W powojennych realiach niewiele pozostało z programu odbudowy nauki i „odbudowy człowieka”, przygotowanego w organach „państwa podziemnego”. Nie uzyskały szansy realizacji nawet powojenne już projekty powołania Centralnego Urzędu Odbudowy Nauki i odpowiedniego dziesięcioletniego planu finansowego. Działacze Polskiej Partii Socjalistycznej zdołali jedynie uruchomić przy Centralnym Urzędzie Planowania Komisję do spraw Odbudowy Nauki Polskiej.

Dominujące były potrzeby systemu, a nie interesy nauki i uczonych. Ówczesny prezes CUP Czesław Borowski po latach wspominał, że Komisja miała rozdzielać środki budżetowe „przy równoległym stosowaniu dwóch w zasadzie sprzecznych kryteriów: priorytetu dla dziedzin, w których efekt nakładów może być najszybszy, i uwzględnianiu tych, gdzie efekt może być wynikiem tylko wieloletniego działania”. Choć Komisja składała się z kilku wybitnych organizatorów nauki, działała jako organ pomocniczy i doraźny. Prezes Rady Ministrów powołał jej skład do rozdziału środków w okresie od 1 kwietnia do 31 grudnia 1946 roku. Przewodniczył Komisji znany ekonomista Jan Drewnowski, ówcześnie dyrektor Departamentu Planu Długoterminowego CUP. Zastępował go Roman Kozłowski, a członkiem był m.in. Józef Zawadzki, jeden z animatorów polityki „państwa podziemnego”. Regulamin Komisji wykraczał poza zadania doraźne – miała subsydiować instytucje nauki, ale i „wydawać opinie w sprawach finansowania nauki polskiej w celu koordynowania prac i zamierzeń poszczególnych ministerstw i uzgadniania ich z wytycznymi Planu Odbudowy Gospodarczej”. W interpretacji Jana Drewnowskiego, Komisja miała „zapewnić wpływ na finansowanie nauki sferom naukowym, nie zaś urzędniczym”. Inne były jednak realia – nim Komisja przystąpiła do działania, prezes Rady Ministrów i prezes CUP rozdysponowali połowę środków. Komisja rozdzieliła pozostałe na podstawie wniosków instytucjonalnych na remonty gmachów, urządzanie pracowni, na książki i pomoce naukowe oraz stypendia badawcze. Uruchomiła też Fundusz Stypendialno−Zapomogowy dla pracowników nauki.

Okres wyborów do Sejmu Ustawodawczego zachwiał fundamentami polityki naukowej. Prezes CUP uzyskał jednak w marcu 1947 roku prolongatę działań Komisji o kolejny rok. Dokooptowano do jej składu Tadeusza Manteuffla i Mariana Świderka. Ten drugi został wybrany na przewodniczącego okresowo powołanej Podkomisji do spraw Instytutów Naukowo−Badawczych (jej członkami byli m.in. Janusz Groszkowski i Wojciech Świętosławski). Podkomisja ta przygotowała warunki do rozbudowy pionu nauki resortowej, a do tego miała, według Świderka, walczyć z „indywidualizmem” uczonych.

Zakres działań całej Komisji do spraw Odbudowy Nauki Polskiej poszerzono w 1947 roku o analizę potrzeb organizacyjnych i kadrowych instytucji nauki oraz o doradztwo w sprawie uruchamianego systemu planowania badań. Komisja zebrała dane ankietowe o instytutach resortowych i zakładach uczelnianych, sporządziła kartotekę pracowników nauki, oceniała plany wydawnicze i zapotrzebowanie na książki obcojęzyczne i nadal przydzielała subwencje dla placówek oraz stypendia doktorskie i habilitacyjne. Powołano kolejną doraźną podkomisję – do spraw odbudowy bibliotek naukowych, m.in. rozdzielającą książki przekazane przez UNRRA. Gdy wygasły działania obu podkomisji, Jan Drewnowski uzyskał w marcu 1948 roku kolejną prolongatę działań podstawowych. Komisję do spraw Odbudowy Nauki Polskiej ulokowano jednak z woli Józefa Cyrankiewicza przy Prezydium Rady Ministrów. Decydowały o tym uwarunkowania polityczne i ustrojowe. PPS wchodziła w fazę likwidacji, podobnie CUP. Powołana w miejsce CUP Państwowa Komisja Planowania Gospodarczego zbiurokratyzowała system finansowania nauki. W maju 1949 roku w miejsce Komisji do spraw Odbudowy Nauki Polskiej uruchomiono (też przy Prezydium Rządu) znacznie ograniczoną w kompetencjach i możliwościach Komisję Popierania Twórczości Naukowej i Artystycznej.