Wiek XIX to czas samookreślenia uniwersytetów, koniecznego wobec rosnącego naporu biurokracji rządowej, ale i narastających potrzeb społecznych. Tożsamości poszukiwano przy okazji debat prasowych wokół kolejnych reform uniwersyteckich, ale też poprzez fundamentalne prace źródłowe poświęcone historii poszczególnych uczelni. Dostrzegano odmienności typów uniwersytetów. Polskiemu środowisku akademickiemu, rozproszonemu w trzech systemach ustrojowych, najbliższe były rozwiązania uformowane przez Wilhelma von Humboldta. We „Wniosku o powołanie Uniwersytetu w Berlinie” (1809) zakładał on, iż uniwersytet, mimo postępującej specjalizacji, ma być „organiczną całością”, ma też łączyć funkcje badawcze z dydaktycznymi i konsolidować wszystkie zasoby nauki. Tylko do uczelni ma należeć „prawo nadawania godności akademickich”. W innym opracowaniu wskazywał, iż instytucje naukowe powinny się kierować „czystą ideą nauki”, a „dominującymi w ich kręgu zasobami są samotność i wolność”. Mimo nadzoru państwowego, akademie i uniwersytety mają być „samodzielne”. Realizację tych założeń przedstawiali w wielotomowych dziełach Friedrich Paulsen (1885, 1902) oraz Wilhelm Lexis (1893, 1904). Uniwersytety dominowały wśród uczelni i instytutów badawczych. Władza w nich należała do korporacji profesorów, rektor był tylko mandatariuszem. To profesorowie ustalali tradycję, to oni byli depozytariuszami wolności badań i nauczania. Uszczuplona dla studentów wolność polegała na swobodnym doborze przedmiotów oraz czasu i porządku studiów.

Idee te przytaczano nawet w Imperium Rosyjskim – jako postulaty środowiska akademickiego. W toku dyskusji nad nową ustawą uniwersytecką władze dopuściły do publikacji trzytomowe wydawnictwo „Zagraniczne uniwersytety”. Leon Petrażycki opublikował w 1907 roku I tom dzieła „Uniwersytet i nauka” (w języku rosyjskim). Dwa lata wcześniej w Warszawie ukazał się tom V „Poradnika dla samouków”, w którym przedstawiano obszerny przegląd organizacji i działań uniwersytetów zagranicznych, co drukowano też w nadbitce. W tymże 1905 roku Szymon Askenazy analizował rozmiary rusyfikacji w pracy „Uniwersytet Warszawski”.

Zainteresowania problematyką uniwersytecką miały w polskich warunkach wymiar pracy organicznej i niepodległościowej. Okazję tworzyła 500. rocznica (1900) odnowienia Uniwersytetu Krakowskiego. W kręgu absolwentów Szkoły Głównej w Warszawie przygotowano serię wydawniczą „Fontes et commentationes historiam scholarum superiorum in Polonia illustrantes”. Ks. Jan Ambroży Wadowski opracował i opublikował rękopis „Wiadomość o profesorach Akademii Zamojskiej”. Józef Bieliński przedstawił „Uniwersytet Wileński 1579−1831”, Aleksander Jabłonowski – „Akademię Kijowsko−Mohilańską”. Liczne grono autorów ukazało Wydział Filologiczno−Historyczny Szkoły Głównej, a Jan Karol Kochanowski – „Dzieje Akademii Zamojskiej 1594−1784”. Już po jubileuszu UJ wydano materiały Cesarsko−Królewskiej Warszawskiej Medyko−Chirurgicznej Akademii i Wydziału Lekarskiego Szkoły Głównej, a także Jana Marka Giżyckiego „Materiały do dziejów Akademii Połockiej” i kolejną pracę Bielińskiego – „Królewski Uniwersytet Warszawski 1816−1831”.

Poza serią, ale w bezpośrednim związku z jubileuszem UJ, ukazała się Kazimierza Morawskiego „Historia Uniwersytetu Jagiellońskiego”. Źródłowy charakter miała „Kronika Uniwersytetu Lwowskiego”, obejmująca lata 1884−1910, dopełniała Ludwika Finkla i Stanisława Starzyńskiego „Historyę Uniwersytetu Lwowskiego” (1894). W intencji jubileuszu pisał też Aleksander Kraushar wielotomowe dzieło „Towarzystwo Warszawskie Przyjaciół Nauk 1800−1832”.

Wszystkie te dzieła miały wymiar daleki od okazjonalności, ratowały od zapomnienia źródła do dziejów kultury i nauki polskiej. Taki jest polski depozyt, wyrosły z ducha oporu wobec zaborców i tworzący intelektualny fundament bliskiej już niepodległości.