Uniwersytet całkiem formalnie

16 grudnia Prezydent RP podpisał ustawę o zmianie ustawy o finansowaniu Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie oraz o zmianie ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej. Na jej podstawie PAT będzie nosiła nazwę Papieskiego Uniwersytetu Jana Pawła II. 21 października 2009 r. ustawę tę przyjął Sejm RP, a 18 listopada 2009 r. – Senat. Opublikowana 22 grudnia ustawa wchodzi w życie 6 stycznia 2010 r. To formalne dopełnienie zmiany nazwy na UPJP II, którą uczelnia posługuje się od 19 czerwca 2009 r. na mocy decyzji papieża Benedykta XVI. Historia UPJP II związana jest z Wydziałem Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, zamkniętego przez komunistów w 1954 r. Prowadził on dalej działalność poza murami krakowskiej Alma Mater. W 1959 roku Stolica Apostolska wydała dekret stwierdzający, że „Wydział Teologiczny (...) trwa pod kierownictwem (...) władzy kościelnej”. Dzięki staraniom kard. Karola Wojtyły w 1974 r. wydziałowi przyznano tytuł „Papieski”. 8 grudnia 1981 Jan Paweł II wydał Motu proprio Beata Hedvigis, na mocy którego Papieski Wydział Teologiczny w Krakowie przekształcił się w Papieską Akademię Teologiczną, składająca się z wydziałów: teologii, filozofii i historii Kościoła. Od tamtej pory uczelnia przeszła ogromny rozwój. W 1981 r. 40 wykładowców prowadziło zajęcia dla 367 studentów. Dziś na 8 kierunkach kształci się tam 3453 osoby. Kadrę uczelni tworzy 222 wykładowców, w tym 32 profesorów tytularnych, 52 doktorów habilitowanych i 119 doktorów. UPJP II ma prawo do nadawania stopni naukowych doktora nauk teologicznych (na 2 wydziałach) i doktora nauk humanistycznych w zakresie filozofii i historii oraz doktora habilitowanego nauk teologicznych i nauk humanistycznych w zakresie filozofii i historii. Strukturę UPJP II tworzy 5 wydziałów: filozoficzny, historii i dziedzictwa kulturowego, nauk społecznych, teologiczny oraz teologiczny sekcja w Tarnowie. Jednostki międzywydziałowe to: Instytut Ekumenii i Dialogu, Instytut Bioetyki i Ośrodek Badań nad Myślą Jana Pawła II. Ponadto uczelnia prowadzi dwie jednostki międzyuczelniane: Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych we współpracy z Uniwersytetem Jagiellońskim oraz Międzyuczelniany Instytut Muzyki Kościelnej wspólnie z Akademią Muzyczną w Krakowie.