w sprawach zapomóg i pożyczek, do obowiązków Komitetu należało „odnoszenie się do instytucyj, towarzystw i osób, których współdziałanie może być pożytecznem dla rozwoju Kasy”. W tym celu, związanym z promocją nauki polskiej, powołano doradcze kółka, odpowiadające zakresem czterem wydziałom dawnej Szkoły Głównej w Warszawie. Środki finansowe były początkowo skromne, niewiele przynosiły składki członków, choć zgłosiła się aż jedna dziesiąta absolwentów Szkoły Głównej. W roku 1883 było w Kasie 54 członków honorowych (corocznie wnosili minimum 100 rs) i 834 członków rzeczywistych. Większe znaczenie miały zapisy spadkowe – pierwszym był Jan Nepomucen Jaśkowski, literat, który już w 1881 roku złożył testamentem 15 tys. rubli na fundusz wieczysty. Komitet Kasy przeznaczył procenty z tego funduszu na wydanie dzieł Oskara Kolberga. W dwa lata po Jaśkowskim zapisał Jakub Natanson 30 tys. rubli, z oprocentowania których nagradzała Kasa dwie najlepsze prace, napisane w języku polskim (co cztery lata).

W ciągu 50 lat Komitet Kasy odbył ponad 700 posiedzeń, rozpatrując ponad 5 tys. podań badaczy, opatrzonych krytycznymi referatami. Zapomogami objęto druk ponad tysiąca tomów „Słownika geograficznego Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich” oraz serie „Poradnika dla samouków” czy 8 tomów „Słownika języka polskiego”. Beneficjentami zostało ponad 800 pracowników nauki. Przyznano 115 nagród i 470 stypendiów. W latach 1882−1919 wydano około 2200 tys. rubli, a od 1920 do 1924 roku – 24 mld marek. Przykładem kolejnych wydatków może być rok 1934, kiedy to wydano na prace badawcze i zapomogi 50 800 zł, na nagrody blisko 755 zł, na stypendia ponad 24 tys. zł, na pożyczki ponad 63 tys. zł, a na wydanie prac i utrzymanie drukarni – 85 tys. zł. Na te cele uzyskano z zasiłków Ministerstwa WRiOP 59 tys. zł, a z Funduszu Kultury Narodowej ponad 64 tys. zł.

Po roku 1890 polityka Komitetu Kasy, w którym nadal dominowało „pokolenie Szkoły Głównej”, uwzględnia realia zaborowe tak, by – jak podaje Zygmunt Szweykowski – „nie angażować zbytnio Kasy w zjawiska życia współczesnego, by przeciwnie zachować pewien dystans spokojnej, zrównoważonej naukowości”. Stąd wynika „osłabienie kierunku społecznego instytucyji” oraz „zwrot od hasła popularyzacji wiedzy, jako najważniejszej funkcji Kasy, do popierania przede wszystkim pracy badawczej”. W efekcie Kasa „przestaje być inicjatorką czy kierowniczką życia zbiorowego”.

Przełom w zasobach finansowych – i możliwościach – Kasy nastąpił w roku 1904, gdy zapis Witolda Zglenickiego zapewnił dochody z wydobycia ropy naftowej w Baku. Do tego czasu Komitet spieniężał otrzymane z zapisów nieruchomości. W tym przypadku sięgnięto po wydzierżawienie – i dobrze, bowiem już w roku 1911 dochód wyniósł 186 473 ruble, w kolejnych został podwojony. Komitet Kasy nie był w stanie tych kwot spożytkować – w roku 1912 na zapomogi przeznaczono 84 548 rubli, podań corocznie napływało około 300.

W czasie I wojny światowej Kasa finansuje nie tylko publikacje członków Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, ale też jego pracownie. Odzyskanie niepodległości wiąże się z kryzysem – na co składa się zanik możliwości prywatnych darczyńców, zagrabienie przez Rosję sowiecką dochodów z Baku oraz powojenna dewaluacja. Rolę podstawową Kasy przejmuje Rzeczpospolita. Reforma Kasy, prowadzona od 1916 roku, daje jej pozycję – jak to określił Stanisław Michalski – „prywatnego ministerjum nauki”. Dział Naukowy Biura Kasy wydaje roczniki „Nauka Polska”, organizuje dwa Zjazdy Nauki Polskiej (1920, 1927). Rada Naukowa Kasy grupuje delegatów uczelni i towarzystw akademickich, koordynując uzgadnianie społecznej polityki naukowej.