Wyższe szkolnictwo wojskowe przeszło w okresie transformacji dwie reformy (1994 i 2002). W ich wyniku oraz wskutek włączenia Wojskowej Akademii Medycznej w strukturę Uniwersytetu Medycznego w Łodzi w resorcie pozostało pięć uczelni: Akademia Obrony Narodowej, Wojskowa Akademia Techniczna, Akademia Marynarki Wojennej, Wyższa Szkoła Oficerska Sił Powietrznych w Dęblinie oraz Wyższa Szkoła Oficerska Wojsk Lądowych we Wrocławiu. WAT i AMW przyjęły sporą liczbę studentów cywilnych, natomiast ograniczyły liczbę studiujących wojskowych. Resort obrony jednak nadal w większej części finansuje te uczelnie, w tym także studentów cywilnych. Minister obrony narodowej podjął decyzję o utworzeniu z podległych sobie uczelni Uniwersytetu Obrony Narodowej. Wzbudziła ona zastrzeżenia środowiska cywilnych studentów uczelni wojskowych, zwłaszcza WAT oraz części pracowników. Zastrzeżenia wyraziła również KRASP. Zakwestionowano m.in. wyłączne kompetencje ministra obrony narodowej do decydowania o losie uczelni akademickich, podlegających wszak także prawu o szkolnictwie wyższym.

Minister obrony narodowej powinien jednak być instancją nadrzędną nad szkolnictwem wojskowym. Zadaniem uczelni wojskowych jest przede wszystkim kształcić oficerów i prowadzić badania na rzecz obronności. Jeśli przy okazji z wyników tych badań korzysta gospodarka kraju, to bardzo dobrze. Zapewne nie jest też źle, gdy studenci cywilni mogą skorzystać z edukacyjnego potencjału kadry uczelni wojskowych. Jednak nie sposób zakwestionować stanowiska ministra obrony, że to nie jego resort ma kształcić cywili ze środków na obronę.

Z drugiej strony powstał problem tradycji i marki szkół wojskowych. Najgłośniejsze sprzeciwy wobec propozycji ministra obrony pojawiły się w WAT. Dbałość o markę jest ważna, ale jakoś nie było protestów, gdy renomowana WAM weszła w skład UM.

Minister obrony ma teraz problem, jak stworzyć UON, uwzględniając interesy cywili i zachować potencjał naukowy uczelni wojskowych, który dał im prestiż i ściągnął tak wielu cywili. Minister nauki i szkolnictwa wyższego musi się zatroszczyć o cywilnych studentów uczelni wojskowych (gdyby nie zechcieli kontynuować nauki w UON). Z pewnością jednak minister obrony ma prawo wymagać, by uczelnie wojskowe pracowały przede wszystkim na rzecz wojska i kształciły wysokiej klasy kadry dla armii. MON nie jest od kształcenia cywili. Ktoś, kiedyś, z pewnością w dobrej intencji, przyjął do uczelni wojskowych cywilnych studentów. Stąd cały ten ambaras.