Członkowie KRZaSP spotkali się w dniach 14−15 września 2006 na II Zgromadzeniu Plenarnym, które odbyło się tym razem w Wyższej Szkole Nauk Humanistycznych i Dziennikarstwa w Poznaniu. W obradach uczestniczyło 140 rektorów i ich pełnomocników, reprezentujących ponad 100 z 210 uczelni zrzeszonych w Konferencji.

W zjeździe uczestniczyli licznie przybyli goście, reprezentujący różne struktury szkolnictwa wyższego, a wśród nich: prof. Stefan Jurga, sekretarz stanu w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego, prof. Jerzy Błażejowski, przewodniczący Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego, prof. Zbigniew Marciniak, przewodniczący Państwowej Komisji Akredytacyjnej, prof. Jerzy Woźnicki, prezes Fundacji Rektorów Polskich, a także honorowy przewodniczący Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich, prof. Stanisław Lorenc, rektor Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu, reprezentujący KRASP oraz prof. Józef Orczyk, jako przedstawiciel Konferencji Rektorów Państwowych Szkół Zawodowych. Władze Poznania reprezentował Prezydent Miasta Ryszard Grobelny.

W programie znalazły się takie sprawy, jak: sprawozdanie Przewodniczącego KRZaSP z dotychczasowych działań Konferencji, kwestie zmian w Statucie KRZaSP, mających na celu usprawnienie działania Konferencji, a także uzupełnienie składu Prezydium. Ważnym punktem spotkania było również omówienie projektu nowelizacji ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym, przygotowanego przez KRZaSP.

W okresie od marca do września 2006 KRZaSP wykonywała zadania wyznaczone jej przez ustawę, opiniując na bieżąco projekty aktów prawnych, a także realizowała strategię i założenia wyznaczone przez rektorów uczelni członkowskich podczas I Zgromadzenia Plenarnego. Ich rezultatem było m.in. wystosowanie pisma do Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego z prośbą o ustosunkowanie się do problemu podejmowania przez podmioty zagraniczne działalności edukacyjnej na terenie Rzeczypospolitej Polskiej, a także o interpretację art. 154 Prawa o szkolnictwie wyższym, dotyczącego sposobu naliczania dodatków za staż pracy, który objął także uczelnie niepubliczne, nie zapewniając im z budżetu państwa odpowiednich środków na ten cel. Odpowiedź ministerstwa nie rozwiała wątpliwości i stała się przyczyną podjęcia stosownej uchwały, w której rektorzy domagają się nowelizacji ustawy w kierunku bądź to wprowadzenia do niej zapisu o dotacji budżetowej, przeznaczonej na pokrycie zobowiązań wynikających z art. 154 ustawy, bądź ograniczenia tego zapisu do uczelni publicznych.

Przedmiotem działań Konferencji była także promocja wyższego szkolnictwa zawodowego. Doskonałą okazją stało się opracowanie wspólnie z miesięcznikiem edukacyjnym „Perspektywy” raportu Wyższe szkolnictwo zawodowe w Polsce 2006, a także przystąpienie do programu Study in Poland, którego zadaniem jest promowanie polskiego szkolnictwa wyższego za granicą.

KRZaSP podjęła także uchwałę zlecającą Prezydium Konferencji rozpoznanie rynku edukacyjnego Europy Wschodniej i Azji, analizę procedur prawnych, porównywalności i potrzeb edukacyjnych, wsparcie tych działań stosownymi umowami, a także opracowanie procedur formalnych zapewniających studentom zagranicznym studiowanie na równych zasadach ze studentami polskimi.

Zagadnieniem, które wywołało ożywioną dyskusję była kwestia realizacji zapisu ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym, dotyczącego możliwości otrzymania dotacji przeznaczonej na pokrycie części opłat wnoszonych przez studentów studiów stacjonarnych i uczestników doktoranckich studiów stacjonarnych w uczelniach niepublicznych. Rektorzy zgodnie podkreślali, że takie dofinansowanie w żadnym wypadku nie miałoby stanowić wsparcia materialnego uczelni niepublicznej, lecz jedynie wspierać konkretnego studenta, który płaciłby odpowiednio obniżone czesne. Nie istnieje bowiem racjonalne uzasadnienie dla nierównego traktowania studentów w wyższych szkołach publicznych i niepublicznych, prowadzi to bowiem do sytuacji, w której ci ostatni muszą pokrywać w całości koszty kształcenia, podczas gdy środki budżetowe, pochodzące także z podatków ich rodziców, przekazywane są na edukację wyłącznie w uczelniach publicznych. W tej sprawie wypowiedział się także minister Stefan Jurga. Nie kwestionował on słuszności proponowanego rozwiązania, wskazując zarazem na ograniczenia środków budżetowych przeznaczonych zwłaszcza na fakultatywne zadania finansowane przez resort. Wyraził przy tym nadzieję, że omawiana kwestia znajdzie pozytywne rozstrzygnięcie w toku prac sejmu nad projektem ustawy budżetowej na rok 2007.

Podczas Zgromadzenia Plenarnego przeprowadzono także zmiany w statucie Konferencji oraz uzupełniono skład Prezydium. Nowymi jego członkami zostali wybrani: prof. dr hab. Andrzej Bujak, rektor Międzynarodowej Wyższej Szkoły Logistyki i Transportu we Wrocławiu oraz prof. dr hab. Stanisław Hodorowicz, rektor Podhalańskiej Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Nowym Targu, reprezentujący publiczny sektor uczelni zawodowych.