Pierwsza z niekończącego się cyklu reform szkolnictwa wyższego miała znaczenie doraźne, dotykające przede wszystkim Akademii Krakowskiej, ale też i perspektywiczne. Była to bowiem reforma systemowa. Wynikała z ducha epoki Oświecenia, choć jej przyczyny sięgały odległej przeszłości, odkładającej się w ówczesnym stanie Akademii. Jak oceniał z perspektywy jej 500−lecia Karol Mecherzyński, już w XVI wieku Akademia „obstając gorliwie przy swoich pierwotnych prawach i urządzeniach, opierała się wszelkim na korzyść nauk przedsiębranym reformom, pokąd wycieńczona na siłach i moralnie zużyta do szczętu nie upadła”. Wacław Tokarz w rozprawie „Komisja Edukacyjna i Uniwersytet Jagielloński” (1924) wskazał, iż „zarodki nowego życia istniały w Akademji, ale do ich ujawnienia potrzeba było dalszego nacisku okoliczności zewnętrznych”. Taką okolicznością stał się wstrząs wywołany I rozbiorem. W ramach reform ustrojowych powołano Komisję Edukacji Narodowej – świeckie ministerium oświaty. Upadł model dualistyczny, złożony z akademii jezuickich (siła kasaty Zakonu) i względnie samodzielnej Akademii Krakowskiej, uważanej – pisał Tokarz – „za instytucję czysto kościelną, stanowiącą integralną część kleru diecezji”. Mimo prób podejmowanych przez biskupów krakowskich, w Akademii dominował duch oporu, dochodziło się „do wszystkiego drogą lat służby, regularnego udziału w dysputach, względami starszych, nie zaś pracą naukową i studjami zagranicą”. Franciszka Dmochowskiego i Franciszka Siarczyńskiego satyryczny „Zakus nad zaciekami Wszechnicy Krakowskiej, czyli Uwagi nad niektórymi tej Akademii dysertacjami” (1789) ujawniał, iż w niej „pełno było nadętych wysokim o sobie rozumieniem mędrków, którzy im mniej gruntownej nauki mieli, tym śmielej na popis z fałszywymi wyjeżdżali błyskotkami”. Jeśli zaś pisali – były to „pisma, których trwałość równa kalendarzom... z których skażenie, przelane w uczniów, stać się łatwo powszechnym może”.

Dzieło reform Akademii podjął z woli Komisji Edukacji Narodowej w 1777 roku ks. Hugo Kołłątaj. Zaczął wizytację od porachowania rzeczywistych dochodów i wydatków. Był to nowy, na miarę Akademii, ruch egzekucji praw i dóbr, naruszający skrywane beneficja administratorów. W miejsce syndyka i pośredników Kołłątaj wprowadził trzyosobową prokuratorię, zawiadującą majątkiem i finansami Akademii. Zebrał i uporządkował przywileje i przepisy uniwersyteckie, które opublikowano. Uruchomił archiwum uczelni, oddzielając dokumenty od wytworów naukowych. Połączył rozproszone księgozbiory w bibliotekę publiczną, usytuowaną przy uczelni. Przedłużył do lat trzech kadencję rektora, a przy obsadzie katedr zastosował konkursy. Zakazał edycji kalendarzy prognostycznych i wyrugował coroczne panegiryki. Usunął nauki perypatetyczne i zreformował wykłady przygotowujące do zawodu nauczyciela, Akademia bowiem, jako Szkoła Główna, miała nadzorować szkoły niższych szczebli. Starsi wiekiem profesorowie przeszli na emerytury, utracili dawne beneficja, młodsi pozyskali stałe pensje. Wydział Teologiczny stracił dawne prerogatywy na rzecz zrównanych w prawach kolegiów.

Zmieniając wszystko, jednego Kołłątaj nie zmienił – mentalności i warsztatu profesorów. Jego wizytacja została przejściowo przerwana, a nawet sąd biskupi skazał Kołłątaja na ekskomunikę, utratę beneficjów i trzymiesięczny pobyt w Seminarium Zamkowym. Po latach, w 1844 roku, Fryderyk Hechell odnotował w dzienniku: „Smutny w rzeczy samej jest stan naszego Wydziału Teologicznego: składa się on... z wielkich głupców. I tak ks. Laurysiewicz, teraźniejszy rektor, tak jest kompletnie głupi, iż w żadnej materii odezwać się nie umie, a przy tym nie umie żadnego języka... Ks. Teliga, prawdziwy chłop, i w ruchach, i w mowie niezmiernie gburowaty, nigdy w lepszym nie był towarzystwie, ale i w swoim przedmiocie nie tęgi. Ks. Penka, dogmatyk zabity wieków średnich, łacinnik węgierski i przyjaciel węgrzyna, atoli więcej od innych pracuje... Na koniec ks. Sosnowski, najmłodszy z nich, człowiek ordynaryjny i pijak. Oto jest nasz Wydział Teologiczny”. Pozostałe nieco lepiej wyglądały.