Bernard Wapowski urodził się najprawdopodobniej w 1475 r. w Radochonicach. Ojciec jego, Stanisław, szlachcic herbu Nieczuja, był synem dworzanina Władysława Warneńczyka, matka pochodziła ze słynnej rodziny Ciołków. Do szkół chłopiec chodził w Przemyślu. Potem zaopiekował się nim bogaty stryj Piotr, co umożliwiło Bernardowi kontynuację nauki. Oficjalnie przyjmuje się, że na Akademię Krakowską wstąpił w 1493 r. Na wykłady, m.in. z astronomii u Wojciecha z Brudzewa, chętnie uczęszczał w towarzystwie swego przyjaciela Mikołaja Kopernika. Znali się bardzo dobrze, a ich długie rozmowy o astronomii zaowocowały później współpracą w tworzeniu map Polski. Wapowski, po ukończeniu studiów w Krakowie, udał się w ślad za Kopernikiem do Włoch. W 1505 w Bolonii otrzymał tytuł doktora prawa kanonicznego. Kopernik miał dużo możnych i uczonych znajomych. Najprawdopodobniej to on zapoznał Wapowskiego z zakonnikiem celestynianów Markiem de Benevento, który akurat sporządzał krytyczne wydanie Geografii Klaudiusza Ptolomeusza i potrzebował kogoś do pomocy przy opracowywaniu map Europy Środkowej. Trudno dokładnie określić, jak wyglądała współpraca uczonych. Jednak widoczne są jej wymierne efekty. Wapowski wprowadził ok. 100 nowych nazw geograficznych miast, miasteczek polskich, m.in. właśnie owych dwóch posiadłości związanych z jego rodziną. Dobrze opracowane są także tereny północno−wschodniej Polski, gdzie mieszkał Kopernik. Najprawdopodobniej na prośbę Wapowskiego listownie przesyłał potrzebne informacje, a wydane przez Benevento mapy były pierwszymi w Europie, na których tak precyzyjnie umieszczono położenie geograficzne ziem Polski.

We Włoszech, z małą przerwą, Wapowski przebywał 10 lat. Zaopiekował się nim dyplomata bp Erazm Ciołek, kuzyn ze strony matki, który wprowadził młodego człowieka na dwór papieski. Otoczony ludźmi nauki, zdobywał wiedzę niedostępną wtedy w krakowskiej uczelni. Gdy przybył na chwilę do Krakowa (ok. 1508), zwrócił na siebie uwagę króla Zygmunta Starego. Po powrocie do Włoch, stał się niejako ambasadorem Polski, wypełniając powierzone mu przez króla zadania.

Wapowski zapewne dumny był, gdy Kopernik przedstawił mu zarys pracy nad nową teorią, która dokonała wielkiego przełomu w nauce. W przeciwieństwie jednak do przyjaciela, Bernarda pociągały nauki kartograficzne. Choć trudne, pobudzały jego wyobraźnię nawet wtedy, gdy oddał się innym zajęciom.

W 1515 powrócił na stałe do Polski. Był sekretarzem i kronikarzem Zygmunta Starego. Przyjaźnił się z Dantyszkiem, choć stronił od jego hulaszczego trybu życia. Rozmiłował się w historii. Przez pewien czas był doradcą historycznym prymasa Łaskiego. Tworzył wiersze−panegiryki sławiące męstwo żołnierzy polskich. Jako nadworny historyk króla pokusił się o stworzenie kroniki Polski od początków państwa polskiego aż po rok 1535. Jej najstarsza część, opisująca dzieje do 1380 r., zaginęła. Kronika Wapowskiego nie jest dziełem na miarę Długosza, lecz w konfrontacji z innymi dziełami historiograficznymi XVI w. stanowi zabytek ciekawy pod względem literackim. Największą jego zaletą jest język. Literackie opisy bez zbędnych komentarzy, dbałość o konkretyzację wydarzeń i miejsc (tu wykorzystał swą wiedzę kartograficzną) czynią z jego kroniki dzieło warte lektury.

Przez cały czas Wapowski zbierał materiały potrzebne do pracy nad mapami Polski i Europy. Prosił uczonych z Akademii Krakowskiej, a także Kopernika, o nadsyłanie potrzebnych mu danych. Współczesnych badaczy zadziwia precyzja i dokładność, z jaką te mapy wykonano. W sumie opracował ich trzy: pierwsza przedstawiała północne kraje nadbałtyckie Sarmacji, tj. całej Europy Wschodniej, druga – kraje południowe, trzecia zaś Polskę i zachodnią część Litwy. Przy jej wykonaniu również widać pomoc Kopernika, który bardzo dokładnie oznaczył miejscowości związane z jego rodem. Z zapisów wiadomo, iż w 1533 Wapowski pracował nad kolejną mapą, tym razem obejmującą obszar państwa moskiewskiego, lecz nie zachował się po niej żaden ślad.

Mapy Wapowskiego ukazały się w 1526 i od razu stały się słynne z dwóch powodów. Pierwszy wynikał z faktu, iż były to pierwsze mapy Polski, Europy Wschodniej wydane w Polsce. Drugi, tragiczny, związany z pożarem drukarni Floriana Unglera. Od momentu wydania mapy te były już unikatowe, gdyż cały nakład spłonął. W kilku egzemplarzach dotarły do Europy Zachodniej, stały się źródłem wiedzy dla kartografów aż po XVIII w. Dopiero w 1931 bibliograf i bibliotekarz Kazimierz Piekarski, przeglądając oprawy ksiąg Archiwum Akt Dawnych w Warszawie, odnalazł ich fragmenty. Na szczęście sfotografowano je, bo w 1944 spłonęły w czasie bombardowania stolicy.

Zachowało się niewiele dokumentów mówiących o życiu i działalności wybitnego kartografa i historyka. Trudno nawet powiedzieć, gdzie znajduje się jego grób. Zapewne pochowano go w katedrze wawelskiej, lecz nie wiadomo, w którym miejscu.